PDB-7tmu: Crystal Structure of the Protein of Unknown Function YPO0625 from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tmu

タイトル

Crystal Structure of the Protein of Unknown Function YPO0625 from Yersinia pestis

要素

SRPBCC family protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Uncharacterized protein / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / START-like domain superfamily / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / SRPBCC family protein

機能・相同性情報

生物種

Yersinia pestis CO92 (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Protein of Unknown Function YPO0625 from Yersinia pestis
著者: Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2022年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tmu.cif.gz	301.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tmu.ent.gz	206.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tmu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/7tmu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/7tmu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7tmu-2 2mwp-d 7tmu-4 4rej-d 1u43-d 2b8u-d 2b8y-d 1rcb-d 5gtg-5 1hzi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP96051

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetTrack: IDP96051

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SRPBCC family protein

B: SRPBCC family protein

C: SRPBCC family protein

D: SRPBCC family protein

ヘテロ分子

69.4 kDa, 4 ポリマー
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1

A: SRPBCC family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: SRPBCC family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: SRPBCC family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: SRPBCC family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	61.872, 92.935, 82.991
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.053, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	SRPBCC family protein 分子量: 17079.598 Da / 分子数: 4 / 変異: The N-terminus residue Met is deleted / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 遺伝子: y3553, YP_2942, EGX46_19825 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A3G5LAW0

#1: タンパク質

SRPBCC family protein

分子量: 17079.598 Da / 分子数: 4 / 変異: The N-terminus residue Met is deleted / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 遺伝子: y3553, YP_2942, EGX46_19825 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A3G5LAW0

-
非ポリマー , 6種, 46分子

#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.05 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5, 10 %(w/v) PEG 8000,10 %(w/v) ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97932 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 29739 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 62.76 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 20.4
反射シェル	解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.701 / Mean I/σ(I) obs: 1.47 / Num. unique obs: 1078 / CC_1/2: 0.665 / R_pim(I) all: 0.451 / R_rim(I) all: 0.838 / % possible all: 69.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
SHELXDE		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.55→37.87 Å / SU ML: 0.317 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.3185
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2342	1466	4.95 %
R_work	0.1933	28173	-
obs	0.1953	29639	96.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→37.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4626	0	59	28	4713

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0014	4775
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4184	6474
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0445	720
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0027	834
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.8402	1725

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.55-2.64	0.3521	114	0.2942	2174	X-RAY DIFFRACTION	74.92
2.64-2.75	0.3344	174	0.2846	2733	X-RAY DIFFRACTION	94.72
2.75-2.87	0.3365	147	0.2802	2894	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.87-3.02	0.327	125	0.2627	2914	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3.02-3.21	0.2814	142	0.2391	2922	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.21-3.46	0.2858	178	0.2078	2901	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.46-3.81	0.2607	140	0.1966	2910	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3.81-4.36	0.1842	145	0.1635	2925	X-RAY DIFFRACTION	99.77
4.36-5.49	0.1923	149	0.1469	2930	X-RAY DIFFRACTION	99.74
5.49-37.87	0.1939	152	0.184	2870	X-RAY DIFFRACTION	96.18

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.67181683515	-4.16837840737	1.74148260461	4.65561595755	-2.1683245475	8.06980173888	-0.857478542563	-0.292892375813	0.0423666092184	1.03826417701	1.23997950951	0.553585624936	-0.115973116773	-0.737829674823	-0.17269238801	0.645256801113	-0.0997447317606	-0.0873207372304	0.550431070618	0.0975385593246	0.861120964066	17.610876906	13.2287899865	68.4367369289
2	3.75938281883	1.32655199825	-0.159939228396	2.39966645699	-2.21250131	2.5517752181	-0.0622043746757	0.246331835503	-0.0776179730736	-1.14070323587	-0.168819594684	-0.453511530334	0.623537159808	0.212941385947	0.204961620657	0.722592081808	0.0212728339448	-0.0525818067735	0.787533959419	-0.168314719501	0.503927409247	37.3407319836	7.38524598008	60.9568274836
3	2.38820467207	-1.2115825808	2.32209773478	7.78399203654	1.87537534488	8.49711036186	0.981046983308	1.60340145985	-0.898360637571	-2.56796707388	-0.192441563927	0.0391905277848	1.51319576623	0.284563941735	-0.72041963667	1.00220673391	-0.0149270798767	-0.126230846806	0.829384451887	-0.0721097551371	0.561403741085	29.8929134396	16.4794145309	51.7603385764
4	9.41160612537	-0.629345324914	1.14080197038	8.37462795514	0.848181650914	8.47986839067	-0.128649038588	0.806485249491	0.589338151925	-1.11442929328	0.117310899607	0.153051477621	-0.171352199022	-0.0539381939483	-0.195547223723	0.57268259192	-0.0793393974487	-0.0418767482954	0.573314835853	-0.0265490288565	0.338687287643	29.3186860926	24.1160711444	56.0135434543
5	3.73982438233	0.26342169851	2.57668200517	0.100240011705	0.0707088413895	2.19108069278	-0.301432371015	-0.256915496132	0.362518429293	1.6019475141	0.389136364282	-0.94768773599	-0.573953520895	1.20939617588	-0.0990642624597	0.631745356142	0.0327317867215	-0.101270859143	0.653705864787	-0.0374828264908	0.53968226813	37.2524994028	16.1865074068	69.8686418127
6	3.20489214063	-3.98700362652	-0.869698982794	8.74668096175	-3.12146132128	3.58901412976	0.402886060435	0.405877102736	-0.554047110756	-0.57257213356	-0.0730202138088	1.01509716938	0.235999492002	-0.210389910583	-0.385577305095	0.526773799255	-0.0558152083689	-0.219972385333	0.494830053551	-0.130644030483	0.499885052859	26.6988364873	15.3959749346	64.6979056848
7	6.65957458541	0.383690560498	0.914644233888	1.8411827821	0.0155032943472	4.26747909951	0.542236044208	-0.0785522174146	-0.263193090688	-1.13201618789	0.0290528722098	1.26400933794	0.809572764552	-0.690522123588	-0.431174515248	0.607131135552	-0.0659766307469	-0.207534582536	0.56290756636	-0.00577506755519	0.648898375805	19.4820808427	13.8348286017	65.1984971034
8	2.55715165262	-4.0998564512	-0.174830004318	9.07605994561	1.91998413438	1.44393048926	0.155013269934	0.62550408983	0.661639071325	-0.86162006006	0.0909267402071	-0.210933461758	0.504458516511	-0.365581150291	-0.0895902915675	1.02515278515	-0.242695640956	-0.54510969856	0.772742814205	0.0580233854816	0.898605162116	11.8745118657	12.748573128	60.6019231258
9	2.59623888122	0.652092958437	-1.66906141608	2.20785889018	-1.84147437671	1.9917533919	0.132123573271	1.71234608913	-1.70936628912	-1.83011141393	0.0808237540192	0.357516540937	0.919186268839	-0.0436760420567	-0.394967876759	1.11944526298	-0.0307711616034	-0.375366010293	0.74333989909	-0.225648435168	0.776416379992	27.2218206915	5.10582243626	56.0884700808
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11	5.5520019235	-1.82427980652	4.89947599055	5.60037438302	-2.856569902	4.56214523125	0.282569173757	0.464285167731	-0.473409440042	-0.341055531702	0.73437075505	-1.49479790092	0.669410488808	1.15245262433	-0.490197426091	0.323590920804	0.15786734684	-0.186430551652	0.626693650606	-0.0645925754034	1.1176772577	34.9959781402	40.5806908442	85.0889657219
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精密化 TLSグループ

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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