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- PDB-7tx8: Long form D7 protein from Anopheles darlingi with U46619 and sero... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7tx8 | ||||||
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Title | Long form D7 protein from Anopheles darlingi with U46619 and serotonin bound | ||||||
![]() | Long form D7 salivary protein | ||||||
![]() | BLOOD CLOTTING / odorant-binding | ||||||
Function / homology | response to stimulus / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / odorant binding / sensory perception of smell / Chem-PUC / SEROTONIN / Long form D7 salivary protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Andersen, J.F. / Alvarenga, P.H. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Functional aspects of evolution in a cluster of salivary protein genes from mosquitoes. Authors: Alvarenga, P.H. / Dias, D.R. / Xu, X. / Francischetti, I.M.B. / Gittis, A.G. / Arp, G. / Garboczi, D.N. / Ribeiro, J.M.C. / Andersen, J.F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 488 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 404.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7tvcC ![]() 7tvyC ![]() 7u1nC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 34892.090 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SRO / #3: Chemical | ChemComp-PUC / ( #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.85 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.2 M ammonium sulfate, 30% PEG 5000 MME, 0.1 M HEPES, pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 26, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.51→53.31 Å / Num. obs: 53228 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 22.06 % / Biso Wilson estimate: 59.01 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 0.933 / Net I/σ(I): 25.46 / Num. measured all: 1174205 / Scaling rejects: 103 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: unliganded AnDar-D7L2 Resolution: 2.51→53.31 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2.35 / Phase error: 27.08 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 147.89 Å2 / Biso mean: 62.1989 Å2 / Biso min: 33.25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.51→53.31 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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