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- PDB-7tvy: Short form D7 protein from Culex quinquefasciatus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tvy
タイトルShort form D7 protein from Culex quinquefasciatus
要素Salivary short D7 protein 3
キーワードBLOOD CLOTTING (凝固・線溶系) / odorant-binding
機能・相同性Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / odorant binding / Putative salivary short D7 protein 3
機能・相同性情報
生物種Culex quinquefasciatus (カ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Andersen, J.F. / Alvarenga, P.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Insect Biochem.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Functional aspects of evolution in a cluster of salivary protein genes from mosquitoes.
著者: Alvarenga, P.H. / Dias, D.R. / Xu, X. / Francischetti, I.M.B. / Gittis, A.G. / Arp, G. / Garboczi, D.N. / Ribeiro, J.M.C. / Andersen, J.F.
履歴
登録2022年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Salivary short D7 protein 3
B: Salivary short D7 protein 3
C: Salivary short D7 protein 3
D: Salivary short D7 protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4137
ポリマ－67,1254
非ポリマー2883
水8,917495
1
A: Salivary short D7 protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8772
ポリマ－16,7811
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Salivary short D7 protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8772
ポリマ－16,7811
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Salivary short D7 protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8772
ポリマ－16,7811
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Salivary short D7 protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7811
ポリマ－16,7811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.231, 122.809, 74.433
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.430, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Salivary short D7 protein 3


分子量: 16781.291 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Culex quinquefasciatus (カ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q6TS00
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% PEG 5000 MME, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris HCl, pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 41251 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 24.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.254 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 202477
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.98-2.013.50.42118221.097189.2
2.01-2.0540.37820971.076199.4
2.05-2.094.50.33820551.095199.7
2.09-2.134.90.30520371.111100
2.13-2.1850.25920761.131100
2.18-2.2350.23421021.191100
2.23-2.295.10.21220191.1341100
2.29-2.355.10.17720891.1511100
2.35-2.425.10.14820731.1881100
2.42-2.495.10.13620731.1751100
2.49-2.585.10.12220841.1871100
2.58-2.695.10.10620571.2471100
2.69-2.815.10.08120751.2851100
2.81-2.965.10.06720731.341100
2.96-3.145.10.05720631.3841100
3.14-3.395.10.04421041.4151100
3.39-3.735.10.03520861.3991100
3.73-4.265.10.03120671.4521100
4.26-5.3750.02920871.3831100
5.37-504.80.02921121.504199.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.6 Å33.23 Å
Translation3.6 Å33.23 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alphafold2 model

解像度: 1.98→33.23 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2422 2070 5.02 %
Rwork0.1918 39143 -
obs0.1944 41213 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.3 Å2 / Biso mean: 31.747 Å2 / Biso min: 12.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→33.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4403 0 15 495 4913
Biso mean--36.19 33.62 -
残基数----549
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.98-2.030.31371120.26062490260295
2.03-2.080.31261490.237526502799100
2.08-2.130.27611560.219425312687100
2.13-2.20.27411360.206526502786100
2.2-2.270.2471370.214225962733100
2.27-2.350.28521350.203826072742100
2.35-2.440.2741390.20725882727100
2.44-2.550.30681260.214226932819100
2.55-2.690.28091200.219825782698100
2.69-2.860.2481440.203326072751100
2.86-3.080.30911650.209626012766100
3.08-3.390.22931300.189126562786100
3.39-3.880.18331260.16626232749100
3.88-4.880.1891320.152326452777100
4.88-33.230.20831630.17772628279199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.16960.4487-1.49074.6509-0.54842.2273-0.05790.0343-0.0338-0.1151-0.05910.04010.09460.05090.09580.1758-0.0294-0.0650.14540.00680.07754.07610.12828.4333
22.25680.90980.82232.91810.64953.52130.03910.06080.17680.0147-0.0251-0.2387-0.0663-0.0399-0.01550.10860.02130.0430.11920.01550.2045-7.9754-31.25731.793
33.0149-0.3412-0.93082.41460.21142.45760.0668-0.00570.0477-0.0787-0.0011-0.15240.11880.1948-0.05060.09680.0214-0.02270.17790.04020.1346-9.886510.4133-3.0942
41.4804-0.7586-0.44953.53750.37591.76090.41620.5592-0.1187-0.84-0.86690.3461-0.2499-0.4315-0.12030.40870.1932-0.03230.3899-0.10530.312110.7522-19.5044-7.5918
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 138)A1 - 138
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 139)B1 - 139
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 1 through 138)C1 - 138
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 1 through 137)D1 - 137

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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