[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-4wl0: Ligand-free structure of human platelet phosphofructokinase in an... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wl0 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Ligand-free structure of human platelet phosphofructokinase in an R-state, crystal form I | ||||||
![]() | ATP-dependent 6-phosphofructokinase, platelet type | ||||||
![]() | TRANSFERASE / human platelet phosphofructokinase / fructose 6-phosphate / main regulator of glycolysis | ||||||
Function / homology | ![]() 6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / monosaccharide binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / Glycolysis / AMP binding ...6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / monosaccharide binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / Glycolysis / AMP binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / cadherin binding / protein-containing complex binding / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Model details | N- and C-terminal truncation (N=25, C=22 aa), N-terminal Strep-tag and EK-site | ||||||
![]() | Kloos, M. / Strater, N. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of human platelet phosphofructokinase-1 locked in an activated conformation. Authors: Kloos, M. / Bruser, A. / Kirchberger, J. / Schoneberg, T. / Strater, N. #1: ![]() Title: Crystallization and preliminary crystallographic analysis of human muscle phosphofructokinase, the main regulator of glycolysis. Authors: Kloos, M. / Brueser, A. / Kirchberger, J. / Schoeneberg, T. / Straeter, N. #2: ![]() Title: Molecular architecture and structural basis of allosteric regulation of eukaryotic phosphofructokinases. Authors: Straeter, N. / Marek, S. / Kuettner, E.B. / Kloos, M. / Keim, A. / Brueser, A. / Kirchberger, J. / Schoeneberg, T. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 935.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 489.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 532.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 95.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 127.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 25 - 762 / Label seq-ID: 24 - 761
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Details | biological unit is the same as asym. |
-
Components
#1: Protein | Mass: 83161.023 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 26-762 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: truncated humane platelet Pfk plasmid start: mas N-terminal Strep-tag: wshpqfek linker: ga EK-site: ddddk restriction site: vpdpts N-terminal start: aigvl N-terminal start: aa 26 C-terminal end: aa 762 Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-PO4 / |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.7 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 0.1 M KCl, 0.025 M MgCl2, 0.05 M Na Cacodylate, 15% iso-Propanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 15, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si-111 crysta / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.89→50 Å / Num. obs: 79810 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 67.66 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 1.061 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 289757 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: unpublished low resolution structure Resolution: 2.89→46.97 Å / FOM work R set: 0.7776 / SU ML: 0.38 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 28.84 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 312.71 Å2 / Biso mean: 96.17 Å2 / Biso min: 39.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.89→46.97 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|