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- PDB-7tff: Crystal structure of human platelet phosphofructokinase-1 mutant-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tff
タイトルCrystal structure of human platelet phosphofructokinase-1 mutant- D564N
要素ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Somatic mutation
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / Glycolysis / cellular response to leukemia inhibitory factor / cadherin binding ...6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / Glycolysis / cellular response to leukemia inhibitory factor / cadherin binding / protein-containing complex binding / extracellular exosome / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent 6-phosphofructokinase, vertebrate-type / ATP-dependent 6-phosphofructokinase, eukaryotic-type / Phosphofructokinase, conserved site / Phosphofructokinase signature. / Phosphofructokinase domain / ATP-dependent 6-phosphofructokinase / Phosphofructokinase superfamily / Phosphofructokinase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Hansen, H. / Webb, B.A. / Robart, A.R. / Narayanasami, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS) 米国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2023
タイトル: Cancer-associated somatic mutations in human phosphofructokinase-1 reveal a critical electrostatic interaction for allosteric regulation of enzyme activity.
著者: Voronkova, M.A. / Hansen, H.L. / Cooper, M.P. / Miller, J. / Sukumar, N. / Geldenhuys, W.J. / Robart, A.R. / Webb, B.A.
履歴
登録2022年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
B: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
C: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
D: ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)358,58425
ポリマ－356,5754
非ポリマー2,00921
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17610 Å2
ΔGint-301 kcal/mol
Surface area103840 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)77.889, 159.655, 131.248
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.008, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type / ATP-PFK / PFK-P / 6-phosphofructokinase type C / Phosphofructo-1-kinase isozyme C / PFK-C / Phosphohexokinase


分子量: 89143.742 Da / 分子数: 4 / 変異: D564N / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: recombinant PFKP with His tag, mutation D564N / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PFKP, PFKF / プラスミド: pFastBac HTa / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q01813, 6-phosphofructokinase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.75 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5
詳細: 125uM ATP, 25% PEG3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→161.74 Å / Num. obs: 36675 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 127.22 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.211 / Rpim(I) all: 0.132 / Rrim(I) all: 0.25 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 3.6→3.76 Å / Rmerge(I) obs: 1.153 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4395 / Rpim(I) all: 0.742 / Rrim(I) all: 1.377 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4XYK

4xyk


解像度: 3.6→66.57 Å / SU ML: 0.6923 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.4338
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3067 2001 5.56 %
Rwork0.2504 33989 -
obs0.2536 35990 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 117.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→66.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22403 0 105 64 22572
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001122846
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.346530860
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0393476
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00233993
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.62093169
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6-3.690.39621450.34982410X-RAY DIFFRACTION98.57
3.69-3.790.35481500.33032413X-RAY DIFFRACTION99.73
3.79-3.90.38821310.3162441X-RAY DIFFRACTION99.69
3.9-4.030.36661380.30512400X-RAY DIFFRACTION99.65
4.03-4.170.33871440.29952408X-RAY DIFFRACTION99.77
4.17-4.340.351440.28092469X-RAY DIFFRACTION99.92
4.34-4.540.33991370.26632428X-RAY DIFFRACTION99.88
4.54-4.770.32581520.25012389X-RAY DIFFRACTION99.69
4.77-5.070.32181440.24432434X-RAY DIFFRACTION99.77
5.07-5.470.32251450.25882416X-RAY DIFFRACTION99.11
5.47-6.010.31931380.26792449X-RAY DIFFRACTION99.85
6.02-6.880.32121470.25532422X-RAY DIFFRACTION99.73
6.89-8.670.24521420.21312456X-RAY DIFFRACTION99.58
8.67-66.570.24621440.19212454X-RAY DIFFRACTION98.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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