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- PDB-7tbk: Composite structure of the dilated human nuclear pore complex (NP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tbk
タイトルComposite structure of the dilated human nuclear pore complex (NPC) symmetric core generated with a 37A in situ cryo-ET map of CD4+ T cell NPC
要素
  • (NUP155) x 3
  • (NUP54 Ferrodoxin-like ...) x 2
  • (NUP93 R2) x 2
  • NUP107 CTD
  • NUP107 NTD
  • NUP133
  • NUP160
  • NUP188
  • NUP205
  • NUP37
  • NUP43
  • NUP53 R1
  • NUP53 R2
  • NUP53 R3
  • NUP54
  • NUP58
  • NUP62
  • NUP75
  • NUP93 R1
  • NUP93 SOL
  • NUP96
  • NUP98 R1
  • NUP98 R2
  • NUP98 R3
  • SEC13
  • SEH1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / nuclear pore complex / nucleocytoplasmic transport / alpha-helical solenoid / nuclear pore
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 37 Å
データ登録者Petrovic, S. / Samanta, D. / Perriches, T. / Bley, C.J. / Thierbach, K. / Brown, B. / Nie, S. / Mobbs, G.W. / Stevens, T.A. / Liu, X. ...Petrovic, S. / Samanta, D. / Perriches, T. / Bley, C.J. / Thierbach, K. / Brown, B. / Nie, S. / Mobbs, G.W. / Stevens, T.A. / Liu, X. / Tomaleri, G.P. / Schaus, L. / Hoelz, A.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117360 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM111461 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)55108534 米国
Heritage Medical Research Institute 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Cone-shaped HIV-1 capsids are transported through intact nuclear pores.
著者: Vojtech Zila / Erica Margiotta / Beata Turoňová / Thorsten G Müller / Christian E Zimmerli / Simone Mattei / Matteo Allegretti / Kathleen Börner / Jona Rada / Barbara Müller / Marina ...著者: Vojtech Zila / Erica Margiotta / Beata Turoňová / Thorsten G Müller / Christian E Zimmerli / Simone Mattei / Matteo Allegretti / Kathleen Börner / Jona Rada / Barbara Müller / Marina Lusic / Hans-Georg Kräusslich / Martin Beck /
要旨: Human immunodeficiency virus (HIV-1) remains a major health threat. Viral capsid uncoating and nuclear import of the viral genome are critical for productive infection. The size of the HIV-1 capsid ...Human immunodeficiency virus (HIV-1) remains a major health threat. Viral capsid uncoating and nuclear import of the viral genome are critical for productive infection. The size of the HIV-1 capsid is generally believed to exceed the diameter of the nuclear pore complex (NPC), indicating that capsid uncoating has to occur prior to nuclear import. Here, we combined correlative light and electron microscopy with subtomogram averaging to capture the structural status of reverse transcription-competent HIV-1 complexes in infected T cells. We demonstrated that the diameter of the NPC in cellulo is sufficient for the import of apparently intact, cone-shaped capsids. Subsequent to nuclear import, we detected disrupted and empty capsid fragments, indicating that uncoating of the replication complex occurs by breaking the capsid open, and not by disassembly into individual subunits. Our data directly visualize a key step in HIV-1 replication and enhance our mechanistic understanding of the viral life cycle.
履歴
登録2021年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 0THIS ENTRY 7TBK REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN EMD-11967, DETERMINED BY E. ...THIS ENTRY 7TBK REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL DATA IN EMD-11967, DETERMINED BY E.Margiotta,M.Beck

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A1: NUP155
A2: NUP155
A3: NUP155
A4: NUP155
A5: NUP155
A6: NUP155
B1: NUP53 R3
B2: NUP53 R3
B3: NUP53 R3
B4: NUP53 R3
B5: NUP53 R3
B6: NUP53 R3
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C3: NUP98 R3
C4: NUP98 R3
C5: NUP98 R3
C6: NUP98 R3
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D2: NUP93 SOL
D3: NUP93 SOL
D4: NUP93 SOL
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D6: NUP93 SOL
D7: NUP93 SOL
E1: NUP53 R2
E2: NUP53 R2
E3: NUP53 R2
E4: NUP53 R2
E5: NUP53 R2
E6: NUP53 R2
E7: NUP53 R2
F1: NUP188
F2: NUP188
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G2: NUP93 R2
H1: NUP98 R2
H2: NUP98 R2
I1: NUP205
I2: NUP205
I3: NUP205
I4: NUP205
I5: NUP205
J1: NUP93 R2
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K1: NUP98 R1
K2: NUP98 R1
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M1: NUP62
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O1: NUP54
O2: NUP54
O3: NUP54
O4: NUP54
P1: NUP54 Ferrodoxin-like domain
P2: NUP54 Ferrodoxin-like domain
P3: NUP54 Ferrodoxin-like domain
P4: NUP54 Ferrodoxin-like domain
Q1: NUP54 Ferrodoxin-like domain
Q2: NUP54 Ferrodoxin-like domain
Q3: NUP54 Ferrodoxin-like domain
Q4: NUP54 Ferrodoxin-like domain
R1: NUP93 R1
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S1: NUP133
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S4: NUP133
T1: NUP107 CTD
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V1: NUP96
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W1: SEC13
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Y1: SEH1
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b1: NUP37
b2: NUP37
b3: NUP37
b4: NUP37


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,829,999122
ポリマ－5,829,999122
非ポリマー00
水00
1
A1: NUP155
A2: NUP155
A3: NUP155
A4: NUP155
A5: NUP155
A6: NUP155
B1: NUP53 R3
B2: NUP53 R3
B3: NUP53 R3
B4: NUP53 R3
B5: NUP53 R3
B6: NUP53 R3
C1: NUP98 R3
C2: NUP98 R3
C3: NUP98 R3
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C5: NUP98 R3
C6: NUP98 R3
D1: NUP93 SOL
D2: NUP93 SOL
D3: NUP93 SOL
D4: NUP93 SOL
D5: NUP93 SOL
D6: NUP93 SOL
D7: NUP93 SOL
E1: NUP53 R2
E2: NUP53 R2
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F1: NUP188
F2: NUP188
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H2: NUP98 R2
I1: NUP205
I2: NUP205
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J1: NUP93 R2
J2: NUP93 R2
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J4: NUP93 R2
J5: NUP93 R2
K1: NUP98 R1
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K5: NUP98 R1
L1: NUP53 R1
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L3: NUP53 R1
L4: NUP53 R1
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M1: NUP62
M2: NUP62
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N1: NUP58
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N4: NUP58
O1: NUP54
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O4: NUP54
P1: NUP54 Ferrodoxin-like domain
P2: NUP54 Ferrodoxin-like domain
P3: NUP54 Ferrodoxin-like domain
P4: NUP54 Ferrodoxin-like domain
Q1: NUP54 Ferrodoxin-like domain
Q2: NUP54 Ferrodoxin-like domain
Q3: NUP54 Ferrodoxin-like domain
Q4: NUP54 Ferrodoxin-like domain
R1: NUP93 R1
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S1: NUP133
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T1: NUP107 CTD
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X1: NUP75
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Y1: SEH1
Y2: SEH1
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Z1: NUP160
Z2: NUP160
Z3: NUP160
Z4: NUP160
a1: NUP43
a2: NUP43
a3: NUP43
a4: NUP43
b1: NUP37
b2: NUP37
b3: NUP37
b4: NUP37
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,639,990976
ポリマ－46,639,990976
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation7

-
要素

+
タンパク質 , 21種, 79分子 A1A3A2A4A5A6D1D2D3D4D5D6D7F1F2G1G2I1I2I3I4I5J1J2J3J4J5M1M2M3...

#1: タンパク質 NUP155


分子量: 146062.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: Composite structure of the Chaetomium thermophilum NUP155 ortholog generated by superposition of fragment crystal structures (PDB IDs 5HB0, 5HB1, and 5HAX). To remain faithful to ...詳細: Composite structure of the Chaetomium thermophilum NUP155 ortholog generated by superposition of fragment crystal structures (PDB IDs 5HB0, 5HB1, and 5HAX). To remain faithful to experimentally determined structures, we opted to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC with ortholog crystal structures.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 NUP155


分子量: 148044.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: Composite structure of Chaetomium thermophilum NUP155 ortholog generated by superposition of crystal structures (PDB IDs 5HB0, 5HAY, and 5HAX ). To remain faithful to experimentally ...詳細: Composite structure of Chaetomium thermophilum NUP155 ortholog generated by superposition of crystal structures (PDB IDs 5HB0, 5HAY, and 5HAX ). To remain faithful to experimentally determined structures, we opted to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC with ortholog crystal structures.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 NUP155


分子量: 148335.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: Composite structure of the Chaetomium thermophilum NUP155 ortholog generated by superposition of fragment crystal structures (PDB IDs 5HB0, 5HAY, and 5HAX ). To remain faithful to ...詳細: Composite structure of the Chaetomium thermophilum NUP155 ortholog generated by superposition of fragment crystal structures (PDB IDs 5HB0, 5HAY, and 5HAX ). To remain faithful to experimentally determined structures, we opted to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC with ortholog crystal structures.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#6: タンパク質
NUP93 SOL


分子量: 74012.406 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然
詳細: Crystal structure of the Homo sapiens NUP93 SOL component of the NUP93-NUP53 heterodimer crystal structure (PDB ID 7MW1) used to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#8: タンパク質 NUP188


分子量: 204007.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: Single particle cryo-EM structure of the Chaetomium thermophilum NUP188 ortholog component of the Nup188-Nic96-Nup145N heterotrimer structure (PDB ID 7MVZ). To remain faithful to ...詳細: Single particle cryo-EM structure of the Chaetomium thermophilum NUP188 ortholog component of the Nup188-Nic96-Nup145N heterotrimer structure (PDB ID 7MVZ). To remain faithful to experimentally determined structures, we opted to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC with ortholog single particle cryo-EM structures.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#9: タンパク質 NUP93 R2


分子量: 6230.862 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: Single particle cryo-EM structure of the Chaetomium thermophilum NUP93 R2 ortholog component of the Nup188-Nic96-Nup145N heterotrimer structure (PDB ID 7MVZ). To remain faithful to ...詳細: Single particle cryo-EM structure of the Chaetomium thermophilum NUP93 R2 ortholog component of the Nup188-Nic96-Nup145N heterotrimer structure (PDB ID 7MVZ). To remain faithful to experimentally determined structures, we opted to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC with ortholog single particle cryo-EM structures.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#11: タンパク質
NUP205


分子量: 197137.406 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
詳細: Single particle cryo-EM structure of the Chaetomium thermophilum NUP205 ortholog component of the Nup192-Nic96-Nup53-Nup145N heterotetramer structure (PDB ID 7MVV). To remain faithful to ...詳細: Single particle cryo-EM structure of the Chaetomium thermophilum NUP205 ortholog component of the Nup192-Nic96-Nup53-Nup145N heterotetramer structure (PDB ID 7MVV). To remain faithful to experimentally determined structures, we opted to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC with ortholog single particle cryo-EM structures.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#12: タンパク質
NUP93 R2


分子量: 7173.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
詳細: Single particle cryo-EM structure of the Chaetomium thermophilum NUP93 R2 ortholog component of the Nup192-Nic96-Nup53-Nup145N heterotetramer structure (PDB ID 7MVV). To remain faithful to ...詳細: Single particle cryo-EM structure of the Chaetomium thermophilum NUP93 R2 ortholog component of the Nup192-Nic96-Nup53-Nup145N heterotetramer structure (PDB ID 7MVV). To remain faithful to experimentally determined structures, we opted to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC with ortholog single particle cryo-EM structures.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#15: タンパク質
NUP62


分子量: 20965.451 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: Crystal structure of the Chaetomium thermophilum NUP62 ortholog component of the Nup49-Nup57-Nsp1-Nic96 heterotetramer structure (PDB ID 5CWS). To remain faithful to experimentally determined ...詳細: Crystal structure of the Chaetomium thermophilum NUP62 ortholog component of the Nup49-Nup57-Nsp1-Nic96 heterotetramer structure (PDB ID 5CWS). To remain faithful to experimentally determined structures, we opted to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC with ortholog crystal structures.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#16: タンパク質
NUP58


分子量: 24065.980 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: Crystal structure of the Chaetomium thermophilum NUP58 ortholog component of the Nup49-Nup57-Nsp1-Nic96 heterotetramer structure (PDB ID 5CWS). To remain faithful to experimentally determined ...詳細: Crystal structure of the Chaetomium thermophilum NUP58 ortholog component of the Nup49-Nup57-Nsp1-Nic96 heterotetramer structure (PDB ID 5CWS). To remain faithful to experimentally determined structures, we opted to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC with ortholog crystal structures.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#17: タンパク質
NUP54


分子量: 27988.756 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: Crystal structure of the Chaetomium thermophilum NUP54 ortholog component of the Nup49-Nup57-Nsp1-Nic96 heterotetramer structure (PDB ID 5CWS). To remain faithful to experimentally determined ...詳細: Crystal structure of the Chaetomium thermophilum NUP54 ortholog component of the Nup49-Nup57-Nsp1-Nic96 heterotetramer structure (PDB ID 5CWS). To remain faithful to experimentally determined structures, we opted to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC with ortholog crystal structures.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#21: タンパク質
NUP133


分子量: 129108.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: Crystal structures of Homo sapiens NUP133 component of the NUP107-NUP133 heterodimer structure (PDB ID 3CQC) and NUP133 NTD (PDB ID 1XKS) used to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#22: タンパク質
NUP107 CTD


分子量: 30176.793 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: Crystal structure of Homo sapiens NUP107 component of the NUP107-NUP133 heterodimer structure (PDB ID 3CQC) used to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#23: タンパク質
NUP107 NTD


分子量: 50170.684 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: Crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae NUP107 ortholog component of the coat nucleoporin complex (CNC) hexamer structure (PDB ID 4XMM). To remain faithful to experimentally ...詳細: Crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae NUP107 ortholog component of the coat nucleoporin complex (CNC) hexamer structure (PDB ID 4XMM). To remain faithful to experimentally determined structures, we opted to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC with ortholog crystal structures.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#24: タンパク質
NUP96


分子量: 71195.070 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: Crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae NUP96 ortholog component of the coat nucleoporin complex (CNC) hexamer structure (PDB ID 4XMM). To remain faithful to experimentally ...詳細: Crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae NUP96 ortholog component of the coat nucleoporin complex (CNC) hexamer structure (PDB ID 4XMM). To remain faithful to experimentally determined structures, we opted to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC with ortholog crystal structures.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#25: タンパク質
SEC13


分子量: 31889.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: Crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae SEC13 ortholog component of the coat nucleoporin complex (CNC) hexamer structure (PDB ID 4XMM). To remain faithful to experimentally ...詳細: Crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae SEC13 ortholog component of the coat nucleoporin complex (CNC) hexamer structure (PDB ID 4XMM). To remain faithful to experimentally determined structures, we opted to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC with ortholog crystal structures.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#26: タンパク質
NUP75


分子量: 79734.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: Crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae NUP75 ortholog component of the coat nucleoporin complex (CNC) hexamer structure (PDB ID 4XMM). To remain faithful to experimentally ...詳細: Crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae NUP75 ortholog component of the coat nucleoporin complex (CNC) hexamer structure (PDB ID 4XMM). To remain faithful to experimentally determined structures, we opted to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC with ortholog crystal structures.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#27: タンパク質
SEH1


分子量: 38843.422 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: Crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae SEH1 ortholog component of the coat nucleoporin complex (CNC) hexamer structure (PDB ID 4XMM). To remain faithful to experimentally ...詳細: Crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae SEH1 ortholog component of the coat nucleoporin complex (CNC) hexamer structure (PDB ID 4XMM). To remain faithful to experimentally determined structures, we opted to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC with ortholog crystal structures.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#28: タンパク質
NUP160


分子量: 120560.328 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: Crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae NUP160 ortholog component of the coat nucleoporin complex (CNC) hexamer structure (PDB ID 4XMM). To remain faithful to experimentally ...詳細: Crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae NUP160 ortholog component of the coat nucleoporin complex (CNC) hexamer structure (PDB ID 4XMM). To remain faithful to experimentally determined structures, we opted to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC with ortholog crystal structures.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#29: タンパク質
NUP43


分子量: 42195.652 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: Crystal structure of Homo sapiens NUP43 (PDB ID 4I79) used to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#30: タンパク質
NUP37


分子量: 42807.066 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: Crystal structure of the Schizosaccharomyces pombe NUP37 ortholog (PDB ID 4FHN). To remain faithful to experimentally determined structures, we opted to interpret the cryo-ET map of the Homo ...詳細: Crystal structure of the Schizosaccharomyces pombe NUP37 ortholog (PDB ID 4FHN). To remain faithful to experimentally determined structures, we opted to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC with ortholog crystal structures.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質・ペプチド , 7種, 35分子 B1B2B3B4B5B6C1C2C3C4C5C6E1E2E3E4E5E6E7H1H2K1K2K3K4K5L1L2L3L4...

#4: タンパク質・ペプチド
NUP53 R3


分子量: 1612.008 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
詳細: Crystal structure of the Chaetomium thermophilum NUP53 R3 ortholog component of the Nup170-Nup53 heterodimer structure (PDB ID 5HAX). To remain faithful to experimentally determined ...詳細: Crystal structure of the Chaetomium thermophilum NUP53 R3 ortholog component of the Nup170-Nup53 heterodimer structure (PDB ID 5HAX). To remain faithful to experimentally determined structures, we opted to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC with ortholog crystal structures.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#5: タンパク質・ペプチド
NUP98 R3


分子量: 2258.661 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
詳細: Crystal structure of the Chaetomium thermophilum NUP98 R3 ortholog component of the Nup170-Nup145N heterodimer structure (PDB ID 5HB0). To remain faithful to experimentally determined ...詳細: Crystal structure of the Chaetomium thermophilum NUP98 R3 ortholog component of the Nup170-Nup145N heterodimer structure (PDB ID 5HB0). To remain faithful to experimentally determined structures, we opted to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC with ortholog crystal structures.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#7: タンパク質・ペプチド
NUP53 R2


分子量: 903.057 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然
詳細: Crystal structure of the Homo sapiens NUP53 R2 component of the NUP93-NUP53 heterodimer crystal structure (PDB ID 7MW1) used to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#10: タンパク質・ペプチド NUP98 R2


分子量: 1348.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: Single particle cryo-EM structure of the Chaetomium thermophilum NUP98 R2 ortholog component of the Nup188-Nic96-Nup145N heterotrimer structure (PDB ID 7MVZ). To remain faithful to ...詳細: Single particle cryo-EM structure of the Chaetomium thermophilum NUP98 R2 ortholog component of the Nup188-Nic96-Nup145N heterotrimer structure (PDB ID 7MVZ). To remain faithful to experimentally determined structures, we opted to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC with ortholog single particle cryo-EM structures.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#13: タンパク質・ペプチド
NUP98 R1


分子量: 1062.345 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
詳細: Single particle cryo-EM structure of the Chaetomium thermophilum NUP98 R1 ortholog component of the Nup192-Nic96-Nup53-Nup145N heterotetramer structure (PDB ID 7MVV). To remain faithful to ...詳細: Single particle cryo-EM structure of the Chaetomium thermophilum NUP98 R1 ortholog component of the Nup192-Nic96-Nup53-Nup145N heterotetramer structure (PDB ID 7MVV). To remain faithful to experimentally determined structures, we opted to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC with ortholog single particle cryo-EM structures.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#14: タンパク質・ペプチド
NUP53 R1


分子量: 222.241 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
詳細: Single particle cryo-EM structure of the Chaetomium thermophilum NUP53 R1 ortholog component of the Nup192-Nic96-Nup53-Nup145N heterotetramer structure (PDB ID 7MVV). To remain faithful to ...詳細: Single particle cryo-EM structure of the Chaetomium thermophilum NUP53 R1 ortholog component of the Nup192-Nic96-Nup53-Nup145N heterotetramer structure (PDB ID 7MVV). To remain faithful to experimentally determined structures, we opted to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC with ortholog single particle cryo-EM structures.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#20: タンパク質・ペプチド
NUP93 R1


分子量: 4441.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: Crystal structure of the Chaetomium thermophilum NUP93 R1 ortholog component of the Nup49-Nup57-Nsp1-Nic96 heterotetramer structure (PDB ID 5CWS). To remain faithful to experimentally ...詳細: Crystal structure of the Chaetomium thermophilum NUP93 R1 ortholog component of the Nup49-Nup57-Nsp1-Nic96 heterotetramer structure (PDB ID 5CWS). To remain faithful to experimentally determined structures, we opted to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC with ortholog crystal structures.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

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NUP54 Ferrodoxin-like ... , 2種, 8分子 P1P2P3P4Q1Q2Q3Q4

#18: タンパク質
NUP54 Ferrodoxin-like domain


分子量: 12745.392 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: Crystal structure of Xenopus laevis NUP54 Ferrodoxin-like domain ortholog (PDB ID 5C2U). To remain faithful to experimentally determined structures, we opted to interpret the cryo-ET map of ...詳細: Crystal structure of Xenopus laevis NUP54 Ferrodoxin-like domain ortholog (PDB ID 5C2U). To remain faithful to experimentally determined structures, we opted to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC with ortholog crystal structures.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#19: タンパク質
NUP54 Ferrodoxin-like domain


分子量: 9693.498 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: Crystal structure of Homo sapiens NUP53 RRM (PDB ID 4LIR) used to interpret the cryo-ET map of the Homo sapiens NPC.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: Nuclear pore complex from human CD4+ T cells. / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm
撮影電子線照射量: 4 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 140 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 792 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 99 / Num. of volumes extracted: 792
原子モデル構築詳細: Authors state that the clashes between nucleoporin structures result from docking nucleoporin structures from different species into low-resolution cryo-ET maps of intact NPCs without flexible fitting.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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