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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7th8 | ||||||
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タイトル | Chickpea (Cicer arientinum) nodule-specific cysteine-rich peptide NCR13: Solution NMR structure of the isomer with C4:C10, C15:C30, and C23:C28 disulfide bonds | ||||||
要素 | Nodule cysteine-rich protein 13 | ||||||
キーワード | ANTIFUNGAL PROTEIN / NCR peptide / antifungal activity / endosymbiotic / disulfide-rich / ANTIMICROBIAL PROTEIN | ||||||
生物種 | Cicer arientinum (マメ科) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Buchko, G.W. / Zhou, M. / Shah, D.M. / Velivelli, S.L.S. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Chickpea (Cicer arientinum) nodule-specific cysteine-rich peptide NCR13: Solution NMR structure of the isomer with C4:C10, C15:C30, and C23:C28 disulfide bonds 著者: Buchko, G.W. / Zhou, M. / Shah, D.M. / Velivelli, S.L.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7th8.cif.gz | 234 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7th8.ent.gz | 199 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7th8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7th8_validation.pdf.gz | 522.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7th8_full_validation.pdf.gz | 640.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7th8_validation.xml.gz | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7th8_validation.cif.gz | 24 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/7th8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/7th8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3741.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cicer arientinum (マメ科) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 70 mM / Ionic strength err: 1 / Label: Def13 / pH: 5.3 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K / Temperature err: 0.5 |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 3 詳細: The structure was first solved using CYANA with the deposited structure refined in explicit water | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: target function | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |