PDB-7tu1: Structure of the L. blandensis dGTPase R37A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tu1

タイトル

Structure of the L. blandensis dGTPase R37A mutant

要素

dGTP triphosphohydrolase

キーワード

HYDROLASE / dGTPase / nucleotide binding

機能・相同性

機能・相同性情報

dGTPase activity / dGTP catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Leeuwenhoekiella blandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Sikkema, A.P. / Klemm, B.P. / Horng, J.C. / Hall, T.M.T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022
タイトル: High-resolution structures of the SAMHD1 dGTPase homolog from Leeuwenhoekiella blandensis reveal a novel mechanism of allosteric activation by dATP.
著者: Bradley P Klemm / Andrew P Sikkema / Allen L Hsu / James C Horng / Traci M Tanaka Hall / Mario J Borgnia / Roel M Schaaper /

要旨: Deoxynucleoside triphosphate (dNTP) triphosphohydrolases (dNTPases) are important enzymes that may perform multiple functions in the cell, including regulating the dNTP pools and contributing to ...

履歴

登録	2022年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年7月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2022年7月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tu1.cif.gz	562.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tu1.ent.gz	442.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tu1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/7tu1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/7tu1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	26126C 26127C 26128C 26129C 7tu0C 7tu2C 7tu3C 7tu4C 7tu5C 7tu6C 7tu7C 7tu8C 3bg2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: dGTP triphosphohydrolase

B: dGTP triphosphohydrolase

C: dGTP triphosphohydrolase

ヘテロ分子

159 kDa, 3 ポリマー
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1

A: dGTP triphosphohydrolase

B: dGTP triphosphohydrolase

C: dGTP triphosphohydrolase

ヘテロ分子

A: dGTP triphosphohydrolase

B: dGTP triphosphohydrolase

C: dGTP triphosphohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Runs as single peak, approximately homohexamer in size
318 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	181.437, 181.437, 110.845
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	dGTP triphosphohydrolase 分子量: 52637.125 Da / 分子数: 3 / 変異: R37A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leeuwenhoekiella blandensis (バクテリア) 株: CECT 7118 / CCUG 51940 / MED217 / 遺伝子: MED217_16760 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A3XHN1
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.43 % 解説: crystal grew as square bipyramid, approximately 300 microns per side
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Crystal grown in 1ul:1ul drops of well solution (0.6M Sodium Potassium Tartrate, 0.16M Lithium Sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5) and 10mg/mL protein. Cryoprotected by soaking in well solution ...詳細: Crystal grown in 1ul:1ul drops of well solution (0.6M Sodium Potassium Tartrate, 0.16M Lithium Sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5) and 10mg/mL protein. Cryoprotected by soaking in well solution with 30% ethylene glycol added

結晶

マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.43 %
解説: crystal grew as square bipyramid, approximately 300 microns per side

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Crystal grown in 1ul:1ul drops of well solution (0.6M Sodium Potassium Tartrate, 0.16M Lithium Sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5) and 10mg/mL protein. Cryoprotected by soaking in well solution ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月1日詳細: Si 111. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射	モノクロメーター: double crystal - liquid nitrogen cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 169361 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 15.1 % / B_iso Wilson estimate: 41.98 Å² / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.124 / R_rim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 11.31
反射シェル	解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 15 % / R_merge(I) obs: 1.882 / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 26929 / CC_1/2: 0.547 / CC star: 0.841 / R_rim(I) all: 1.948 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BG2

3bg2

解像度: 1.8→36.21 Å / SU ML: 0.2238 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.0313
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.199	5351	1.64 %
R_work	0.1768	320903	-
obs	0.1771	169276	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→36.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10266	0	57	592	10915

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	10520
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9331	14227
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0596	1577
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	1836
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.62	3858

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3561	170	0.336	10149	X-RAY DIFFRACTION	94.16
1.82-1.84	0.3356	178	0.3198	10709	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.86	0.3012	180	0.3083	10732	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.86-1.89	0.3261	180	0.2953	10686	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.89-1.91	0.3014	180	0.2858	10833	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.94	0.2765	177	0.2746	10651	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.97	0.2735	176	0.2777	10738	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.97-2	0.2442	177	0.2715	10641	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2-2.03	0.2976	173	0.2465	10548	X-RAY DIFFRACTION	97.97
2.03-2.06	0.247	184	0.2303	10718	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.06-2.1	0.2494	174	0.2121	10671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.2542	184	0.1938	10798	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.18	0.2283	179	0.1909	10679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.22	0.2025	174	0.1885	10757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.27	0.2369	177	0.1809	10753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.32	0.2051	180	0.1851	10724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.38	0.2416	178	0.1876	10687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.44	0.1956	186	0.1881	10760	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.52	0.2418	172	0.1893	10764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.6	0.232	186	0.1833	10701	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.6-2.69	0.2266	173	0.1835	10734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.8	0.1964	180	0.1886	10728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.92	0.2509	172	0.1941	10700	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.92-3.08	0.2391	181	0.1869	10733	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.27	0.2052	174	0.1828	10719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.52	0.1821	182	0.1775	10703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.88	0.1524	188	0.1531	10732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.44	0.1806	178	0.1394	10744	X-RAY DIFFRACTION	99.98
4.44-5.59	0.1481	174	0.1507	10698	X-RAY DIFFRACTION	99.65
5.59-36.21	0.1845	184	0.1625	10713	X-RAY DIFFRACTION	99.77

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.77230768384	-0.44155553039	0.364523557508	2.43717594746	-0.325654866098	2.35404479777	0.0904661903568	-0.130159729944	-0.470744442429	-0.0789271720127	-0.0669904651073	-0.417419182469	0.369587802212	0.262217268069	-0.0361245783062	0.310154368239	0.0824725665685	0.0216216782512	0.303414595163	0.0975224057534	0.460514371806	152.535	20.691	89.323
2	2.32334685244	-0.559176401332	-0.413307252977	2.06224441132	-0.135397645596	1.84551777805	0.00066090001223	-0.502803434871	-0.332732494982	0.295563396298	0.0108376578041	-0.123523619238	0.217740047567	0.0385840504513	-0.00704343527118	0.39505196413	0.0144878612245	-0.0093134001356	0.404697783827	0.16700828849	0.393154426642	134.92	20.827	101.119
3	1.99763186356	0.616876032592	-0.0743401602217	1.72336437307	0.295059484719	0.472411973513	0.11348784606	-0.520926298273	-0.193075353291	0.306231341505	-0.108462525952	-0.403379441711	0.120843402732	0.161713445537	0.00287932992873	0.309853374783	0.0568181218172	-0.0818134110942	0.505854424215	0.0854380954556	0.374883315857	155.704	34.392	102.698
4	2.9386469419	0.0230134695636	0.796184489037	0.566910316483	-0.370850967371	2.16742286846	0.0311586047661	-0.151605124598	-0.0316034898834	-0.0887236134276	-0.0207332900447	0.249111902304	0.176120101118	-0.10372018095	-0.00741525824461	0.300211476505	0.0262858535923	0.0289722745854	0.341490561867	0.0862811193592	0.414838285413	122.059	32.443	93.352
5	2.57050263651	1.12961272598	0.401068830107	2.08868590372	-0.105587212718	2.41188387905	-0.162837437033	0.437193080273	0.0936159561735	-0.55722421841	0.118111500535	0.595347780963	0.0651161384174	-0.423609709452	0.0578698960988	0.456776623799	-0.0153492693311	-0.216533909766	0.496144924114	-0.0380532279008	0.471419622895	87.691	46.984	62.333
6	2.11262760674	0.472770630266	-0.236630037483	1.86761386708	-0.43278483045	2.98899790091	-0.0943835611944	0.152535638876	-0.355522720439	-0.202754038698	0.0353180130536	0.364233676598	0.315476237302	-0.212628297333	0.0603547664001	0.252410019151	-0.0164181562588	-0.0607183956454	0.341384762142	-0.0282992662037	0.483548566428	89.139	39.759	82.489
7	2.15931170618	-0.220799642171	-0.552502328072	0.980850740919	0.0918091309148	1.7671260462	-0.186121582073	0.303397747487	-0.386277348996	-0.404851756114	0.0378390322515	0.196818133594	0.569789606949	-0.135632378102	0.172162087908	0.695193603935	-0.0513515371991	-0.0841191251433	0.397291575278	-0.128637383784	0.505092637701	99.971	31.884	60.937
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9	1.54300852746	-0.055161891103	-0.516847732512	2.97623042528	0.96047004525	2.03117668328	0.0162394452296	-0.47982957669	0.464717237361	0.34454263237	0.0196168169067	-0.0225840352838	-0.264725645119	0.0507510417729	-0.0191862973588	0.500777949388	-0.00210729273293	0.00123268748242	0.604926205384	-0.221627585047	0.397481730466	125.289	85.499	115.801
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16	3.04002921663	-1.67747675787	-0.88383459802	6.41866059274	2.17464220266	1.17516168606	-0.0383121370294	-0.464870462202	-0.108944193276	0.290282796389	-0.0713302031521	-0.127951759772	0.114265689361	0.38087164118	0.104750791867	0.39668737447	-4.59323436497E-6	0.00325026848609	0.534829263994	0.0193547217783	0.231512909567	125.521	52.338	110.126

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 2:114 )	A	2 - 114
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 115:227 )	A	115 - 227
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 228:362 )	A	228 - 362
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 363:441 )	A	363 - 441
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 2:114 )	B	2 - 114
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 115:227 )	B	115 - 227
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 228:362 )	B	228 - 362
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 363:441 )	B	363 - 441
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND RESID 2:114 )	C	2 - 114
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 115:156 )	C	115 - 156
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 157:227 )	C	157 - 227
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 228:268 )	C	228 - 268
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 269:298 )	C	269 - 298
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 299:362 )	C	299 - 362
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 363:388 )	C	363 - 388
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 389:441 )	C	389 - 441

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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