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万見
- PDB-3o8o: Structure of phosphofructokinase from Saccharomyces cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3o8o
タイトルStructure of phosphofructokinase from Saccharomyces cerevisiae
要素
  • 6-phosphofructokinase subunit alpha
  • 6-phosphofructokinase subunit beta
キーワードTRANSFERASE / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / 6-phosphofructokinase complex / Glycolysis / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / vacuolar acidification / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis ...vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / 6-phosphofructokinase complex / Glycolysis / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / vacuolar acidification / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / Neutrophil degranulation / proton transmembrane transport / regulation of intracellular pH / glycolytic process / mitochondrial outer membrane / mRNA binding / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphofructokinase, N-terminal domain / Phosphofructokinase N-terminal domain yeast / ATP-dependent 6-phosphofructokinase, eukaryotic-type / Phosphofructokinase domain / Phosphofructokinase, conserved site / Phosphofructokinase signature. / Phosphofructokinase domain / ATP-dependent 6-phosphofructokinase / Phosphofructokinase superfamily / Phosphofructokinase ...Phosphofructokinase, N-terminal domain / Phosphofructokinase N-terminal domain yeast / ATP-dependent 6-phosphofructokinase, eukaryotic-type / Phosphofructokinase domain / Phosphofructokinase, conserved site / Phosphofructokinase signature. / Phosphofructokinase domain / ATP-dependent 6-phosphofructokinase / Phosphofructokinase superfamily / Phosphofructokinase / Rossmann fold - #450 / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / 2,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / ATP-dependent 6-phosphofructokinase subunit alpha / ATP-dependent 6-phosphofructokinase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Banaszak, K. / Mechin, I. / Kopperschlager, G. / Rypniewski, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The Crystal Structures of Eukaryotic Phosphofructokinases from Baker's Yeast and Rabbit Skeletal Muscle.
著者: Banaszak, K. / Mechin, I. / Obmolova, G. / Oldham, M. / Chang, S.H. / Ruiz, T. / Radermacher, M. / Kopperschlager, G. / Rypniewski, W.
履歴
登録2010年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
Item: _software.name
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_source ...chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phosphofructokinase subunit alpha
B: 6-phosphofructokinase subunit beta
C: 6-phosphofructokinase subunit alpha
D: 6-phosphofructokinase subunit beta
E: 6-phosphofructokinase subunit alpha
F: 6-phosphofructokinase subunit beta
G: 6-phosphofructokinase subunit alpha
H: 6-phosphofructokinase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)682,96324
ポリマ－678,1618
非ポリマー4,80216
水00
1
A: 6-phosphofructokinase subunit alpha
B: 6-phosphofructokinase subunit beta
C: 6-phosphofructokinase subunit alpha
D: 6-phosphofructokinase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)341,48112
ポリマ－339,0804
非ポリマー2,4018
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16780 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area100230 Å2
手法PISA
2
E: 6-phosphofructokinase subunit alpha
F: 6-phosphofructokinase subunit beta
G: 6-phosphofructokinase subunit alpha
H: 6-phosphofructokinase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)341,48112
ポリマ－339,0804
非ポリマー2,4018
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16420 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area100860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.046, 186.205, 236.507
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
6-phosphofructokinase subunit alpha / Phosphofructokinase 1 / Phosphohexokinase / 6PF-1-K subunit alpha


分子量: 86002.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PFK1, YGR240C, G8599 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): PS1 / 参照: UniProt: P16861, 6-phosphofructokinase
#2: タンパク質
6-phosphofructokinase subunit beta / Phosphofructokinase 2 / Phosphohexokinase / 6PF-1-K subunit beta


分子量: 83537.695 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PFK2, YMR205C, YM8325.06C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): PS1 / 参照: UniProt: P16862, 6-phosphofructokinase
#3: 糖
ChemComp-F6P / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / FRUCTOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-fructose / 6-O-phosphono-D-fructose / 6-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
b-D-Fruf6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 糖
ChemComp-FDP / 2,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / FRUCTOSE-2,6-DIPHOSPHATE / 2,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 2,6-di-O-phosphono-D-fructose / 2,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス2,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
b-D-Fruf2PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 6-10% PEG4000, 0.2 mM sodium acetate, 0.1 M MES buffer pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 1.1044 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月28日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1044 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→35 Å / Num. all: 172818 / Num. obs: 172818 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 15.13
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / Rsym value: 0.557 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PFK

1pfk


解像度: 2.9→35 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.3092 3446 random
Rwork0.2586 --
obs0.2586 172763 -
all-172763 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数46357 0 288 0 46645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011291
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.61924
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3f6p_xplor.par
X-RAY DIFFRACTION4fdp.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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