PDB-7thf: Structure of Cyclophilin D Peptidyl-Prolyl Isomerase Domain bound...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7thf

タイトル

Structure of Cyclophilin D Peptidyl-Prolyl Isomerase Domain bound to Macrocyclic Inhibitor B53

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial

キーワード

ISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR / oxidative stress / necrosis / mitochondrial permeability / ISOMERASE / ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / : / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / cellular response to arsenic-containing substance / mitochondrial depolarization / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Rangwala, A.M. / Thakur, M.K. / Seeliger, M.A. / Peterson, A.A. / Liu, D.R.

資金援助

米国, 6件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA260772	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM118062	米国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)	EB022376	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM119437	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	OD028478	米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Discovery and molecular basis of subtype-selective cyclophilin inhibitors.
著者: Peterson, A.A. / Rangwala, A.M. / Thakur, M.K. / Ward, P.S. / Hung, C. / Outhwaite, I.R. / Chan, A.I. / Usanov, D.L. / Mootha, V.K. / Seeliger, M.A. / Liu, D.R.

履歴

登録	2022年1月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年11月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7thf.cif.gz	137 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7thf.ent.gz	85.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7thf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/7thf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/7thf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7tgsC 7tgtC 7tguC 7tgvC 7th1C 7th6C 7th7C 7thcC 7thdC 2bitS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (7) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial

ヘテロ分子

18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.492, 66.885, 68.968
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial / PPIase F / Cyclophilin D / CyP-D / CypD / Cyclophilin F / Mitochondrial cyclophilin / CyP-M / Rotamase F 分子量: 17652.125 Da / 分子数: 1 / 変異: K175I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIF, CYP3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30405, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-I4R / 3-(4'-{[(4S,7S,11R,13E,19S)-19-{[2-(2-aminoethoxy)ethyl]carbamoyl}-7-benzyl-3,6,12,15,21-pentaoxo-1,3,4,5,6,7,8,9,10,12,15,16,17,18,19,20,21,22-octadecahydro-2H-7,11-methano-2,5,11,16,20-benzopentaazacyclotetracosin-4-yl]methyl}[1,1'-biphenyl]-4-yl)pentanedioic acid 分子量: 986.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₄H₆₃N₇O₁₁ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.3 % / 解説: Bladed, tabular, roughly 0.3-0.5 mm in length
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 22.5% PEG 3350 0.5 M KH2PO4 1 mM NaCl Protein and inhibitor were mixed in ratio 1:2 1 uL of protein:inhibitor complex was mixed with 1 uL mother liquor

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92011 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月8日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Monochromator, Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→25.68 Å / Num. obs: 71217 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 13.1 % / B_iso Wilson estimate: 12.37 Å² / CC_1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.18 / R_pim(I) all: 0.0374 / R_rim(I) all: 0.0529 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 1.1→1.13 Å / 冗長度: 11.3 % / R_merge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 4690 / CC_1/2: 0.888 / CC star: 0.98 / R_pim(I) all: 0.1625 / R_rim(I) all: 0.2299 / % possible all: 89.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
autoPROC		data processing
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BIT

2bit

解像度: 1.1→25.68 Å / SU ML: 0.0672 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 12.9126
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1477	1998	2.81 %
R_work	0.1369	69162	-
obs	0.1372	71160	98.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→25.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1236	0	72	212	1520

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0075	1384
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0633	1875
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0805	196
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0082	244
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.0812	274

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1-1.13	0.2003	131	0.1802	4368	X-RAY DIFFRACTION	88.34
1.13-1.16	0.1468	134	0.1491	4807	X-RAY DIFFRACTION	96.96
1.16-1.2	0.1571	141	0.14	4793	X-RAY DIFFRACTION	97.57
1.2-1.23	0.1535	141	0.1369	4894	X-RAY DIFFRACTION	98.28
1.23-1.28	0.1276	143	0.1339	4927	X-RAY DIFFRACTION	99.1
1.28-1.33	0.1421	139	0.1409	4938	X-RAY DIFFRACTION	99.39
1.33-1.39	0.1481	138	0.1347	4949	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.39-1.46	0.1461	145	0.1287	4989	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.46-1.56	0.1311	145	0.1238	4973	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.56-1.68	0.1317	147	0.1244	5025	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.84	0.1384	138	0.122	5037	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-2.11	0.1219	150	0.1231	5040	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.66	0.1307	152	0.1302	5106	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-25.68	0.1793	154	0.1543	5316	X-RAY DIFFRACTION	99.98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.296227690105	0.0393555527356	-0.0426285630182	0.640065875107	0.0816800727888	0.653025419811	0.00738972249299	0.018064656927	-0.119541241547	0.0341089849078	-0.00528397527624	0.0459823763951	0.0444312200933	-0.0180179888722	0.00361079522586	0.0880386954467	0.00189712008379	0.00328739004877	0.0833063496782	-0.00327010269055	0.102656849331	-3.7064406672	3.19968913966	16.9635271486
2	0.306492954047	0.0829754099452	0.0577818089304	0.772234955145	0.0314925118785	0.602672276393	0.016171273031	-0.0191292630459	-0.00480381819805	0.0361618357301	-0.0103672484892	-0.0300151711723	0.022176186349	0.020873742038	0.000525873227151	0.0645855578949	0.000183219577428	0.00360800310252	0.077315276914	-0.00585092614038	0.0670960820212	0.96778872676	12.4216865165	20.8830972519
3	0.214267285076	-0.141538897738	0.0127043531252	0.127351655471	-0.0563172416042	0.26570272969	-0.0387289336869	-0.0595573493277	0.0709381432325	0.0918898284483	0.0129578544134	0.0242711767693	-0.0846043983871	-0.0179287817608	-0.00260360411414	0.102769988695	0.00105179069722	-0.0010239914229	0.0987202082443	-0.00791894104918	0.0903211789294	-0.582948123004	20.1378877164	27.0342739498
4	0.482754186265	-0.0046749854536	0.190292073772	0.425991451217	0.161161791708	0.221628056896	0.00145902830713	0.0656170520522	0.0496026165049	-0.0722498902151	0.0240214710896	-0.0860546595338	-0.10163179509	0.117518174051	0.000510248304481	0.0889882008539	-0.00915347671453	0.00298573328853	0.0922070826751	0.00223339010276	0.087902157644	7.1125984905	17.9620905879	14.0015581091
5	0.376046187393	0.000492143790057	0.0430925508382	0.336022233476	-0.00186884249846	0.278032699029	-0.0213667070007	0.0779885250692	-0.0513091106355	-0.157618383375	0.0675479876259	-0.076597430188	-0.00330509845553	0.0954693013523	0.00214424597265	0.0883879166036	-0.00423333171565	0.00516484826133	0.0928774268858	-0.00276393732746	0.0883102263122	7.62599565904	11.4867493652	13.1875713435
6	0.0804366533726	0.0122520713389	0.0288345671409	0.132554301355	0.0105111112801	0.111450925084	0.0945858297171	0.0437995422225	-0.0280449535444	-0.0693727394383	-0.0658231201286	0.0203739578119	0.0563924813932	-0.0366360843223	0.00340569142347	0.0992322000867	-0.00394249031072	-0.00527915303443	0.100313056601	0.00319896088313	0.101480878926	-6.84079521389	7.7414845511	6.92603866041
7	0.322777205282	0.0232994717907	-0.236438300223	0.174141422516	0.0743340615045	0.616640942183	0.0501390812491	0.018689801766	0.211452105448	0.00877394669268	0.0475003679891	0.283076067534	-0.287176629691	-0.201038338895	0.0156068515945	0.11546704868	0.0235176993649	-0.00797135454831	0.135813832062	0.00763070961994	0.139495441031	-13.0722140891	18.4038646049	9.3113714225
8	0.399104581371	-0.133671377268	0.247880471304	0.431456009906	-0.274441028334	0.420988370252	0.0990771344237	0.0236286472169	-0.132890110637	0.00640231911031	-0.0872908860744	0.0461118717706	0.16459551627	0.0401615408083	0.00921253779725	0.115110097282	0.00610410336566	-0.00343919882287	0.102410150838	0.000994431928116	0.102796926916	-4.04666818812	3.629589414	21.9010397029

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 45 through 66 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 67 through 106 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 107 through 126 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 127 through 164 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 165 through 177 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 178 through 187 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 188 through 197 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 198 through 207 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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