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- PDB-7tqo: Structure of human TREX1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tqo
タイトルStructure of human TREX1
要素Three-prime repair exonuclease 1
キーワードHYDROLASE / nuclease / DNase / innate immunity / autoimmunity
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation by TREX1 / immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / CD86 biosynthetic process / immune complex formation / atrial cardiac muscle tissue development / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / T cell antigen processing and presentation / MutSalpha complex binding ...Regulation by TREX1 / immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / CD86 biosynthetic process / immune complex formation / atrial cardiac muscle tissue development / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / T cell antigen processing and presentation / MutSalpha complex binding / retrotransposition / oligosaccharyltransferase complex / regulation of lysosome organization / regulation of fatty acid metabolic process / regulation of lipid biosynthetic process / DNA modification / WW domain binding / heart process / MutLalpha complex binding / regulation of protein complex stability / cellular response to hydroxyurea / lymphoid progenitor cell differentiation / regulation of type I interferon production / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / macrophage activation involved in immune response / regulation of tumor necrosis factor production / IRF3-mediated induction of type I IFN / regulation of cellular respiration / inflammatory response to antigenic stimulus / DNA catabolic process / regulation of immunoglobulin production / apoptotic cell clearance / regulation of T cell activation / regulation of glycolytic process / DNA duplex unwinding / DNA binding, bending / 3'-5'-DNA exonuclease activity / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / DNA metabolic process / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / blood vessel development / nuclear replication fork / cellular response to interferon-beta / mismatch repair / heart morphogenesis / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / negative regulation of innate immune response / 3'-5' exonuclease activity / generation of precursor metabolites and energy / kidney development / determination of adult lifespan / protein-DNA complex / establishment of protein localization / cellular response to gamma radiation / cellular response to reactive oxygen species / nuclear envelope / single-stranded DNA binding / regulation of inflammatory response / double-stranded DNA binding / DNA recombination / defense response to virus / DNA replication / protein stabilization / DNA repair / endoplasmic reticulum membrane / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Three-prime repair exonuclease 1/2 / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Three-prime repair exonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Zhou, W. / Richmond-Buccola, D. / Kranzusch, P.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1DP2GM146250-01 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis of human TREX1 DNA degradation and autoimmune disease.
著者: Zhou, W. / Richmond-Buccola, D. / Wang, Q. / Kranzusch, P.J.
履歴
登録2022年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Three-prime repair exonuclease 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0971
ポリマ－26,0971
非ポリマー00
水4,252236
1
A: Three-prime repair exonuclease 1

A: Three-prime repair exonuclease 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1942
ポリマ－52,1942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area3240 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area19170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.592, 57.592, 124.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Three-prime repair exonuclease 1 / 3'-5' exonuclease TREX1 / Deoxyribonuclease III / DNase III


分子量: 26096.928 Da / 分子数: 1 / 変異: A5T, P8H, P10H, F17L, M19L, F26S, Q28R, K30E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TREX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NSU2, exodeoxyribonuclease III
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES-KOH pH 7.6, 10% PEG-8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→42.26 Å / Num. obs: 58943 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 45.6 % / Biso Wilson estimate: 17.11 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.017 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.25→1.27 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2773 / CC1/2: 0.449

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MXJ

3mxj


解像度: 1.25→42.26 Å / SU ML: 0.1335 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.4884
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1895 2000 3.4 %
Rwork0.1712 56783 -
obs0.1719 58783 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→42.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1705 0 0 236 1941
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071767
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94232420
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071283
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0109312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3896653
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.280.29871370.28453875X-RAY DIFFRACTION97.07
1.28-1.310.27341410.27223999X-RAY DIFFRACTION99.95
1.31-1.350.26441390.24973960X-RAY DIFFRACTION99.98
1.35-1.40.22811410.23624006X-RAY DIFFRACTION99.95
1.4-1.450.25651420.22644027X-RAY DIFFRACTION100
1.45-1.50.21841410.194020X-RAY DIFFRACTION99.95
1.5-1.570.20521410.17454009X-RAY DIFFRACTION100
1.57-1.660.20321430.17664041X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.760.18411420.17814041X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.90.1831430.17264050X-RAY DIFFRACTION100
1.9-2.090.17771430.15954089X-RAY DIFFRACTION99.98
2.09-2.390.15591460.15044115X-RAY DIFFRACTION99.91
2.39-3.010.18071470.16354160X-RAY DIFFRACTION100
3.01-42.260.18931540.16334391X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.046973921910.5786525195830.2572522807581.787181317650.8748374906982.163042340980.02923426474090.0307538228358-0.1030810253490.1793311847940.04594000586780.04856672322520.118047536401-0.0162611065048-0.07200780372260.172628136815-0.005040103611710.01274515847270.1135141524250.02553382328730.1423260307-10.5499316852-4.99921049364-22.2608059336
21.277224415830.1469542904960.3867843030251.252008292950.2860225226151.728035078580.0415522086931-0.0291942219984-0.1229568291390.2431404268710.00109015910473-0.07071477063320.2163209558750.137088603905-0.00842937721850.199297826476-0.000332570959458-0.0006115675480530.1651515226010.01447543602350.162190535310.939455319554-1.00888358561-22.2419243184
31.458453266451.324804317221.125694307523.541844962582.692824688984.5833723004-0.136522963963-0.008339988834250.197332787948-0.0524591254176-0.04099983624230.384543812394-0.29421230002-0.1786668474380.1370917088850.159794605930.0137384741133-0.004860536779440.13556359976-0.006472115653760.160734785389-11.69396053187.19284843857-28.6895434659
42.27929039429-0.06059072199050.3818932159251.86081502918-0.249006610022.955616475190.0378351779632-0.0737392521772-0.1129964175390.2391088474830.05176656514910.1294988165050.058152106797-0.156984152084-0.09886304437060.156885040478-0.01754743823770.02593441167020.115908765594-0.002556340448360.152216822244-13.089199125-5.88933724866-21.5037190581
51.039186539580.52755562921-0.2509851250793.11767445950.4457147135221.677783033820.114071055401-0.01832073082360.231712007004-0.110455853456-0.1093985403010.248863917126-0.20480507311-0.250226823929-0.002774849094180.2146777032190.0393918548760.03893647557790.1547897170290.001300939759470.184912052393-15.00391408284.930916461-16.7482615145
62.67759191687-0.6024674198680.966664667684.25530118281-0.7604316343632.882367775180.00861988048391-0.115289369919-0.4878259685510.1649547581520.1642857543610.1334760549630.401622938765-0.0581943775641-0.02723526566490.221915649776-0.03021601144990.01095130875110.1476314399080.01007910066430.231601430102-12.5129189081-17.8220635533-18.0674215059
70.9695407343550.0532184513169-0.3924125477971.70506458687-1.895265890475.095994767110.170170243141-0.343066916826-0.4621392688480.0857109684325-0.01291235993510.2594269414680.3838895906680.2217798492350.06353334244790.2364002398860.0277560946437-0.03412907664450.1914790821620.04860858455540.266543497778-1.66221666689-21.5039009982-15.9142127308
83.15952849226-2.247509978770.6008540664891.62751554254-0.7405631804182.39398691616-0.00647714752054-0.131387966878-0.1065224499820.0552560409480.00977971389718-0.6010844925850.03780007536540.398167656767-0.006998347322560.1733398148080.00486372520502-0.02056510441710.2085331790130.0001158102878930.2491771310612.51435557465-11.0380844584-23.1151637563
95.0697464054-0.441433910067-0.7541667407611.066435893710.07949659476611.266813767150.0192756223353-0.0530852204309-0.7918473746960.1442642459030.02708523633230.08230368193450.287962763448-0.117632903044-0.03964237645540.233989615036-0.0310539360763-0.02312115797490.156394291275-0.01818968030220.274272894565-14.177991386-19.1382779109-25.5552450894
102.935081587022.150343106821.829921127093.417414710952.392472568323.94304969032-0.0910435889868-0.2264955705340.334534809860.110838848677-0.1376555523940.381402953436-0.15375245641-0.3431269339060.1043253235710.2037294818980.01756146736620.04025844568220.181408711095-0.0119872219890.205429069375-18.50784763860.56031015412-12.6366071489
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 4 through 44 )4 - 441 - 41
22chain 'A' and (resid 45 through 101 )45 - 10142 - 94
33chain 'A' and (resid 102 through 114 )102 - 11495 - 107
44chain 'A' and (resid 115 through 129 )115 - 129108 - 122
55chain 'A' and (resid 130 through 150 )130 - 150123 - 143
66chain 'A' and (resid 151 through 166 )151 - 166144 - 159
77chain 'A' and (resid 167 through 187 )167 - 187160 - 175
88chain 'A' and (resid 188 through 208 )188 - 208176 - 196
99chain 'A' and (resid 209 through 222 )209 - 222197 - 210
1010chain 'A' and (resid 223 through 237 )223 - 237211 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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