PDB-7tgu: Structure of Cyclophilin D Peptidyl-Prolyl Isomerase Domain bound...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tgu

タイトル

Structure of Cyclophilin D Peptidyl-Prolyl Isomerase Domain bound to Macrocyclic Inhibitor B1

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial

キーワード

ISOMERASE/ISOMERASE inhibitor / Peptidyl-prolyl isomerase / oxidative stress / necrosis / mitochondrial permeability / ISOMERASE / ISOMERASE-ISOMERASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / mitochondrial depolarization / negative regulation of oxidative phosphorylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.21 Å

データ登録者

Rangwala, A.M. / Thakur, M.K. / Seeliger, M.A. / Peterson, A.A. / Liu, D.R.

資金援助

米国, 6件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA260772	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM118062	米国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)	EB022376	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM119437	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	OD028478	米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Discovery and molecular basis of subtype-selective cyclophilin inhibitors.
著者: Peterson, A.A. / Rangwala, A.M. / Thakur, M.K. / Ward, P.S. / Hung, C. / Outhwaite, I.R. / Chan, A.I. / Usanov, D.L. / Mootha, V.K. / Seeliger, M.A. / Liu, D.R.

履歴

登録	2022年1月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年11月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tgu.cif.gz	135.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tgu.ent.gz	87 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tgu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7tgu_validation.pdf.gz	696.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7tgu_full_validation.pdf.gz	697.2 KB	表示
XML形式データ	7tgu_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	7tgu_validation.cif.gz	13.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/7tgu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/7tgu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7tgsC 7tgtC 7tgvC 7th1C 7th6C 7th7C 7thcC 7thdC 7thfC 2bitS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (7) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (7)

登録構造単位

X: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial

ヘテロ分子

18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.195, 60.141, 66.264
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial / PPIase F / Cyclophilin D / CyP-D / CypD / Cyclophilin F / Mitochondrial cyclophilin / CyP-M / Rotamase F 分子量: 17666.150 Da / 分子数: 1 / 変異: K175I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIF, CYP3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P30405, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-I44 / (4S,7S,11R,13E,19S)-N-[2-(2-aminoethoxy)ethyl]-4-[(4-benzoylphenyl)methyl]-7-benzyl-3,6,12,15,21-pentaoxo-1,3,4,5,6,7,8,9,10,12,15,16,17,18,19,20,21,22-octadecahydro-2H-7,11-methano-2,5,11,16,20-benzopentaazacyclotetracosine-19-carboxamide 分子量: 884.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₀H₅₇N₇O₈
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.4 % / 解説: Blades and tabular, between 0.3-0.5 mm
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 23% PEG 3350 0.5 M KH2PO4 Protein and inhibitor were mixed in ratio 1:3 1 uL of protein:inhibitor complex was mixed with 1 uL mother liquor

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月30日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Monochromator; Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.21→44.534 Å / Num. obs: 43493 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 10.8 % / B_iso Wilson estimate: 11.42 Å² / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.015 / R_rim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 23
反射シェル	解像度: 1.21→1.232 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 799 / CC_1/2: 0.766 / CC star: 0.951 / R_pim(I) all: 0.317 / R_rim(I) all: 0.538 / % possible all: 33.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
autoPROC		data processing
PHASER		位相決定
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BIT

2bit

解像度: 1.21→44.53 Å / SU ML: 0.0933 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.1107
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1604	2108	4.85 %
R_work	0.1513	41381	-
obs	0.1518	43489	87.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.21→44.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1229	0	65	127	1421

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0077	1370
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0764	1852
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0819	195
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0071	242
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.3353	197

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.21-1.24	0.2397	60	0.2147	1082	X-RAY DIFFRACTION	35.42
1.24-1.27	0.1941	78	0.1973	1576	X-RAY DIFFRACTION	50.71
1.27-1.3	0.1971	104	0.1836	2026	X-RAY DIFFRACTION	65.52
1.3-1.34	0.2028	126	0.1794	2417	X-RAY DIFFRACTION	77.98
1.34-1.39	0.1959	125	0.1663	2770	X-RAY DIFFRACTION	88.24
1.39-1.44	0.1758	133	0.1583	3000	X-RAY DIFFRACTION	95.69
1.44-1.49	0.183	162	0.1418	3102	X-RAY DIFFRACTION	100
1.49-1.56	0.1373	165	0.1337	3115	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.64	0.1422	164	0.1299	3125	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.64-1.75	0.1551	193	0.1377	3110	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.75-1.88	0.1457	153	0.1455	3141	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-2.07	0.1619	157	0.1449	3172	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.37	0.1553	169	0.1413	3169	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.99	0.1514	163	0.1576	3218	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-44.53	0.1637	156	0.157	3358	X-RAY DIFFRACTION	99.63

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.44038036349	-0.413571016941	0.259015631414	1.46614030251	-0.473732346794	1.12899706652	-0.055585812927	-0.179840590985	-0.15594419031	0.092229351558	0.03137376573	0.0341278943474	0.127365447809	0.0236710146688	0.0119279846263	0.0886948381129	0.017843202734	0.0212506463591	0.0944090084804	0.0221037302611	0.0707526094623	7.43327492957	62.7604678626	73.5508193817
2	3.53828004679	-0.861239714843	-0.525592190596	1.6437836646	0.307722648619	1.04864821261	-0.0474282382476	-0.00895983106965	-0.336319217365	0.00645210891217	0.0104159563818	0.122138782171	0.127875499442	0.0167397162394	0.0579386695113	0.110614129322	-0.00651628190231	-0.00509539525752	0.0857341544845	0.000691075923988	0.132507776059	8.11608577735	55.9875942439	65.0742322363
3	1.42570798735	-0.943893923552	-0.509785346069	4.16821247107	1.83949703575	0.819860834725	-0.0261475587242	0.296965946531	-0.301165690363	-0.00412185195748	-0.234874899442	0.428878950334	0.0916857933494	-0.1911364755	0.232318349418	0.10342266035	-0.0143057115096	-0.000700381586956	0.146830923702	-0.0504102014055	0.170797489601	0.667799541251	59.1432160044	59.1132210113
4	1.19710997902	0.00215840543759	-0.0343774208985	1.47259570011	-0.159124091936	0.964271048773	0.0242746470792	0.110286795997	-0.00936393393011	-0.0687111360971	-0.0456749653099	-0.0930232637705	0.0557293322142	0.0529500814938	0.0205622142706	0.0834766425307	0.00753680365281	0.00754005248759	0.095107950656	0.0020814036652	0.0756516055817	14.7350859883	66.0164939676	61.3983157737
5	1.94951774568	-0.234023790764	0.541135690501	2.63633344433	-0.672946495292	1.13455783276	-0.068770532984	-0.0742948797238	-0.00728719629227	0.0886661596728	0.0192292195144	-0.111726303206	-0.0348246795765	0.133835477124	0.0819089859148	0.0532551231179	0.0143874791436	-0.00040481430964	0.0885163780084	0.0047059316606	0.0719650258725	15.5025057681	66.4550283327	67.0022904844
6	3.6245747026	0.208481770371	-1.15128492761	7.25373830643	2.83057675476	3.28143288392	-0.180414293042	-0.229682446068	-0.289842635875	0.312539208454	0.214776726344	-0.200175416036	0.244368528552	0.154852642972	-0.018585126618	0.186225400886	0.0525002699115	0.00352236267589	0.148716414377	0.0437448276686	0.167736908294	18.8486272773	51.5680041273	72.0686202295
7	2.66467072892	-1.46155919803	-1.57164331205	2.54419926286	1.10518244525	2.44810982259	-0.250546138367	-0.0634524529304	-0.587477532732	0.239607688226	0.0780486979436	0.220956858655	0.405474951184	0.0651295641845	0.14865345749	0.138318524088	0.00860717627927	0.0116496405292	0.106450024485	0.0173090769689	0.226427648723	9.82655480591	50.8543846301	69.019202978

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'X' and (resid 3 through 42 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'X' and (resid 43 through 65 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'X' and (resid 66 through 85 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'X' and (resid 86 through 123 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'X' and (resid 124 through 136 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'X' and (resid 137 through 146 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'X' and (resid 147 through 165 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)