PDB-7th6: Structure of Cyclophilin D Peptidyl-Prolyl Isomerase Domain bound...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7th6

タイトル

Structure of Cyclophilin D Peptidyl-Prolyl Isomerase Domain bound to Macrocyclic Inhibitor B21

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial

キーワード

ISOMERASE / oxidative stress / necrosis / mitochondrial permeability

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / : / mitochondrial outer membrane permeabilization involved in programmed cell death / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / skeletal muscle fiber differentiation / mitochondrial permeability transition pore complex / cellular response to arsenic-containing substance / mitochondrial depolarization / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of oxidative phosphorylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.97 Å

データ登録者

Rangwala, A.M. / Thakur, M.K. / Seeliger, M.A. / Peterson, A.A. / Liu, D.R.

資金援助

米国, 6件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA260772	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM118062	米国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)	EB022376	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM119437	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	OD028478	米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Discovery and molecular basis of subtype-selective cyclophilin inhibitors.
著者: Peterson, A.A. / Rangwala, A.M. / Thakur, M.K. / Ward, P.S. / Hung, C. / Outhwaite, I.R. / Chan, A.I. / Usanov, D.L. / Mootha, V.K. / Seeliger, M.A. / Liu, D.R.

履歴

登録	2022年1月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年11月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7th6.cif.gz	143.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7th6.ent.gz	91.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7th6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/7th6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/7th6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7tgsC 7tgtC 7tguC 7tgvC 7th1C 7th7C 7thcC 7thdC 7thfC 2bitS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (7) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial

ヘテロ分子

18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.632, 38.632, 103.509
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃
Space group name Hall	P4cw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z+3/4 #3: y,-x,z+1/4 #4: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase F, mitochondrial / PPIase F / Cyclophilin D / CyP-D / CypD / Cyclophilin F / Mitochondrial cyclophilin / CyP-M / Rotamase F 分子量: 17652.125 Da / 分子数: 1 / 変異: K175I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIF, CYP3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30405, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-I56 / 4'-{[(4S,7S,11R,13E,19S)-19-{[2-(2-aminoethoxy)ethyl]carbamoyl}-7-benzyl-3,6,12,15,21-pentaoxo-1,3,4,5,6,7,8,9,10,12,15,16,17,18,19,20,21,22-octadecahydro-2H-7,11-methano-2,5,11,16,20-benzopentaazacyclotetracosin-4-yl]methyl}-2-methyl[1,1'-biphenyl]-4-carboxylic acid 分子量: 914.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₁H₅₉N₇O₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.9 % / 解説: Bladed, tabular, roughly 0.3-0.5 mm in length
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 20% PEG 3350 0.5 M KH2PO4 Protein and inhibitor were mixed in ratio 1:2 1 uL of protein:inhibitor complex was mixed with 1 uL mother liquor

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.92016 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月4日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Monochromator; Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92016 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.97→30.96 Å / Num. obs: 82203 / % possible obs: 92.15 % / 冗長度: 12.5 % / B_iso Wilson estimate: 7.71 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 0.97→1 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 1.364 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 2612 / CC_1/2: 0.241 / CC star: 0.635 / R_pim(I) all: 0.828 / R_rim(I) all: 1.615 / % possible all: 61.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
autoPROC		data processing
PHASER		位相決定
autoPROC		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BIT

2bit

解像度: 0.97→30.96 Å / SU ML: 0.1009 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 15.6135
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1519	1997	2.43 %
R_work	0.1365	80206	-
obs	0.1369	82203	92.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.97→30.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1236	0	67	195	1498

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0121	1382
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2795	1872
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1094	194
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0143	246
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.1744	264

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.97-0.99	0.3526	72	0.3412	3179	X-RAY DIFFRACTION	51.06
0.99-1.02	0.301	105	0.2907	4257	X-RAY DIFFRACTION	69.08
1.02-1.05	0.268	123	0.2259	4873	X-RAY DIFFRACTION	78.6
1.05-1.09	0.1845	145	0.184	5844	X-RAY DIFFRACTION	94.42
1.09-1.12	0.1437	159	0.1528	6235	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.12-1.17	0.15	153	0.1431	6212	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.17-1.22	0.1539	153	0.1353	6179	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.22-1.29	0.1463	155	0.1298	6215	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.29-1.37	0.134	154	0.1253	6217	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.37-1.47	0.1519	154	0.1221	6178	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.47-1.62	0.1389	157	0.1212	6148	X-RAY DIFFRACTION	98.84
1.62-1.86	0.1259	153	0.1226	6151	X-RAY DIFFRACTION	98.87
1.86-2.34	0.1274	156	0.116	6238	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.34-30.96	0.1593	158	0.1338	6280	X-RAY DIFFRACTION	99.98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.204477730075	-0.221176773103	0.0364390257622	0.471135727385	0.155724964874	0.663633863689	-0.0360592077356	0.0469848590041	-0.0159442926113	-0.0442011058908	-0.00781809833971	0.0281542348259	0.00406185645669	-0.0412871832519	0.000163913137184	0.0672840206096	0.00211379710683	-0.00354201728225	0.0728280710186	-0.0145336578744	0.0749046277916	2.44563448542	-16.0730588528	5.23555911801
2	0.345393420102	-0.0990281840412	-0.0399204770207	0.215676202712	0.117826100996	0.221943694371	0.0111311907233	0.0283097855252	-0.0376745492064	-0.00168189982231	0.0224566260577	-0.0494066098537	0.00786860712373	0.058290278488	0.000247227162742	0.0575892228907	-0.000770496586247	-0.00180481917249	0.070278047759	-0.00986580656682	0.0778731791075	15.2127323269	-12.6821647408	13.9756176246
3	0.601578528469	0.459181720485	-0.133327525418	0.533318174845	0.206300426871	0.549031055937	0.0181529000857	-0.00161813323218	-0.059702154638	0.039412045474	-0.0290002341172	0.0388322523628	0.0359225449988	-0.0238580978898	0.00270076523702	0.0627625255278	-0.00169219828268	-0.00329986860444	0.0697621267696	0.00244508430758	0.0682160308532	0.0370834886169	-12.6329336156	15.6567325453
4	0.111551226081	-0.125041034403	-0.025468966473	0.145723689821	-0.000912452626408	0.159303086258	-0.00381290787771	-0.132693017317	-0.110147517559	0.0819411998526	-0.0252404591916	-0.00830797483231	0.066274664242	0.024671454993	0.00128641126012	0.07984439381	0.00128831917835	-0.000771783652622	0.0947114806313	0.016758273695	0.085751670476	6.0944770037	-14.9847417143	24.7525693346
5	0.438848496207	0.0854274451284	-0.0629308880643	0.304329512106	0.149281085416	0.371594002908	0.0146615179661	-0.00731656142674	0.0415976805274	-0.0109565715202	-0.00444307865141	-0.00583709056655	-0.0971653881963	-0.00530744944616	0.000138965655756	0.0619540491192	0.00272821645146	0.0019744187354	0.0593965155489	-0.000803146996964	0.055084758654	7.0250752922	-2.08291107855	16.5081928576
6	0.411673543499	0.118172876001	0.0377129013906	0.569572292232	-0.190217429126	0.347235211607	0.0074925753101	0.0291911835193	-0.00694015160454	-0.0476348089835	0.0256692960811	-0.00392362112018	-0.0744737391646	0.0426206262611	0.00817059223762	0.0597201174198	0.00243778723031	-0.00225965344394	0.0552761197847	-0.00271119261268	0.0589664909395	8.81013383379	-3.89687710385	10.8562541691
7	0.111866595758	0.00434249965861	0.102299329355	0.0452921731656	0.0401689798132	0.292102200943	0.0712007432225	0.144865080983	0.0955586832513	-0.0567673842594	-0.000350153264102	0.103628807841	-0.0875547730337	-0.13749395352	-0.00144937011593	0.0884182800484	0.00114460029169	-0.0124604380072	0.10956041155	0.00378974225537	0.102389748038	-5.29405860088	-8.31178598549	4.30413140418
8	0.268657152254	-0.116550301688	0.164562391121	0.0656154725102	-0.109913973706	0.19944188231	0.0217811005914	-0.0148611086997	0.0103210027409	0.0839177462854	-0.0762732088844	0.209669255629	-0.00830791102475	-0.0712398238558	-0.0162829326548	0.0746225226272	0.0017311304151	0.00511917917881	0.110823151345	-0.0132052242788	0.15174447611	-12.3643818402	-9.28009062864	14.610080943
9	0.0506993663539	-0.0157518838588	0.0688514096369	0.11804299891	0.0714296072533	0.169611431211	-0.0201222119119	0.0126753622284	0.000473779152297	-0.0345922808222	0.0194452964539	-0.0277590447409	0.0372205450656	0.0240331482073	-0.00579869641105	0.0798656943439	0.0019110616262	0.00173917369774	0.082222265263	-0.0133899001371	0.0940998829363	4.75469149787	-19.6875176359	7.8666265211

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 45 through 66 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 67 through 83 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 84 through 106 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 107 through 126 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 127 through 164 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 165 through 177 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 178 through 187 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 188 through 197 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 198 through 207 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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