PDB-7th7: Structure of Cyclophilin D Peptidyl-Prolyl Isomerase Domain bound...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7th7

タイトル

Structure of Cyclophilin D Peptidyl-Prolyl Isomerase Domain bound to Macrocyclic Inhibitor B23

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial

キーワード

ISOMERASE (異性化酵素) /

oxidative stress (酸化ストレス) /

necrosis (壊死) / mitochondrial permeability

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / negative regulation of oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation /

mitochondrial permeability transition pore complex / mitochondrial depolarization / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Rangwala, A.M. / Thakur, M.K. / Seeliger, M.A. / Peterson, A.A. / Liu, D.R.

資金援助

米国, 6件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA260772	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM118062	米国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)	EB022376	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM119437	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	OD028478	米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Discovery and molecular basis of subtype-selective cyclophilin inhibitors.
著者: Peterson, A.A. / Rangwala, A.M. / Thakur, M.K. / Ward, P.S. / Hung, C. / Outhwaite, I.R. / Chan, A.I. / Usanov, D.L. / Mootha, V.K. / Seeliger, M.A. / Liu, D.R.

履歴

登録	2022年1月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年11月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7th7.cif.gz	139.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7th7.ent.gz	87.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7th7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/7th7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/7th7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7tgsC 7tgtC 7tguC 7tgvC 7th1C 7th6C 7thcC 7thdC 7thfC 2bitS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (7) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial

ヘテロ分子

18.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.542, 67.177, 69.071
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial / PPIase F / Cyclophilin D / CyP-D / CypD / Cyclophilin F / Mitochondrial cyclophilin / CyP-M / Rotamase F 分子量: 17595.074 Da / 分子数: 1 / 変異: K175I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIF, CYP3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30405, プロリルイソメラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-I5E / 3-(4'-{[(4S,7S,11R,19S)-19-{[2-(2-aminoethoxy)ethyl]carbamoyl}-7-benzyl-3,6,12,15,21-pentaoxo-1,3,4,5,6,7,8,9,10,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22-icosahydro-2H-7,11-methano-2,5,11,16,20-benzopentaazacyclotetracosin-4-yl]methyl}[1,1'-biphenyl]-4-yl)propanoic acid 分子量: 930.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₂H₆₃N₇O₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / Density meas: 49.3 Mg/m³ / 溶媒含有率: 51.59 % / 解説: Bladed, tabular, roughly 0.3-0.5 mm in length
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 21% PEG 3350 0.5 M KH2PO4 Protein and inhibitor were mixed in ratio 1:3 1 uL of protein:inhibitor complex was mixed with 1 uL mother liquor

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月21日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Monochromator; Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→25.72 Å / Num. obs: 46222 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 11.4 % / B_iso Wilson estimate: 9.38 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.01896 / R_rim(I) all: 0.02682 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 1.3→1.34 Å / Num. unique obs: 393 / CC_1/2: 0.911 / % possible all: 60

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
autoPROC		data processing
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BIT

2bit

解像度: 1.3→25.72 Å / SU ML: 0.0773 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 13.3911
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1473	1831	4.35 %
R_work	0.135	40283	-
obs	0.1355	42114	93.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→25.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1236	0	68	220	1524

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0093	1374
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2002	1857
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0849	195
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0089	240
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	32.8235	204

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.34	0.1866	87	0.1873	1962	X-RAY DIFFRACTION	60.07
1.34-1.37	0.2074	112	0.1562	2404	X-RAY DIFFRACTION	73.98
1.37-1.42	0.1599	132	0.1347	2868	X-RAY DIFFRACTION	88.13
1.42-1.47	0.1387	142	0.1253	3158	X-RAY DIFFRACTION	97
1.47-1.53	0.1252	146	0.118	3243	X-RAY DIFFRACTION	99.21
1.53-1.6	0.1152	151	0.1166	3264	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.6-1.68	0.1274	145	0.1216	3293	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.68-1.79	0.1389	155	0.1264	3264	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.93	0.1702	149	0.1232	3322	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-2.12	0.1386	152	0.1246	3282	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.43	0.1361	147	0.1253	3339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-3.06	0.1445	151	0.1414	3366	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-25.72	0.1592	162	0.1507	3518	X-RAY DIFFRACTION	99.97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0355452368807	0.0715228769916	-0.0377790272181	0.404114061053	0.0163701703455	0.26657866333	-0.0226204028974	0.0345215252405	-0.105459472087	0.0494398275388	0.0164249817286	0.0471473669393	0.0162601054585	-0.00953951866599	-5.32973364481E-5	0.085647268991	0.00341373317038	0.00107774166395	0.0832820384526	-0.00341385152483	0.102154824951	-3.41367097181	3.30852546281	17.1057064002
2	0.200524877608	0.0444170393618	-0.0505744952845	0.254633595766	-0.0194930650419	0.183649951954	0.0200127062696	-0.0550108082848	-0.122402096915	0.0826239777258	-0.0127791190066	-0.158287078665	0.101851673716	0.133011216193	0.00181485270816	0.0706193674519	0.00579694374257	-0.00371665686143	0.0931022820388	-0.00171453729747	0.089447181135	8.54850236357	9.52002865981	24.6504559221
3	0.0979854710744	0.124635236777	0.0661204381596	0.244725503982	0.137574472225	0.0894598149565	0.022489779701	-0.00251189939633	0.0154269414711	0.0115433054624	-0.0145947362065	0.0394757188398	0.0135515380068	-0.00659538108103	0.00418672956154	0.0732829479678	-0.00226010282961	0.00101987970373	0.0811870036815	-0.00401384488999	0.0658849684566	-4.33682699409	14.6421547768	18.3679428853
4	0.21601999297	0.216560899313	-0.256633425657	0.30453935141	-0.348999258704	0.43491220364	-0.0105668645385	-0.143624285127	0.100076088762	0.206369182353	0.0507980146345	0.220390153928	-0.0628115738729	-0.12119207804	0.00116504401755	0.0812446818084	-0.00127820955941	0.00649227446977	0.0909158065927	-0.00901299112337	0.0905512077614	-7.40010044528	20.5581759191	23.9320172051
5	0.0529932792326	0.0150710980628	0.0374948218388	0.00854298765847	0.00376272994628	0.0913420973872	-0.00280250703141	-0.0612516188277	0.0659656776016	0.0811994582952	0.0099528275632	-0.0427567962817	-0.103029291585	0.0414053846596	0.000399196016994	0.0947744790551	0.00382664170662	-0.00283137556261	0.0894716703608	-0.00765487868675	0.0720055620317	5.25231631458	20.5979835673	29.426210821
6	0.559450669646	-0.126937114995	0.113190950018	0.883576458744	0.567421117143	0.872165265644	-0.00210884923802	0.0672191343772	0.034856395061	-0.0820521916688	0.038528648069	-0.080271181576	-0.085566487943	0.116598051377	0.148611523785	0.0665905999655	-0.00792699095932	0.00367734001498	0.0757144312276	0.00173434952273	0.0670527877688	7.30307664911	16.5311103565	13.7082836735
7	0.0431843711841	0.0336900068801	0.0142180419088	0.150664704856	-0.0302476581608	0.0781449807774	0.128729728748	0.0818406162833	0.0389599230497	-0.101547909569	-0.0919368740977	-0.108840368459	0.0497467409945	0.0235749403952	0.00122002703229	0.0951078220542	0.000992128545368	-0.00487238235018	0.0863750249193	1.38649065229E-5	0.0983128280686	-6.86950497555	7.76324619019	7.04125406056
8	0.65497525592	0.314721446877	-0.518566913564	0.430611978677	0.232211730554	1.23961656915	0.0728340521707	-0.0350732540077	0.161429066764	-0.0905221025079	0.0188450645643	0.198118937051	-0.240754979632	-0.0829954855291	-0.00199559885144	0.0858913825678	0.0184186723889	-0.00809806412454	0.0974051627937	0.00550581083525	0.112207551017	-13.0044928433	18.4466852689	9.297053914
9	0.119607606905	0.109589360413	-0.072079963551	0.122735189213	-0.0208543304886	0.229479867973	0.0635082317447	-0.0231224586093	-0.189153863855	0.0627219948669	-0.0537028898533	0.0549155796662	0.194503717004	0.0339943620474	-0.00505102213562	0.107519570845	0.00189414381198	-0.00741634483688	0.0910292689158	0.000821509080951	0.1007716849	-4.06653531636	3.76078272043	22.0259856512

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 45 through 66 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 67 through 83 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 84 through 106 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 107 through 116 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 117 through 126 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 127 through 177 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 178 through 187 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 188 through 197 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 198 through 207 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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