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- PDB-7tec: Structure of the Listeria monocytogenes GlnR-DNA complex to 3.45 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tec
タイトルStructure of the Listeria monocytogenes GlnR-DNA complex to 3.45 Angstrom
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*G)-3')
  • HTH-type transcriptional regulator GlnR
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / GlnR / listeria / glutamine synthetase / repressor / transcription / glnRA / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
MerR-type HTH domain signature. / : / MerR HTH family regulatory protein / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / HTH-type transcriptional regulator MlrA
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Brennan, R.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM130290 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular dissection of the glutamine synthetase-GlnR nitrogen regulatory circuitry in Gram-positive bacteria.
著者: Brady A Travis / Jared V Peck / Raul Salinas / Brandon Dopkins / Nicholas Lent / Viet D Nguyen / Mario J Borgnia / Richard G Brennan / Maria A Schumacher /
要旨: How bacteria sense and respond to nitrogen levels are central questions in microbial physiology. In Gram-positive bacteria, nitrogen homeostasis is controlled by an operon encoding glutamine ...How bacteria sense and respond to nitrogen levels are central questions in microbial physiology. In Gram-positive bacteria, nitrogen homeostasis is controlled by an operon encoding glutamine synthetase (GS), a dodecameric machine that assimilates ammonium into glutamine, and the GlnR repressor. GlnR detects nitrogen excess indirectly by binding glutamine-feedback-inhibited-GS (FBI-GS), which activates its transcription-repression function. The molecular mechanisms behind this regulatory circuitry, however, are unknown. Here we describe biochemical and structural analyses of GS and FBI-GS-GlnR complexes from pathogenic and non-pathogenic Gram-positive bacteria. The structures show FBI-GS binds the GlnR C-terminal domain within its active-site cavity, juxtaposing two GlnR monomers to form a DNA-binding-competent GlnR dimer. The FBI-GS-GlnR interaction stabilizes the inactive GS conformation. Strikingly, this interaction also favors a remarkable dodecamer to tetradecamer transition in some GS, breaking the paradigm that all bacterial GS are dodecamers. These data thus unveil unique structural mechanisms of transcription and enzymatic regulation.
履歴
登録2022年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator GlnR
H: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0862
ポリマ－21,0862
非ポリマー00
水00
1
A: HTH-type transcriptional regulator GlnR
H: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*G)-3')

A: HTH-type transcriptional regulator GlnR
H: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1724
ポリマ－42,1724
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area5300 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area14460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.632, 47.717, 121.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator GlnR / MerR family transcriptional regulator


分子量: 14638.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: glnR, A8L61_07010, ABZ57_05085, AF006_07180, AF817_01990, AMC55_04605, APD94_02400, ART25_07755, ARV28_05490, ARV77_10415, B1N06_02425, B1N38_06025, B1N40_09865, B1N52_08095, B1N70_08585, ...遺伝子: glnR, A8L61_07010, ABZ57_05085, AF006_07180, AF817_01990, AMC55_04605, APD94_02400, ART25_07755, ARV28_05490, ARV77_10415, B1N06_02425, B1N38_06025, B1N40_09865, B1N52_08095, B1N70_08585, B1N71_01820, B1O10_02055, B1O25_08310, B2H14_10505, B4X79_13085, B4Y29_01290, B4Y40_11845, B4Y47_05380, B4Y49_02050, B4Y56_02055, B4Y57_02055, B5K54_13065, B6112_07615, B6O07_10740, BB997_08390, BCZ19_06080, BW273_06570, C6S26_02850, CW834_10150, CW845_07630, CW895_11495, CX098_14230, D4164_01995, D4271_02955, D4900_04675, D4920_02385, D4947_02360, D4C60_03330, D4D22_02955, D4D89_02780, D4U00_01965, D4U23_10015, D5M63_02050, D5N24_04355, D6P18_02820, D7104_08235, DCK28_08790, DCT16_08455, E0I39_02830, E1V33_00335, E1W43_05380, E1W56_05615, E3W32_09810, E5F58_10230, E5H26_02070, EPC87_01440, EX365_07695, EXZ73_06750, EYY39_05995, F3O35_05110, F3R75_05795, F6436_09515, F6515_11560, FA835_14895, FC284_14445, FJU19_02820, FL871_07620, FLQ97_14195, FLR03_05055, FLR11_13675, FNX31_12240, FNX40_10035, FORC68_1320, FR217_04555, FV747_02470, G3O21_002452, G3R95_000630, GEK29_02375, GFK29_08620, GH165_00575, GHH22_03975, GHM39_05980, GIG92_01790, GIH49_01260, GJW51_07325, GNG71_06855, GON91_01810, GT011_02015, GXB45_00580, GYN46_14485, GYO86_08555, GYP27_02015, GYS19_13395, GYU05_01010, GYU24_02035, GYX95_04495, GYY14_11060, GYZ23_12950, GYZ33_11570, GYZ61_07200, GZI09_15320, GZK40_07615, GZM52_07550, GZN68_09475, HP506_001182, HQN34_002361, I6I37_04555, I8J47_00192, IP987_001477, JKV73_01561, JKV74_07850, JKV76_01310, JKV77_01646, JKX60_08595, JKX61_06825, KV70_04590, KW30_04605, LmNIHS28_00654, M643_00970, QD52_08715, R019_12835, UI29_08755, UP23_04390
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L8DSZ4
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*G)-3')


分子量: 6447.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.54 %
結晶化温度: 275 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 35% MPD, 10 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.09 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.09 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→37.51 Å / Num. obs: 2384 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.038 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 3.45→4.34 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 237 / CC1/2: 0.71 / Rpim(I) all: 0.24 / Rsym value: 0.42

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7TEA

7tea


解像度: 3.45→37.51 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3091 238 9.98 %
Rwork0.2656 2146 -
obs0.2701 2384 96.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 165.47 Å2 / Biso mean: 64.3464 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.45→37.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数548 428 0 0 976
残基数----93
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 2 / % reflection obs: 97 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.45-4.340.31741140.252110361150
4.35-37.510.30471240.273511101234
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.038 Å / Origin y: 5.37 Å / Origin z: 23.3464 Å
111213212223313233
T0.7511 Å2-0.1205 Å2-0.0752 Å2-0.4795 Å2-0.0169 Å2--0.2185 Å2
L1.907 °2-1.5792 °2-0.1568 °2-2.0865 °20.2662 °2--4.3892 °2
S0.2381 Å °0.2669 Å °-0.0324 Å °-0.4476 Å °0.0002 Å °-0.2037 Å °-0.0605 Å °0.5488 Å °-0.1829 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 73
2X-RAY DIFFRACTION1allH0 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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