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- PDB-7trh: Human antibody K03.28 in complex with the influenza hemagglutinin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7trh
タイトルHuman antibody K03.28 in complex with the influenza hemagglutinin head domain of A/California/07/2009(H1N1)(X-181)
要素
  • Hemagglutinin
  • K03.28 Fab heavy chain
  • K03.28 Fab lambda light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / influenza / antibody / neutralizing / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者McCarthy, K.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2023
タイトル: A new class of antibodies that overcomes a steric barrier to cross-group neutralization of influenza viruses.
著者: Simmons, H.C. / Watanabe, A. / Oguin Iii, T.H. / Van Itallie, E.S. / Wiehe, K.J. / Sempowski, G.D. / Kuraoka, M. / Kelsoe, G. / McCarthy, K.R.
履歴
登録2022年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Hemagglutinin
H: K03.28 Fab heavy chain
B: K03.28 Fab lambda light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9753
ポリマ－73,9753
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4920 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area28410 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)75.830, 43.650, 96.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.033, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 25198.215 Da / 分子数: 1 / 断片: head domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/reassortant/NYMC X-181(California/07/2009 x NYMC X-157)(H1N1)
遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: C9EL84
#2: 抗体 K03.28 Fab heavy chain


分子量: 25628.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 K03.28 Fab lambda light chain


分子量: 23148.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.26 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% (w/v) poly(ethylene glycol) 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→46.8 Å / Num. obs: 24401 / % possible obs: 98.33 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 77.22 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.03992 / Net I/σ(I): 14.93
反射 シェル解像度: 3→3.107 Å / Rmerge(I) obs: 0.3816 / Num. unique obs: 2401 / CC1/2: 0.771 / CC star: 0.933

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UBE, 6E56, 4HK0, 4WUK

3ube

6e56

4hk0

4wuk


解像度: 3→46.8 Å / SU ML: 0.4575 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.3394
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2424 623 5.01 %
Rwork0.2017 11816 -
obs0.2038 12439 98.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 78.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→46.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4971 0 0 0 4971
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00285103
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62576952
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045762
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064891
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.9176698
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.30.32851530.28892910X-RAY DIFFRACTION98.17
3.3-3.780.32061550.24792932X-RAY DIFFRACTION98.66
3.78-4.760.22961550.18322950X-RAY DIFFRACTION98.57
4.76-46.80.19361600.17323024X-RAY DIFFRACTION98.03
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.39276649769-3.104709217091.230329310083.356626371820.07228017246883.22198946124-0.104286878208-0.2651421347041.27391759945-0.7126472822830.113401706165-1.0798199797-0.9511095951460.0883992475696-0.167814848410.9548956870940.179862600569-0.1129994256491.07643176441-0.4895246377320.80648039675230.915199192510.182074721816.9517491893
21.504514992151.1201645975-0.4525445438122.83626250925-0.5666831133932.812188810830.378731616683-0.45506535404-0.218369255731-0.230747107753-0.107337347776-0.318530119261-0.855584065675-0.8285121247730.6175551192490.8146727010930.103764582564-0.1369948553361.0501009584-0.4012798488160.62886936279932.083117385511.237189265816.7089756605
35.893381886682.910183106274.940664578924.064776025720.06789913278868.04518135272-0.395879461392-0.5438306046650.2692704445390.1230099449-1.009153584150.0263253420677-1.01062538111-0.751838868374-3.813359543640.6914114718670.0224808656462-0.05086314055961.594139754580.003091177482710.46626282673520.78090363930.17446007545316.0797825735
42.624635060060.08538227808551.274274689841.35207234279-0.6463468955880.953008628542-0.0950558617757-0.408319484398-0.262137693622-0.1164994094950.00663006195309-0.150900172695-0.300972511449-0.320068404893-0.0002511745628020.5692397641770.09451542257260.04896383118510.689616549638-0.02433443084930.62602033418131.482648916-3.458098061045.90384609029
51.257813241610.758014902655-0.1110605401251.129501766751.006640194771.701520356570.206827926248-0.862126167735-0.3424281714050.244584378809-0.140096808757-0.01796026207060.0768205827471-0.3279939429390.0001783781997530.6668299645270.007529139251710.02353456641760.8003969047550.1580887035140.76693682609126.4122731571-9.5985289572510.9313074881
63.337272458370.6786537074531.352625818960.9536537569160.8648216951322.29236946078-0.00574578311974-0.274065532651-0.642531521920.07540792075420.1070773399470.1397970470240.32450382775-0.2460839382960.0003277954541560.496873503081-0.01200208719220.06481628754860.3706745593870.08380435372390.570674082772-1.87047012351-7.31485211894-17.7821964877
70.9111707448230.1125913082130.04776729145180.2207381338930.1465865232140.723841075245-0.00926737141947-0.218464987943-0.280976164051-0.2774619665890.327993960022-0.03037127181270.174702957891-0.001854166315840.0001325931387830.598377101786-0.1090101925260.002823753276520.484128314688-0.02305434563650.498467488027-2.389675318841.82516637784-24.3164190196
80.7511152747710.6925232087410.1769015357851.34199106036-0.4794937455570.606252584843-0.321846325458-0.112556327318-0.44133988496-0.56715878690.347082262685-0.463122289470.5758928692010.7654199108990.005708310340010.792142516636-0.169565074660.1284502388890.8892747866-0.01298545068660.6154449605-7.9822895692212.0352640045-46.0891775379
90.3342762735050.2753605351360.1445933433980.4975055558510.4541735004910.501765767008-0.3704640006880.709913757181-0.155207050369-0.9635107627650.09779752423970.05934159065240.3302610868890.0426916302919-0.0003002454911191.18416553448-0.2822271160010.07556024938830.983780808227-0.08080263412130.725395848375-9.9010938990913.4455390477-54.457900152
102.340153176710.8118605198121.143962778461.58407363715-0.4234780679731.68256293535-0.265461423844-0.2112043399750.740555173706-0.03634530269930.239251990059-0.2706762691640.07926105714390.160937772491-0.003668239853610.5090043370310.0678934637859-0.02978224741350.473588392877-0.172224490890.66475787204314.81654868369.9269204704-16.4990702781
111.76123828086-0.6608660225521.157124022670.739723291039-0.9204973015931.2567621895-0.202158946519-0.01561284876790.6892489652430.3663561337780.1344777722940.0057915014551-0.3238312955790.08937466981380.01855829318940.5903090772810.01402843191620.0007376168062260.496794074631-0.0606400785990.64898126291311.291125356512.0809026937-20.5225144119
121.723045350591.12125688623-0.2858750682523.24022252619-0.105643255861.84238369906-0.107021420991-0.1247020813430.0932934500606-0.160944276759-0.03822110702130.0981214145299-0.0111005749504-0.04266638413940.0003689245490430.633413549975-0.152793804147-0.03289288184730.6055104623810.05986764457130.51717647632-8.6747439383726.3245183241-40.4584784668
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'G' and (resid 57 through 71 )GA57 - 711 - 15
22chain 'G' and (resid 72 through 91 )GA72 - 9116 - 35
33chain 'G' and (resid 92 through 104 )GA92 - 10436 - 48
44chain 'G' and (resid 105 through 174 )GA105 - 17449 - 122
55chain 'G' and (resid 175 through 264 )GA175 - 264123 - 212
66chain 'H' and (resid 2 through 83 )HB2 - 831 - 82
77chain 'H' and (resid 84 through 147 )HB84 - 14783 - 141
88chain 'H' and (resid 148 through 188 )HB148 - 188142 - 182
99chain 'H' and (resid 189 through 228 )HB189 - 228183 - 222
1010chain 'B' and (resid 1 through 68 )BC1 - 681 - 68
1111chain 'B' and (resid 69 through 117 )BC69 - 11769 - 117
1212chain 'B' and (resid 118 through 214 )BC118 - 214118 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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