PDB-7twc: Crystal Structure of the Putative Oxidoreductase of DUF1479-conta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7twc

タイトル

Crystal Structure of the Putative Oxidoreductase of DUF1479-containing Protein Family YPO2976 from Yersinia pestis Bound to CAPS

要素

DUF1479 domain-containing protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Uncharacterized protein / oxidoreductase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

Gig2-like / Gig2-like / Isopenicillin N synthase-like superfamily / PHOSPHATE ION / DUF1479 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Yersinia pestis CO92 (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Putative Oxidoreductase of DUF1479-containing Protein Family YPO2976 from Yersinia pestis Bound to CAPS
著者: Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2022年2月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7twc.cif.gz	225 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7twc.ent.gz	154.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7twc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/7twc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/7twc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rgk
類似構造データ	4c0z-2 4rgk-d 4c0z-4 3isq-d 4c0z-6 2but-d 2csg-d 1pvw-1 5v2j-2 2ac7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP96006

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DUF1479 domain-containing protein

ヘテロ分子

48.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.964, 54.699, 93.163
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 124.172, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	DUF1479 domain-containing protein 分子量: 47516.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: YPO2976 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): gold / 参照: UniProt: A0A3G5LE49

#1: タンパク質

DUF1479 domain-containing protein

分子量: 47516.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: YPO2976 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): gold / 参照: UniProt: A0A3G5LE49

-
非ポリマー , 6種, 320分子

#2: 化合物	ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸分子量: 221.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₉NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.52 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M CAPS:NaOH pH 10.5, 1.2 M Sodium-Potassium Phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 41213 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 20.18 Å² / R_merge(I) obs: 0.065 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.638 / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / Num. unique obs: 1940 / CC_1/2: 0.681 / R_pim(I) all: 0.469 / R_rim(I) all: 0.796 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→24.14 Å / SU ML: 0.1904 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.361
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.194	2003	5.04 %
R_work	0.1555	37717	-
obs	0.1575	39720	95.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→24.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3310	0	63	309	3682

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0122	3584
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1075	4882
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	506
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0123	654
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.8069	1336

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.89	0.2866	76	0.2585	1779	X-RAY DIFFRACTION	62.12
1.89-1.94	0.2806	130	0.2189	2355	X-RAY DIFFRACTION	83.81
1.94-2	0.2308	125	0.1771	2608	X-RAY DIFFRACTION	92.55
2-2.07	0.1941	134	0.17	2742	X-RAY DIFFRACTION	98.06
2.07-2.14	0.2501	153	0.16	2780	X-RAY DIFFRACTION	99.46
2.14-2.23	0.1959	140	0.1609	2828	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.23-2.33	0.2144	146	0.1596	2804	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.33-2.45	0.2088	164	0.1544	2808	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.45-2.6	0.2068	173	0.1502	2775	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.6-2.8	0.1812	155	0.1533	2823	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.8-3.08	0.1825	155	0.1556	2828	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.08-3.53	0.1894	146	0.1408	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-4.44	0.1486	148	0.1324	2848	X-RAY DIFFRACTION	99.73
4.44-24.14	0.1962	158	0.1601	2905	X-RAY DIFFRACTION	99.16

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.56461231323	-3.71416846954	-0.20032896352	5.67991126451	-0.201808249058	1.88695269422	0.14072743714	0.455565610695	0.203285488155	-0.385048978887	-0.219917380712	-0.15223674014	-0.0781832346144	-0.00741240907129	0.0443123171111	0.249966729321	-0.0104189284009	0.000160904660853	0.224034245678	0.027952873007	0.137077991392	12.453973589	-0.362791313805	-7.83734776415
2	0.676221785167	0.0440244673517	-0.00892072116253	0.852200391675	-0.361027997111	1.96591844592	-0.0113036922668	-0.0586928048436	-0.110633755203	0.161081655687	0.00937136447818	-0.115106621183	0.582779506437	0.114805997631	-0.038564984546	0.152117161988	0.0355862525923	-0.014495555055	0.115668117058	0.0194690155779	0.151419239579	17.3939205199	-14.2013059862	20.1039211773
3	0.4235537898	-0.501955730893	-0.416056186134	1.60893459045	0.241865930231	1.28474463854	-0.0106132824857	0.0539581457873	-0.0265347001287	-0.013804275608	-0.0382541221261	0.0385306683687	-0.0705659043751	-0.0319568562303	0.0182794073675	0.0863843685269	-0.0368317582244	-0.0237213114059	0.113844720573	-0.0159706553587	0.0993341960849	9.29222288338	8.50346524115	26.1428192196
4	0.392003529679	-0.156404097869	-0.270961019034	0.930753493813	0.501281430771	1.47749918577	0.00788320445204	0.026187048113	0.0300180372762	-0.0743505900499	-0.0290079939016	0.0369722818579	0.0255835179384	-0.0270187900759	0.0249109493373	0.0834477329246	-0.0020920360099	-0.0141116007598	0.0992077583795	0.0128801812187	0.109402831148	9.46385948932	-0.00484909700551	14.741109948
5	2.74590496464	-1.10739969541	-0.408258151135	2.15454820058	0.43938281535	4.04449195681	0.0318723958692	0.00442269391424	0.289297268867	0.0224600215221	0.0104155100199	-0.161062166093	-0.295114454989	0.0286583914649	-0.00641845537383	0.148900060657	-0.0165216698566	-0.0112021960031	0.0354813380633	0.0114553999167	0.137236326628	7.51202934817	22.2423984009	25.3848730795

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 0 through 27 )	0 - 27	1 - 28
2	2	chain 'A' and (resid 28 through 71 )	28 - 71	29 - 72
3	3	chain 'A' and (resid 72 through 182 )	72 - 182	73 - 183
4	4	chain 'A' and (resid 183 through 379 )	183 - 379	184 - 380
5	5	chain 'A' and (resid 380 through 415 )	380 - 415	381 - 416

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