PDB-7thd: Structure of Cyclophilin D Peptidyl-Prolyl Isomerase Domain bound...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7thd

タイトル

Structure of Cyclophilin D Peptidyl-Prolyl Isomerase Domain bound to Macrocyclic Inhibitor B52

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial

キーワード

ISOMERASE / oxidative stress / necrosis / mitochondrial permeability

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / negative regulation of oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / mitochondrial depolarization / cellular response to arsenic-containing substance / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.16 Å

データ登録者

Rangwala, A.M. / Thakur, M.K. / Seeliger, M.A. / Peterson, A.A. / Liu, D.R.

資金援助

米国, 6件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA260772	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM118062	米国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)	EB022376	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM119437	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	OD028478	米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Discovery and molecular basis of subtype-selective cyclophilin inhibitors.
著者: Peterson, A.A. / Rangwala, A.M. / Thakur, M.K. / Ward, P.S. / Hung, C. / Outhwaite, I.R. / Chan, A.I. / Usanov, D.L. / Mootha, V.K. / Seeliger, M.A. / Liu, D.R.

履歴

登録	2022年1月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年11月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7thd.cif.gz	133.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7thd.ent.gz	83.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7thd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7thd_validation.pdf.gz	722.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7thd_full_validation.pdf.gz	724.5 KB	表示
XML形式データ	7thd_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	7thd_validation.cif.gz	15.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/7thd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/7thd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7tgsC 7tgtC 7tguC 7tgvC 7th1C 7th6C 7th7C 7thcC 7thfC 2bitS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (7) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial

ヘテロ分子

18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.408, 67.032, 69.324
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial / PPIase F / Cyclophilin D / CyP-D / CypD / Cyclophilin F / Mitochondrial cyclophilin / CyP-M / Rotamase F 分子量: 17595.074 Da / 分子数: 1 / 変異: K175I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIF, CYP3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30405, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-I4V / [(4'-{[(4S,7S,11R,13E,19S)-19-{[2-(2-aminoethoxy)ethyl]carbamoyl}-7-benzyl-3,6,12,15,21-pentaoxo-1,3,4,5,6,7,8,9,10,12,15,16,17,18,19,20,21,22-octadecahydro-2H-7,11-methano-2,5,11,16,20-benzopentaazacyclotetracosin-4-yl]methyl}[1,1'-biphenyl]-4-yl)methyl]propanedioic acid 分子量: 972.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₃H₆₁N₇O₁₁ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.6 % / 解説: Bladed, tabular, roughly 0.3-0.5 mm in length
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 15% PEG 3350 0.5 M KH2PO4 1 mM NaCl Protein and inhibitor were mixed in ratio 1:2 1 uL of protein:inhibitor complex was mixed with 1 uL mother liquor

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92011 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月8日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Monochromator, Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.16→25.73 Å / Num. obs: 62319 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.9 % / B_iso Wilson estimate: 9.65 Å² / CC_1/2: 0.995 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.03362 / R_pim(I) all: 0.02377 / R_rim(I) all: 0.03362 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 1.16→1.19 Å / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.595 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 4063 / CC_1/2: 0.921 / CC star: 0.987 / R_pim(I) all: 0.1625 / R_rim(I) all: 0.2297 / % possible all: 88.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
autoPROC		data processing
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BIT

2bit

解像度: 1.16→25.73 Å / SU ML: 0.0713 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 13.1734
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1516	2011	3.23 %
R_work	0.1357	60232	-
obs	0.1362	62243	98.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.16→25.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1236	0	71	164	1471

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0112	1348
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3266	1819
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0909	191
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0116	236
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.266	264

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.16-1.19	0.1943	129	0.1869	3750	X-RAY DIFFRACTION	87.72
1.19-1.22	0.1618	134	0.1584	4264	X-RAY DIFFRACTION	98.79
1.22-1.26	0.176	149	0.1483	4241	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.26-1.3	0.1662	139	0.144	4305	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.3-1.34	0.1306	150	0.1385	4299	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.34-1.4	0.1486	146	0.1308	4279	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.4-1.46	0.1419	137	0.127	4325	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.46-1.54	0.107	147	0.1201	4317	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.54-1.63	0.1116	139	0.1184	4321	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.76	0.1255	150	0.119	4360	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.94	0.1312	145	0.1188	4350	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2.22	0.1315	147	0.1195	4377	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.79	0.1424	143	0.1303	4436	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-25.73	0.1948	156	0.1553	4608	X-RAY DIFFRACTION	99.85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0917728063421	0.0247950024781	-0.165863453884	1.13292415584	0.00350512916189	0.991702152101	0.00337446310234	0.0295237352901	-0.119506270822	0.0262767799463	-0.00122971294376	0.0602158082066	0.0478522520151	-0.0340843168187	-0.000651126346764	0.0728121612244	0.00327583566107	0.00768037757926	0.0799075481533	-0.000394445061213	0.100424316475	-3.40014802383	3.21918993854	17.1262795643
2	0.200308587791	0.0424663205657	0.0294342459462	0.409954715809	-0.0356320107956	0.272095650903	0.00855083650761	-0.0477551479377	-0.094051231331	0.108002421654	-0.00373514239263	-0.176597643998	0.0496881335989	0.138031327471	0.000261510990871	0.0753068353059	0.00306797710151	-0.00549062075759	0.101644558672	-0.00322092884742	0.102384922691	8.63245648123	9.53605522662	24.6729786255
3	0.345139474408	0.00325349820936	0.0588885404461	0.377113261975	0.259059993664	0.25580590105	0.0259470307736	-0.00906303503422	0.0203382332781	0.0128076812246	-0.011982722148	0.0501428255789	-0.0323296145849	-0.0858109422988	-0.00344148140705	0.073396707927	-0.00121236186923	0.00584165184613	0.0748047505897	-0.00596140271935	0.0683576495513	-4.34506160491	14.5887785987	18.3361154488
4	0.0689199453885	-0.0535336369741	0.0711922011528	0.36999895556	-0.106191777013	0.379040862109	-0.0569228987557	-0.0932028731509	0.0602683962483	0.132940100944	0.0242983678495	0.0203014973121	-0.0957523730264	-0.0365533218112	-0.000610747722815	0.106172081	-0.000575547622745	0.00112951714129	0.091949776421	-0.00592719022818	0.079417093033	-0.752477950037	20.232147116	26.9085169149
5	0.733035544964	-0.0822580266666	0.28409961068	0.616577732312	0.287424320743	0.422740523428	-0.00531206112414	0.0895813640905	0.063956374578	-0.0954767636487	0.0218389199084	-0.0805372498252	-0.169615057851	0.136654073619	0.000511061878322	0.0915771862191	-0.0188582357776	0.00792140574025	0.0867834612685	0.00480205411512	0.0845750184033	7.17789144486	17.9935348597	13.9971652461
6	0.618806413993	-0.15916485536	0.0790985805479	0.111741072809	0.00602052216813	0.322977290798	-0.0151742878324	0.0713195032216	-0.0704518614303	-0.146210432554	0.0718269952169	-0.155319338051	-0.0418176290406	0.133468022517	-0.00190772215102	0.0855693508343	-0.0112441260566	0.0136599662127	0.0884408136793	-0.00260077837067	0.0859825062642	7.57475356272	12.2005449001	13.5018730419
7	0.475592418304	-0.211593972041	0.028915515283	0.519787440246	0.0933897343182	0.246263505297	0.0941022564388	0.0361737197335	0.0274705299083	-0.116370470701	-0.0632187032641	0.00679070208918	0.0438324384969	-0.0558688742993	-0.000428263185174	0.0879475068587	-0.00143241911487	-0.0042028968938	0.0983483289868	0.00154325121732	0.102462348282	-6.65129405998	7.94899718121	6.95259932077
8	1.22251746923	0.684946528144	-0.749916927873	0.913201516217	0.516523029285	2.34115345887	0.036482728969	-0.00780258845431	0.238170303003	-0.0682535988146	0.0795619730189	0.329488356616	-0.298155504161	-0.202921491854	0.012543129931	0.0841171522105	0.0513700311311	-0.008993108072	0.141836262271	0.0108194596635	0.13488261255	-13.0727615961	18.3353743327	9.28806385075
9	0.17711243948	0.233504844636	-0.0549600483848	0.36100253389	0.0357406543724	0.345928353707	0.116804003388	-0.0189371606915	-0.147099833362	0.0734884382085	-0.0868550250867	0.030062942744	0.170338852835	0.0205741958467	-0.00255496242487	0.108819712098	0.00255933269974	-0.00182126166943	0.0955522086646	0.00345387704233	0.103108208405	-4.01570814353	3.71874245942	22.0514766707

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 45 through 66 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 67 through 83 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 84 through 106 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 107 through 126 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 127 through 164 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 165 through 177 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 178 through 187 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 188 through 197 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 198 through 207 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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