PDB-7thi: Human Bisphosphoglycerate Mutase complexed with 2-phosphoglycolate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7thi

タイトル

Human Bisphosphoglycerate Mutase complexed with 2-phosphoglycolate

要素

Bisphosphoglycerate mutase

キーワード

ISOMERASE / ligand / activator

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate derivative catabolic process / bisphosphoglycerate mutase / bisphosphoglycerate mutase activity / phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent) / : / neuroinflammatory response / establishment of blood-brain barrier / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Glycolysis / cellular response to stress ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.33 Å

データ登録者

Clark, K.L. / Kulathila, R. / Wright, K. / Isome, Y. / Sage, D. / Yang, Y. / Christodoulou, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human Bisphosphoglycerate Mutase complexed with 2-phosphoglycolate
著者: Clark, K.L. / Kulathila, R. / Wright, K. / Isome, Y. / Sage, D. / Yang, Y. / Christodoulou, C.

履歴

登録	2022年1月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7thi.cif.gz	404.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7thi.ent.gz	281.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7thi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7thi_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7thi_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7thi_validation.xml.gz	26 KB	表示
CIF形式データ	7thi_validation.cif.gz	39.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/7thi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/7thi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2h4xS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2f90-d 2h52-d 2h4x-d 7puv-1 6t5q-2 2a9j-d 5ujw-4 3v0n-d 3bxg-d 6rre-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (11) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (10) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bisphosphoglycerate mutase

B: Bisphosphoglycerate mutase

ヘテロ分子

62.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.607, 71.758, 159.294
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Bisphosphoglycerate mutase / BPGM / 2 / 3-bisphosphoglycerate mutase / erythrocyte / 3-bisphosphoglycerate synthase / 3- ...BPGM / 2 / 3-bisphosphoglycerate mutase / erythrocyte / 3-bisphosphoglycerate synthase / 3-diphosphoglycerate mutase / DPGM / BPG-dependent PGAM 分子量: 31118.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BPGM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P07738, bisphosphoglycerate mutase, phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent)
#2: 化合物	ChemComp-PGA / 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / (ホスホノオキシ)酢酸分子量: 156.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅O₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 596 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 27% to 30% PEG 6000, bisTris propane, pH 8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.33→65.43 Å / Num. obs: 129374 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.016 / R_rim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 20.2 / Num. measured all: 1638029 / Scaling rejects: 5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.33-1.4	12.9	1.009	241143	18682	0.896	0.291	1.05	2.5	100
4.2-65.43	11.5	0.042	51071	4447	0.999	0.013	0.043	54.2	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.7	データスケーリング
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
autoPROC		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2H4X

2h4x

解像度: 1.33→46.49 Å / SU ML: 0.1385 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.1971
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1602	6378	4.93 %
R_work	0.1343	122872	-
obs	0.1356	129250	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.33→46.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4159	0	18	596	4773

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0068	4385
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9093	5954
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	634
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0115	782
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.6644	1692

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.33-1.34	0.2588	214	0.2474	4060	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.34-1.36	0.2435	184	0.2237	4051	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.36-1.38	0.2489	206	0.2094	4077	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.38-1.39	0.2355	216	0.1973	4034	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.39-1.41	0.2275	208	0.1799	4021	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.41-1.43	0.2097	205	0.1639	4090	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.45	0.208	201	0.1487	4028	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.47	0.1776	209	0.1337	4100	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.5	0.1825	211	0.1237	4034	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.5-1.52	0.1522	209	0.1159	4085	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.55	0.1491	204	0.1099	4040	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.55-1.57	0.1402	202	0.1133	4087	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.6	0.141	209	0.1178	4048	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.64	0.1638	220	0.123	4057	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.67	0.1573	215	0.1192	4062	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.71	0.1546	209	0.1243	4086	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.71-1.75	0.1459	210	0.1201	4056	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.75-1.8	0.1793	228	0.1142	4103	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.86	0.1405	223	0.1083	4034	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.91	0.1483	180	0.1119	4111	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.98	0.1343	208	0.1142	4101	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.06	0.1624	196	0.1216	4133	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.06-2.16	0.149	185	0.1223	4121	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.27	0.1539	220	0.1142	4109	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.41	0.1242	222	0.117	4143	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.6	0.1594	246	0.124	4065	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.86	0.173	246	0.1376	4154	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-3.27	0.1503	199	0.1464	4196	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-4.12	0.1544	233	0.1354	4202	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.13-46.49	0.1699	260	0.1549	4384	X-RAY DIFFRACTION	99.94

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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