+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7tvc | ||||||
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Title | Short form D7 protein from Aedes aegypti | ||||||
Components | Salivary short D7 protein | ||||||
Keywords | BLOOD CLOTTING / odorant-binding | ||||||
Function / homology | Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / odorant binding / Putative 14.5 kDa secreted protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Aedes aegypti (yellow fever mosquito) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.19 Å | ||||||
Authors | Andersen, J.F. / Xu, X. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Insect Biochem.Mol.Biol. / Year: 2022 Title: Functional aspects of evolution in a cluster of salivary protein genes from mosquitoes. Authors: Alvarenga, P.H. / Dias, D.R. / Xu, X. / Francischetti, I.M.B. / Gittis, A.G. / Arp, G. / Garboczi, D.N. / Ribeiro, J.M.C. / Andersen, J.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7tvc.cif.gz | 115.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7tvc.ent.gz | 93 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7tvc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/7tvc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/7tvc | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7tvyC 7tx8C 7u1nC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14486.610 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aedes aegypti (yellow fever mosquito) / Gene: SG14.5sp / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8T9T4 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.95 Å3/Da / Density % sol: 37.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 / Details: 20% PEG 6000, 0.1M MES, pH 6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 16, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.19→30.28 Å / Num. obs: 72163 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 9.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 11.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.19→1.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.456 / Num. unique obs: 3265 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.19→30.28 Å / SU ML: 0.09 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 15.71 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 46.84 Å2 / Biso mean: 13.4139 Å2 / Biso min: 5.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.19→30.28 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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