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- PDB-7tuh: Crystal structure of anti-tapasin PaSta2-Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tuh
タイトルCrystal structure of anti-tapasin PaSta2-Fab
要素
  • PaSta2 Fab heavy chain
  • PaSta2 Fab kappa light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / PaSta / Fab / Antibody / IgG / MHC-I / HLA / peptide loading complex / PLC / antigen presentation / immune response
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Jiang, J. / Natarajan, K. / Taylor, D.K. / Boyd, L.F. / Margulies, D.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural mechanism of tapasin-mediated MHC-I peptide loading in antigen presentation.
著者: Jiang, J. / Taylor, D.K. / Kim, E.J. / Boyd, L.F. / Ahmad, J. / Mage, M.G. / Truong, H.V. / Woodward, C.H. / Sgourakis, N.G. / Cresswell, P. / Margulies, D.H. / Natarajan, K.
履歴
登録2022年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月28日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_related
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: PaSta2 Fab heavy chain
L: PaSta2 Fab kappa light chain
A: PaSta2 Fab heavy chain
B: PaSta2 Fab kappa light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,1434
ポリマ－98,1434
非ポリマー00
水2,522140
1
H: PaSta2 Fab heavy chain
L: PaSta2 Fab kappa light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0722
ポリマ－49,0722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19900 Å2
手法PISA
2
A: PaSta2 Fab heavy chain
B: PaSta2 Fab kappa light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0722
ポリマ－49,0722
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.104, 62.127, 128.462
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.036, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: 抗体 PaSta2 Fab heavy chain


分子量: 24792.748 Da / 分子数: 2 / 断片: Variable and Constant CH1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET21b / 細胞株 (発現宿主): Expi 293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 PaSta2 Fab kappa light chain


分子量: 24278.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET21b / 細胞株 (発現宿主): Expi 293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 14% PEG 6000, 0.1M Na. Cacodylate / PH範囲: 5.5-8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 273 K / Ambient temp details: LN blow / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→64.23 Å / Num. obs: 34309 / % possible obs: 98.98 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1086 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.1195 / Net I/σ(I): 8.66
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.78 / Num. unique obs: 3406 / CC1/2: 0.3 / CC star: 0.679 / Rpim(I) all: 0.866 / % possible all: 98.81

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2UYL

2uyl


解像度: 2.3→64.23 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 46.53 / 位相誤差: 26.1484
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2398 1734 5.05 %
Rwork0.2181 32575 -
obs0.2214 34309 98.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→64.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6466 0 0 140 6606
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00226628
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53349046
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04131033
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00391143
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.2874912
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.370.31491420.28732703X-RAY DIFFRACTION93.79
2.37-2.440.32961420.28862697X-RAY DIFFRACTION94.4
2.44-2.530.32421410.28632670X-RAY DIFFRACTION94.11
2.53-2.630.34071440.28452748X-RAY DIFFRACTION94.5
2.63-2.750.32661430.2832708X-RAY DIFFRACTION94
2.75-2.90.28831410.26832669X-RAY DIFFRACTION93.45
2.9-3.080.27571410.25722680X-RAY DIFFRACTION93.15
3.08-3.320.24711420.25112714X-RAY DIFFRACTION94.47
3.32-3.650.26571440.22642726X-RAY DIFFRACTION94.49
3.65-4.180.20521440.19762746X-RAY DIFFRACTION93.94
4.18-5.270.16151440.15412732X-RAY DIFFRACTION94.27
5.27-64.230.20421480.18522800X-RAY DIFFRACTION93.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.642257377101-0.600475613417-0.5091409688673.651801882411.618533468352.04864915452-0.147919157824-0.3582362184380.3863256863960.6858162612930.150515866584-0.7911722500780.305206015214-0.2554019378970.0477084673450.4905143112810.111156971646-0.200052423152-0.0461370907912-0.05608742975030.554559228756-6.9578632376622.424760590831.2616056315
22.57234628253-1.026063045731.718223922840.803738091668-0.7190639411871.2799254491-0.04264097735180.03760050644240.04896687466626.56895350957E-60.09439948143910.06152560039370.1531936341250.155214592553-0.00685767137040.310836272539-0.02099434181810.08826609467560.150296917337-0.01293000862680.27374281474-14.380481988720.44246609618.3882198611
35.01525038150.528307336381-1.506977492392.619334844081.950479407792.19047477599-0.4550293740840.5625504136130.145424695527-0.0968788615904-0.05626070348010.427755525465-0.143726654859-0.1724833969610.2917091223910.636516394647-0.266854690209-0.3889306563090.1791858242390.08861273976620.592359054257-40.576529875823.8884379433-8.85298406709
41.908328225850.682087715913-0.4814883985931.825080506370.2932152664810.377424527853-0.0557923606640.02446826691530.260718028985-0.3815133483490.05982406183090.33041649457-0.156626028120.0641630790606-0.00942613307210.584327978749-0.0104554827404-0.1313842524020.229814166362-0.01791763915140.283093133488-27.09820635721.6231351112-3.12247409404
55.66621224722-0.1108529167165.720243780330.157335456982-0.5381691987037.44698979749-0.4792502855030.292836912232-0.282003934753-0.1870736403310.522404184075-0.0626139548173-0.7956943939780.7312513040220.1176008268980.60705221792-0.066413552190.02538473345410.3324054847630.005640453219450.434301621538-22.370432177717.472053504-9.51997566604
68.22190124418-6.143098418246.138423167248.01277962063-7.216268509877.43242152778-0.376749176683-0.38348477892-0.2432572606361.514278880340.3535273178250.480335202161-0.933003118481-0.293080165199-0.005145518679710.4882485853450.03168371899030.06391431996010.1783434424730.02879074522190.324711172014-30.546115950230.282580498831.0073234036
71.474003954420.5436039366070.3816317536361.7929372320.05140727858832.23990804283-0.005586641412330.01358133532980.238253546610.02095790561970.03808322639820.00963709891459-0.116259499033-0.0251074813635-0.0240408078950.388183018940.009855621461470.01817713890810.1717651809250.01006084311730.309372870517-22.345575448438.576128754233.4215862883
82.24730498324-0.0135612680732.067729363511.469592015031.24554313094.3698011796-0.162071735873-0.02095171530610.2464675203080.1624433815110.1343712664390.33983412542-0.169252971039-0.0431269706920.05887380273470.2929323335370.02389117549040.07314867384920.193982996620.02518323335860.37563144474-27.798045402335.98132828928.1071981067
90.6290341843420.420886867752-0.8558795260176.703098560541.25325136651.48401796263-0.304968755475-0.125162043623-0.175438096448-0.1247694266550.4091288168450.1262475226410.2049846397810.137966944912-0.04116881561160.4807771473110.0214633401269-0.1421741591080.2817028164470.09495894394290.427401861387-38.202233535216.97338293544.32552057092
100.3517212304490.616066327539-0.8369110967451.05825297936-1.430004232291.90568211034-0.02334294804840.328295183842-0.878484551248-0.5168283280140.9572796289580.4609780235890.433686823979-0.282394620824-0.1476474428190.515915285296-0.041775986278-0.3226656610840.555075405588-0.2903344576380.948237846284-46.75795955811.18588075761.58742008084
110.4530056325850.627137531022-0.8348238116041.0167141001-1.367243563441.857530235720.258519661950.497105519109-0.331473559956-0.06686524420090.2011331953490.4889374826110.0457893708075-0.4691980765590.5612234820890.346730699323-0.112050820108-0.2921275002510.570271254866-0.06646640050930.749168061605-49.184878861619.31305769881.37034433254
122.134940977551.1858088896-0.4426312695995.17872224191.790834424153.304173287840.04458877653040.00826692111181-0.115981968353-0.3837581306840.177340846949-0.727506808325-0.08639016870.22218609187-0.1909425775080.365136252364-0.0327719277888-0.002100728455360.1524610387290.0001500063322290.39623610390817.52051889628.1751814650636.8797503498
131.04574757957-0.120754877316-1.224620770191.081395552661.126591464543.55105594423-0.0446248040123-0.141181055428-0.1001023079580.02707714374690.08256482899730.02058129237310.06751489640790.013449282402-0.0580214430560.3783316413390.0457892853698-0.03231805519370.1244075958740.06728943301750.2745882454622.168651656637.8814793655255.2260280964
141.96151588581.25080168886-1.678219100361.179893659-1.621330724722.38370020338-0.00770484385651-0.0331599573613-0.3123886537890.1239517941550.02389038766930.06836868921550.1685837805960.1087285023690.01060533489960.5047811395510.05135962527580.006765922424010.198549205056-0.07464563718530.297230659379-0.451439121647.4381577859666.6841092596
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 26 through 83 )AC26 - 8325 - 79
22chain 'A' and (resid 84 through 128 )AC84 - 12880 - 124
33chain 'A' and (resid 129 through 141 )AC129 - 141125 - 131
44chain 'A' and (resid 142 through 203 )AC142 - 203132 - 193
55chain 'A' and (resid 204 through 217 )AC204 - 217194 - 207
66chain 'B' and (resid 1 through 13 )BD1 - 131 - 13
77chain 'B' and (resid 14 through 67 )BD14 - 6714 - 67
88chain 'B' and (resid 68 through 119 )BD68 - 11968 - 119
99chain 'B' and (resid 120 through 192 )BD120 - 192120 - 192
1010chain 'B' and (resid 193 through 204 )BD193 - 204193 - 204
1111chain 'B' and (resid 205 through 217 )BD205 - 217205 - 217
1212chain 'H' and (resid 1 through 98 )HA1 - 981 - 98
1313chain 'H' and (resid 99 through 141 )HA99 - 14199 - 141
1414chain 'H' and (resid 142 through 169 )HA142 - 169142 - 169
1515chain 'H' and (resid 170 through 216 )HA170 - 216170 - 216
1616chain 'L' and (resid 1 through 96 )LB1 - 961 - 96
1717chain 'L' and (resid 97 through 152 )LB97 - 15297 - 152
1818chain 'L' and (resid 153 through 180 )LB153 - 180153 - 180
1919chain 'L' and (resid 181 through 217 )LB181 - 217181 - 217
2020chain 'A' and (resid 2 through 25 )AC2 - 251 - 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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