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万見
- PDB-7tce: Crystal structure of delta sub IV Rhodobacter Sphaeroides bc1 wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tce
タイトルCrystal structure of delta sub IV Rhodobacter Sphaeroides bc1 with the antimalarial drug atovaquone.
要素
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1
  • Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / Respiratory Chain Complex III / Anti-malarial Atovaquone / Rhodobacter Spaheroides bc1 / Inhibition / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / Cytochrome b / : / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD ...Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / Cytochrome b / : / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / Chem-AOQ / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / STRONTIUM ION / Cytochrome c1 / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.85 Å
データ登録者Esser, L. / Xia, D. / Zhou, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of delta sub IV Rhodobacter Sphaeroides bc1 with the antimalarial drug atovaquone.
著者: Esser, L. / Xia, D. / Zhou, F.
履歴
登録2021年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome b
B: Cytochrome c1
C: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
E: Cytochrome b
F: Cytochrome c1
G: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
K: Cytochrome b
L: Cytochrome c1
M: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
O: Cytochrome b
P: Cytochrome c1
Q: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)410,47246
ポリマ－397,55912
非ポリマー12,91334
水00
1
A: Cytochrome b
B: Cytochrome c1
C: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
E: Cytochrome b
F: Cytochrome c1
G: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,32424
ポリマ－198,7806
非ポリマー6,54418
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31170 Å2
ΔGint-401 kcal/mol
Surface area71040 Å2
手法PISA
2
K: Cytochrome b
L: Cytochrome c1
M: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
O: Cytochrome b
P: Cytochrome c1
Q: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,14922
ポリマ－198,7806
非ポリマー6,36916
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31220 Å2
ΔGint-401 kcal/mol
Surface area71130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.273, 156.388, 141.407
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.670, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 3 through 2001)
21chain E
31(chain K and resid 3 through 2001)
41chain O
12chain B
22chain F
32chain L
42chain P
13chain C
23chain G
33chain M
43chain Q

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and resid 3 through 2001)A3 - 2001
211chain EE3 - 2001
311(chain K and resid 3 through 2001)K3 - 2001
411chain OO3 - 2001
112chain BB1 - 2002
212chain FF1 - 2002
312chain LL1 - 2002
412chain PP1 - 2010
113chain CC9 - 1001
213chain GG9 - 1001
313chain MM9 - 1001
413chain QQ9 - 1001

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 12分子 AEKOBFLPCGMQ

#1: タンパク質
Cytochrome b


分子量: 50087.422 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: petB, fbcB / 発現宿主: Cereibacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: Q02761
#2: タンパク質
Cytochrome c1


分子量: 29373.953 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
発現宿主: Cereibacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: A3PFR5
#3: タンパク質
Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Rieske iron-sulfur protein / RISP


分子量: 19928.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: petA, fbcF / 発現宿主: Cereibacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: Q02762, quinol-cytochrome-c reductase

-
糖 , 1種, 4分子

#8: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 6種, 30分子

#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物
ChemComp-AOQ / 2-[trans-4-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]-3-hydroxynaphthalene-1,4-dione / Atovaquone / アトバコン


分子量: 366.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H19ClO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗菌剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-6PE / 1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / [O-(1-O,2-O-ジヘキサノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-2-アミノエタノ-ル]アニオン


分子量: 410.420 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H33NO8P
#7: 化合物
ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#9: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#10: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.02 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 7% PEG400, 200 MM HISTIDINE, 150 MM NACL, 10 MM SODIUM ASCORBATE, Atovaquone 5 fold molar excess, B-OG, SUCROSE MONO CAPARATE, TRIS PH 8.0.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月29日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.85→50 Å / Num. obs: 50477 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 152.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.096 / Rrim(I) all: 0.223 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 3.9 / Num. measured all: 242827
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.85-3.942.90.8126810.340.4790.950.73676.3
3.94-4.043.30.75129870.3080.4220.8690.72684.4
4.04-4.153.60.66931370.5460.3630.7680.79487.9
4.15-4.273.70.61231500.730.330.70.82789
4.27-4.413.90.53932120.7650.2890.6160.9291.1
4.41-4.564.50.48833820.8430.2410.5481.06295.8
4.56-4.755.10.41934810.9140.1960.4651.06997.4
4.75-4.965.40.43235310.9180.1980.4771.01599.7
4.96-5.225.60.40435350.920.1830.4461.00899.9
5.22-5.555.50.37535410.9330.1720.4150.98799.8
5.55-5.985.30.31435510.9450.1470.3481.03299.6
5.98-6.584.80.25735470.9590.1260.2881.12299.4
6.58-7.5360.1835910.9860.0780.1971.14699.9
7.53-9.476.10.13335510.9870.0580.1461.06799.9
9.47-505.40.14836000.9860.0720.1661.03998.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACK0.98.7214データスケーリング
PHENIX1.20_4444精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-20000.98.7214データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5kkz

5kkz


解像度: 3.85→39.43 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.37 / 位相誤差: 34.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2732 1467 2.97 %
Rwork0.2407 47882 -
obs0.2417 49349 94.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 475.04 Å2 / Biso mean: 192.085 Å2 / Biso min: 108.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.85→39.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26956 0 1514 0 28470
Biso mean--192.18 --
残基数----3456
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A8271X-RAY DIFFRACTION5.579TORSIONAL
12E8271X-RAY DIFFRACTION5.579TORSIONAL
13K8271X-RAY DIFFRACTION5.579TORSIONAL
14O8271X-RAY DIFFRACTION5.579TORSIONAL
21B4950X-RAY DIFFRACTION5.579TORSIONAL
22F4950X-RAY DIFFRACTION5.579TORSIONAL
23L4950X-RAY DIFFRACTION5.579TORSIONAL
24P4950X-RAY DIFFRACTION5.579TORSIONAL
31C3368X-RAY DIFFRACTION5.579TORSIONAL
32G3368X-RAY DIFFRACTION5.579TORSIONAL
33M3368X-RAY DIFFRACTION5.579TORSIONAL
34Q3368X-RAY DIFFRACTION5.579TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.85-3.990.33311280.35094095422381
3.99-4.150.33161350.3374378451387
4.15-4.340.34721350.32474453458889
4.34-4.560.33841470.29634791493894
4.56-4.850.32531510.27234932508398
4.85-5.220.31321540.263650425196100
5.22-5.750.28241540.258950465200100
5.75-6.570.30721530.2525036518999
6.58-8.270.2441560.205350665222100
8.27-39.430.20731540.17965043519797

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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