PDB-7thc: Structure of Cyclophilin D Peptidyl-Prolyl Isomerase Domain bound...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7thc

タイトル

Structure of Cyclophilin D Peptidyl-Prolyl Isomerase Domain bound to Macrocyclic Inhibitor B25

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial

キーワード

ISOMERASE (異性化酵素) /

oxidative stress (酸化ストレス) /

necrosis (壊死) / mitochondrial permeability

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / negative regulation of oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation /

mitochondrial permeability transition pore complex / mitochondrial depolarization / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Rangwala, A.M. / Thakur, M.K. / Seeliger, M.A. / Peterson, A.A. / Liu, D.R.

資金援助

米国, 6件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA260772	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM118062	米国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)	EB022376	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM119437	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	OD028478	米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Discovery and molecular basis of subtype-selective cyclophilin inhibitors.
著者: Peterson, A.A. / Rangwala, A.M. / Thakur, M.K. / Ward, P.S. / Hung, C. / Outhwaite, I.R. / Chan, A.I. / Usanov, D.L. / Mootha, V.K. / Seeliger, M.A. / Liu, D.R.

履歴

登録	2022年1月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年11月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7thc.cif.gz	136.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7thc.ent.gz	85.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7thc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/7thc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/7thc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7tgsC 7tgtC 7tguC 7tgvC 7th1C 7th6C 7th7C 7thdC 7thfC 2bitS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (7) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial

ヘテロ分子

18.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.564, 67.190, 69.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial / PPIase F / Cyclophilin D / CyP-D / CypD / Cyclophilin F / Mitochondrial cyclophilin / CyP-M / Rotamase F 分子量: 17595.074 Da / 分子数: 1 / 変異: K175I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIF, CYP3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30405, プロリルイソメラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-I4Z / 3-(4'-{[(4S,7S,11R,13E,19S)-19-{[2-(2-aminoethoxy)ethyl]carbamoyl}-7-benzyl-3,6,12,15,21-pentaoxo-1,3,4,5,6,7,8,9,10,12,15,16,17,18,19,20,21,22-octadecahydro-2H-7,11-methano-2,5,11,16,20-benzopentaazacyclotetracosin-4-yl]methyl}[1,1'-biphenyl]-4-yl)prop-2-ynoic acid 分子量: 924.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₂H₅₇N₇O₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.98 % / 解説: Bladed, tabular, roughly 0.3-0.5 mm in length
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 13% PEG 3350 0.5 M KH2PO4 7.5% glycerol Protein and inhibitor were mixed in ratio 1:2 1 uL of protein:inhibitor complex was mixed with 1 uL mother liquor

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92011 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月29日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Monochromator; Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→25.83 Å / Num. obs: 18407 / % possible obs: 71.1 % / 冗長度: 10.7 % / B_iso Wilson estimate: 9.58 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.01409 / R_rim(I) all: 0.01992 / Net I/σ(I): 33.7
反射シェル	解像度: 1.57→1.61 Å / 冗長度: 1 % / R_merge(I) obs: 0.035 / Num. unique obs: 161 / CC_1/2: 0.963 / CC star: 0.997 / R_pim(I) all: 0.04626 / R_rim(I) all: 0.06542 / % possible all: 8.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BIT

2bit

解像度: 1.57→25.83 Å / SU ML: 0.1109 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 17.0947
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1635	1826	9.94 %
R_work	0.1339	16549	-
obs	0.1369	18375	71.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→25.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1236	0	68	243	1547

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0068	1345
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0623	1814
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0543	190
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0062	235
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.3652	252

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.57-1.61	0.301	18	0.1764	155	X-RAY DIFFRACTION	8.82
1.61-1.66	0.151	44	0.1399	409	X-RAY DIFFRACTION	23.45
1.66-1.72	0.1633	68	0.1346	631	X-RAY DIFFRACTION	35.96
1.72-1.78	0.1604	88	0.1259	784	X-RAY DIFFRACTION	44.4
1.78-1.85	0.1539	109	0.1235	983	X-RAY DIFFRACTION	55.21
1.85-1.93	0.1539	137	0.1271	1175	X-RAY DIFFRACTION	66.23
1.93-2.03	0.1457	162	0.1253	1515	X-RAY DIFFRACTION	85.52
2.03-2.16	0.1554	191	0.1197	1760	X-RAY DIFFRACTION	99.09
2.16-2.33	0.1369	203	0.1188	1767	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.33-2.56	0.1825	191	0.132	1805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.93	0.1599	200	0.1382	1805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.69	0.1621	200	0.1365	1828	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.69-25.83	0.1825	215	0.1493	1932	X-RAY DIFFRACTION	99.91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0493731449033	0.109784099397	-0.106541367476	0.628429991049	0.165558651948	0.651724865217	-0.0266772407803	0.0558546573292	-0.184521400939	0.0461575442363	0.0302961609933	0.0577499443287	0.035760314552	0.0178792460293	0.000448994258287	0.0890134751297	0.00458860875602	-0.00170616393501	0.073257312489	-0.00296160820229	0.0990313971596	-3.42009614854	3.4532669968	17.3115562501
2	0.315358057433	0.160238799596	0.151943820416	0.734236447437	0.205319279391	0.533221512628	0.0319028130903	-0.0169269865139	0.00787348800037	0.0460241720236	-0.0137209098854	-0.0293225560682	0.0326119876315	0.0542191896169	0.00213835631439	0.0545304003514	0.00212008332081	0.00137218037004	0.0714462718703	-0.00220523503885	0.0602297870105	0.939717646064	12.7533955677	20.996737429
3	0.797137451073	0.0961473156278	0.486421320142	1.04079238584	0.245921528835	0.668680007965	-0.0122340956109	0.0339762989998	0.0677980342273	-0.0397691007483	0.036676326442	-0.0332257096043	-0.077130061133	0.0613887448436	0.002071219544	0.0541091103952	-0.00317440997539	-0.00142783872021	0.0622710143752	-0.00238352282291	0.058701049423	4.4713886575	18.9179863361	18.4012984947
4	0.615972936335	0.638703171562	0.0561616903238	2.24442549489	0.139504120179	0.213130448627	-0.0452920292187	0.115891046805	-0.0231404105268	-0.132492574301	0.142993768905	-0.0155709082527	-0.0299833798375	0.103958308932	0.0174297317235	0.0527936131981	-0.0109973148372	0.00938086485131	0.0662237164285	-0.00501914379561	0.0635806416081	7.44343724677	12.4170922018	13.5049589965
5	0.149103180417	0.0680123583977	0.00916399613802	0.7897979145	0.0341093849956	0.0298326722318	0.147487837421	0.0715399376847	0.120532641413	-0.213059896418	-0.122818041939	-0.0372021655386	0.0881639121802	-0.0492110357933	0.0123281733	0.103288707078	-0.00729147458372	-0.00547103729595	0.0758427935757	-0.0021011305988	0.103447655769	-6.66379129663	8.00711973514	7.10780586447
6	0.866401486498	0.742097909772	-0.610801128703	1.03704134787	0.249276559979	1.91399473351	0.0981914849847	-0.0169085729018	0.23338044078	-0.0899289694037	-0.0433220372573	0.234707511654	-0.313949886941	-0.177903028622	-0.0888853071253	0.0715353713651	0.037136490897	0.00270710255063	0.0993312986649	-0.00677465341028	0.131872109499	-12.9777241482	18.5180420773	9.1732300755
7	0.712523599301	0.274987967124	0.402068965381	0.168920035227	0.0364578255788	0.452000784596	0.194880710897	0.0615057292538	-0.357997799144	0.0973639442411	-0.0916187391445	0.174609920151	0.132016391092	0.0767124133803	0.00816203913894	0.0970004889277	0.00058160675164	-0.00877052089952	0.114586464284	-0.0023460796618	0.0918751823511	-4.02945886817	4.00159341576	22.1845803747

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 45 through 66 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 67 through 106 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 107 through 164 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 165 through 177 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 178 through 187 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 188 through 197 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 198 through 207 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)