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万見
- PDB-7th8: Chickpea (Cicer arientinum) nodule-specific cysteine-rich peptide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7th8
タイトルChickpea (Cicer arientinum) nodule-specific cysteine-rich peptide NCR13: Solution NMR structure of the isomer with C4:C10, C15:C30, and C23:C28 disulfide bonds
要素Nodule cysteine-rich protein 13
キーワードANTIFUNGAL PROTEIN / NCR peptide / antifungal activity / endosymbiotic / disulfide-rich / ANTIMICROBIAL PROTEIN
生物種Cicer arientinum (マメ科)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Buchko, G.W. / Zhou, M. / Shah, D.M. / Velivelli, S.L.S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2024
タイトル: Chickpea NCR13 disulfide cross-linking variants exhibit profound differences in antifungal activity and modes of action.
著者: Godwin, J. / Djami-Tchatchou, A.T. / Velivelli, S.L.S. / Tetorya, M. / Kalunke, R. / Pokhrel, A. / Zhou, M. / Buchko, G.W. / Czymmek, K.J. / Shah, D.M.
履歴
登録2022年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI
改定 1.32025年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nodule cysteine-rich protein 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7421
ポリマ－3,7421
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, There is no evidence that NCR013 self-assembles.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Nodule cysteine-rich protein 13


分子量: 3741.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cicer arientinum (マメ科) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113anisotropic22D 1H-15N HSQC
122anisotropic22D 1H-1H NOESY
132anisotropic22D 1H-1H TOCSY
143anisotropic13D 1H-15N NOESY
153anisotropic13D 1H-15N TOCSY
1112anisotropic22D 1H-1H COSY
1102anisotropic12D 1H-15N HSQC
192anisotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution220 mM sodium acetate, 50 mM sodium chloride, 1 mM [U-98% 15N] Def13_B2, 100% D2ODef13_B2100% D2O
solution320 mM sodium acetate, 50 mM sodium chloride, 1 mM [U-98% 15N] Def13_B2, 93% H2O/7% D2ODef13_B293% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMsodium acetatenatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
1 mMDef13_B2[U-98% 15N]2
20 mMsodium acetatenatural abundance3
50 mMsodium chloridenatural abundance3
1 mMDef13_B2[U-98% 15N]3
試料状態イオン強度: 70 mM / Ionic strength err: 1 / Label: Def13 / pH: 5.3 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K / Temperature err: 0.5

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix75Accelrys Software Inc.解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
NMRFAM-SPARKY3.135bobデータ解析
PSVS1.5Bhattacharya and Montelioneデータ解析
PdbStatunknown解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 3
詳細: The structure was first solved using CYANA with the deposited structure refined in explicit water
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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