PDB-7tu0: Structure of the L. blandensis dGTPase bound to Mn

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tu0

タイトル

Structure of the L. blandensis dGTPase bound to Mn

要素

dGTP triphosphohydrolase

DGTPアーゼ

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

dGTPase (DGTPアーゼ) /

nucleotide binding (ヌクレオチド)

機能・相同性

機能・相同性情報

triphosphoric monoester hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Leeuwenhoekiella blandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Sikkema, A.P. / Klemm, B.P. / Horng, J.C. / Hall, T.M.T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022
タイトル: High-resolution structures of the SAMHD1 dGTPase homolog from Leeuwenhoekiella blandensis reveal a novel mechanism of allosteric activation by dATP.
著者: Bradley P Klemm / Andrew P Sikkema / Allen L Hsu / James C Horng / Traci M Tanaka Hall / Mario J Borgnia / Roel M Schaaper /

要旨: Deoxynucleoside triphosphate (dNTP) triphosphohydrolases (dNTPases) are important enzymes that may perform multiple functions in the cell, including regulating the dNTP pools and contributing to ...

履歴

登録	2022年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年7月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2022年7月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tu0.cif.gz	554.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tu0.ent.gz	436.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tu0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/7tu0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/7tu0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	26126C 26127C 26128C 26129C 7tu1C 7tu2C 7tu3C 7tu4C 7tu5C 7tu6C 7tu7C 7tu8C 3bg2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: dGTP triphosphohydrolase

B: dGTP triphosphohydrolase

C: dGTP triphosphohydrolase

ヘテロ分子

159 kDa, 3 ポリマー
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1

A: dGTP triphosphohydrolase

B: dGTP triphosphohydrolase

C: dGTP triphosphohydrolase

ヘテロ分子

A: dGTP triphosphohydrolase

B: dGTP triphosphohydrolase

C: dGTP triphosphohydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Runs as single peak, approximately homohexamer in size
318 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	181.338, 181.338, 110.606
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	dGTP triphosphohydrolase / DGTPアーゼ分子量: 52723.242 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leeuwenhoekiella blandensis (バクテリア) 株: CECT 7118 / CCUG 51940 / MED217 / 遺伝子: MED217_16760 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A3XHN1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.25 % 解説: crystal grew as square bipyramid, approximately 200 microns per side
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Crystal grown in 1ul:1ul drops of well solution (0.8M Sodium Potassium Tartrate, 0.22M Lithium Sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5) and 10mg/mL protein. Cryoprotected by soaking in well solution ...詳細: Crystal grown in 1ul:1ul drops of well solution (0.8M Sodium Potassium Tartrate, 0.22M Lithium Sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5) and 10mg/mL protein. Cryoprotected by soaking in well solution with 30% ethylene glycol and 1mM MnCl2 added

結晶

マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.25 %
解説: crystal grew as square bipyramid, approximately 200 microns per side

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Crystal grown in 1ul:1ul drops of well solution (0.8M Sodium Potassium Tartrate, 0.22M Lithium Sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5) and 10mg/mL protein. Cryoprotected by soaking in well solution ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月7日詳細: Si 111. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射	モノクロメーター: double crystal - liquid nitrogen cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 114923 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.3 % / B_iso Wilson estimate: 47.97 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.089 / R_rim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 17.78
反射シェル	解像度: 2.04→2.17 Å / 冗長度: 15.6 % / R_merge(I) obs: 1.66 / Mean I/σ(I) obs: 1.53 / Num. unique obs: 18328 / CC_1/2: 0.669 / CC star: 0.895 / R_rim(I) all: 1.72 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BG2

3bg2

解像度: 2.04→45.33 Å / SU ML: 0.2813 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.7119
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2156	3626	1.65 %
R_work	0.191	216797	-
obs	0.1914	114900	98.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→45.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10251	0	33	415	10699

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0081	10467
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8993	14133
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0543	1559
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	1822
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.984	3875

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.04-2.07	0.3814	95	0.3554	5580	X-RAY DIFFRACTION	66.34
2.07-2.1	0.3785	142	0.3482	8465	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.1-2.13	0.3203	140	0.3015	8439	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.16	0.3055	141	0.2848	8442	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.19	0.3041	143	0.2716	8418	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.23	0.3152	138	0.2639	8492	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.27	0.3137	141	0.2591	8441	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.31	0.2974	140	0.2542	8505	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.35	0.2926	143	0.254	8419	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.4	0.2766	140	0.2377	8441	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.4-2.45	0.2595	142	0.237	8437	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.51	0.3003	139	0.2228	8478	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.57	0.2315	145	0.2222	8417	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.64	0.2622	138	0.2128	8462	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.72	0.2366	141	0.2165	8443	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.81	0.2338	137	0.2086	8435	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.91	0.2317	142	0.2316	8500	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.03	0.293	136	0.214	8417	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.16	0.2892	143	0.2152	8448	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.33	0.2012	141	0.197	8456	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.54	0.229	146	0.2041	8453	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-3.81	0.1577	143	0.1614	8441	X-RAY DIFFRACTION	100
3.81-4.2	0.2003	141	0.1502	8442	X-RAY DIFFRACTION	99.99
4.2-4.8	0.1598	142	0.1446	8465	X-RAY DIFFRACTION	99.99
4.8-6.05	0.1746	140	0.1729	8442	X-RAY DIFFRACTION	100
6.05-45.33	0.1813	147	0.1599	8419	X-RAY DIFFRACTION	99.62

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.07239782015	0.157265667495	0.666450598384	4.04786270874	-0.632979249919	2.63259152199	0.0545927786836	-0.195239292228	-0.315143616927	-0.00710826806117	-0.0865802200913	-0.1185312343	0.254536423925	0.160767382729	0.0282756727749	0.31707607148	0.06684366617	0.0579604469558	0.356946175768	0.0452598456802	0.332809634655	150.711	20.957	88.577
2	4.31353617896	-0.40734191383	0.436732356789	1.59857345425	-0.341911726202	1.8154830669	-0.0880377149378	-0.63932839012	-0.12438187551	0.296575933728	0.0299497216869	-0.0761697743213	0.228399223551	-0.0757914972867	0.0462605882788	0.404883247294	0.0190894304895	-0.00994915027178	0.356639631896	0.111099471927	0.328686329962	139.374	18.411	99.782
3	2.14805852653	0.730307310577	0.11069943338	1.26027194513	0.0597413496442	0.615461602833	0.0499250258909	-0.445866447516	0.0982547815592	0.15714310767	-0.083730188471	-0.134520159486	-0.000625955649607	0.140676693514	0.0314350505053	0.328733982084	0.0304869132574	-0.0382616636794	0.485507572251	0.0080121752777	0.320693202916	151.68	37.688	101.076
4	7.06162110209	-5.07860945181	3.39109973498	4.68999817843	-3.67710160927	5.16491450934	0.056703587007	-0.239041535604	0.121480854389	-0.292745189533	0.0157890179737	0.129706520506	0.412531925408	-0.41274829996	-0.102815732557	0.287662035963	0.0201480139024	0.00622190813204	0.43480180938	-0.038660711766	0.418642852408	120.144	30.004	89.67
5	3.50347259988	0.482901804671	-0.591021542165	2.82626657482	0.128668207786	3.13126803574	-0.0753263349789	0.222830984194	-0.0289588139158	-0.283123346432	-0.0236526717977	0.199264135467	0.144746614937	-0.304951586442	0.105166383927	0.405240797312	0.00022063655483	-0.0886719276819	0.432387083774	0.0179084287149	0.338971564038	86.358	46.362	61.856
6	0.997275446187	-0.018903961784	0.0768269867619	2.93385503023	0.0615996661641	4.36230452642	-0.0756504027325	-0.0766624095661	-0.275892054364	-0.0307111014504	0.201489194565	-0.0263030542836	0.359762175542	0.129779921872	-0.112503839233	0.270740528989	0.010296319212	-0.0076810632234	0.460979696093	-0.0279578643889	0.435674718598	89.469	39.923	82.079
7	3.09239960943	-0.0393132865655	-0.637065239188	0.95031791684	-0.0191901250173	1.59357574085	-0.103360335775	0.31231469524	-0.46179328068	-0.337330902568	0.0050642252336	0.0385606557248	0.533893898913	-0.00856022362146	0.124393264492	0.645214960588	-0.0254687274464	-0.00792633983024	0.422248313207	-0.0850916560552	0.478319181537	100.266	31.332	60.806
8	2.4885437585	0.666667824162	-0.0482279067838	2.10810959629	0.219580159939	2.93422034683	-0.0958868955612	-0.215460161714	0.549910317157	0.148675535001	0.163883276183	-0.136765786492	-0.110538006844	0.181641445044	-0.0898479079517	0.287835778208	0.0450303820741	-0.0776404657064	0.476688120922	-0.0629611524685	0.417116640959	102.972	50.095	91.237
9	3.08395098074	-0.275752599566	-0.0994412691739	2.92951959708	1.05167694491	3.53872352774	-0.00812217889002	-0.186862898464	0.124870293676	0.39023660302	0.136319083421	-0.0505501053284	-0.0300623559866	0.138759433559	-0.105048172133	0.473969350793	-0.0236479604611	0.033177747026	0.4630842402	-0.0789344161959	0.290646216508	125.919	85.787	116.713
10	3.58075189844	-0.0960221699814	-0.60819467417	6.17000199439	1.19793961662	0.718263409636	0.0849081753299	-0.221945747609	-0.25269290167	0.51029093655	-0.262027894888	0.75680996671	0.0389665106497	-0.286694959646	0.185209141675	0.541055597659	-0.0158719245529	0.0839514573032	0.61474049137	-0.0485773087001	0.380897362934	115.999	66.912	119.664
11	1.88470609502	0.481411847592	0.364015938113	2.65561202256	-0.177816826442	2.06393912923	-0.0601116002743	-0.137329011895	0.344798116029	0.16393326746	0.130806157896	0.554653169064	-0.239113315086	-0.290084337589	-0.0756089224568	0.335198928765	0.0696924599449	0.0610965971121	0.488450622307	-0.0555789532081	0.488979946434	108.8	86.861	105.382
12	2.29498125585	-1.41394559218	-0.340447462629	4.37251782848	-1.15286656243	2.94846957901	0.104393878411	0.0252295744473	-0.412268216742	0.201003382257	-0.0366637584322	0.207878230541	0.083902846911	0.43311168049	-0.0305456362336	0.443985213012	-0.0251539391402	-0.0535155948893	0.5118788397	-0.121433678198	0.550200912751	122.151	53.355	107.695

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 3:90 )	A	3 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 91:243 )	A	91 - 243
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 244:388 )	A	244 - 388
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 389:441 )	A	389 - 441
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 3:114 )	B	3 - 114
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 115:227 )	B	115 - 227
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 228:362 )	B	228 - 362
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 363:441 )	B	363 - 441
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND RESID 2:114 )	C	2 - 114
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 115:227 )	C	115 - 227
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 228:362 )	C	228 - 362
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 363:441 )	C	363 - 441

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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