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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ta5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of cyanophycin synthetase 2 from Gloeothece citriformis | ||||||
要素 | Glutathione synthase | ||||||
キーワード | LIGASE / cyanophycin / ATP-grasp / CphA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Gloeothece citriformis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Sharon, I. / Schmeing, T.M. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022 タイトル: Structure and Function of the beta-Asp-Arg Polymerase Cyanophycin Synthetase 2. 著者: Sharon, I. / Grogg, M. / Hilvert, D. / Schmeing, T.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ta5.cif.gz | 132.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ta5.ent.gz | 101 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ta5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ta5_validation.pdf.gz | 471.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ta5_full_validation.pdf.gz | 475.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ta5_validation.xml.gz | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ta5_validation.cif.gz | 30 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/7ta5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/7ta5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7lgjS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 71702.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Gloeothece citriformis (バクテリア) 株: PCC 7424 / 遺伝子: PCC7424_0612 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7KEP8, glutathione synthase | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-BCN / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-TRS / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.34 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: tris-bicine pH8.5 200mM Na/K tartrate 60mM MgCl 10mM betaine 44% precip 2 4% 2,2,2-trifluoroethanol 10mM NiCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.5213 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5213 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→348.5 Å / Num. obs: 21675 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 105 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.47 / Net I/σ(I): 18.3 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.18 Å / Rmerge(I) obs: 5.649 / Num. unique obs: 3378 / CC1/2: 0.451 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7LGJ 解像度: 3→116.16 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 31.95 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→116.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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