[日本語] English
万見
- PDB-7u1n: Crystal structure of the Anopheles darlingi AD-118 long form D7 s... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u1n
タイトルCrystal structure of the Anopheles darlingi AD-118 long form D7 salivary protein
要素Long form D7 salivary protein
キーワードBLOOD CLOTTING / odorant binding protein family / blood feeding
機能・相同性Pheromone/general odorant binding protein superfamily / odorant binding / sensory perception of smell / toxin activity / extracellular space / 2-ETHOXYETHANOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Long form salivary protein D7L2
機能・相同性情報
生物種Anopheles darlingi (カ)
手法X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Alvarenga, P.H. / Gittis, A.G. / Garboczi, D.N. / Andersen, J.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Insect Biochem.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Functional aspects of evolution in a cluster of salivary protein genes from mosquitoes.
著者: Alvarenga, P.H. / Dias, D.R. / Xu, X. / Francischetti, I.M.B. / Gittis, A.G. / Arp, G. / Garboczi, D.N. / Ribeiro, J.M.C. / Andersen, J.F.
履歴
登録2022年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Long form D7 salivary protein
B: Long form D7 salivary protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,84113
ポリマ－69,7842
非ポリマー1,05711
水2,270126
1
A: Long form D7 salivary protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3836
ポリマ－34,8921
非ポリマー4915
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Long form D7 salivary protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4597
ポリマ－34,8921
非ポリマー5676
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.730, 71.600, 71.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.227, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Long form D7 salivary protein


分子量: 34892.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anopheles darlingi (カ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6DDQ8

-
非ポリマー , 7種, 137分子

#2: 化合物 ChemComp-ETX / 2-ETHOXYETHANOL / 2-エトキシエタノ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 30%P EG 5000 MME, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1M HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→29.39 Å / Num. obs: 24809 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 4.78 % / Biso Wilson estimate: 27.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 15.77
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Rmerge(I) obs: 0.284 / Num. unique obs: 1239 / % possible all: 63.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4→29.39 Å / SU ML: 0.3149 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 33.713
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2685 1981 8.01 %
Rwork0.2057 22740 -
obs0.2107 24721 94.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4640 0 67 126 4833
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00874806
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9996505
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0623690
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052850
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.05931730
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.460.3215880.24761097X-RAY DIFFRACTION63.13
2.46-2.530.32871130.25251270X-RAY DIFFRACTION75.29
2.53-2.60.32551340.25411570X-RAY DIFFRACTION90.49
2.6-2.680.33981490.23311663X-RAY DIFFRACTION97.73
2.68-2.780.30991500.23561688X-RAY DIFFRACTION98.45
2.78-2.890.29151440.24251703X-RAY DIFFRACTION98.72
2.89-3.020.32381530.24521685X-RAY DIFFRACTION98.82
3.02-3.180.34741460.23611710X-RAY DIFFRACTION98.99
3.18-3.380.27111540.22671727X-RAY DIFFRACTION99.47
3.38-3.640.26491520.20731704X-RAY DIFFRACTION99.2
3.64-4.010.24391470.18631727X-RAY DIFFRACTION99.57
4.01-4.590.23931480.1611721X-RAY DIFFRACTION99.68
4.59-5.770.18371470.17521743X-RAY DIFFRACTION99.84
5.77-29.390.23061560.17051732X-RAY DIFFRACTION97.02

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る