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- PDB-7t8o: Crystal Structure of the Crp/Fnr Family Transcriptional Regulator... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t8o
タイトルCrystal Structure of the Crp/Fnr Family Transcriptional Regulator from Listeria monocytogenes
要素Lmo0753 protein
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Transcriptional regulator / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Maltseva, N. / Shatsman, S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Crp/Fnr Family Transcriptional Regulator from Listeria monocytogenes
著者: Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Maltseva, N. / Shatsman, S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2021年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lmo0753 protein
B: Lmo0753 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5043
ポリマ－52,4082
非ポリマー961
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area21550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.091, 76.308, 171.496
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Lmo0753 protein


分子量: 26204.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes EGD-e (リステリア・モノサイトゲネス)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: lmo0753 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q8Y8Y9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.56 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M Tris HKL pH 8.5, 20 % (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97899 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97899 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 15776 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 55.37 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.635 / Mean I/σ(I) obs: 1.41 / Num. unique obs: 545 / CC1/2: 0.6 / % possible all: 67.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.71→45.75 Å / SU ML: 0.4261 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.4387
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 735 4.69 %
Rwork0.2506 14940 -
obs0.2523 15675 91.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→45.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3569 0 5 0 3574
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00243632
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.43674909
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0427578
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035627
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.06521378
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.71-2.920.43081050.35292236X-RAY DIFFRACTION70.09
2.92-3.210.37981340.32122763X-RAY DIFFRACTION85.91
3.21-3.670.34261680.28793210X-RAY DIFFRACTION99.27
3.67-4.630.25521590.2293294X-RAY DIFFRACTION99.94
4.63-45.750.23981690.21563437X-RAY DIFFRACTION99.7
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.323832161361.041885862560.3562497500223.202634519040.07870486494974.43119411876-0.005282888296040.0812838644652-0.0971634484074-0.165904482270.122634551881-0.245172273967-0.2641940927160.432331867935-0.2319384841130.290481406411-0.0544714117163-0.0246513562490.3516538999330.001748763402440.3990233871815.28460897499-3.2717898565743.4186201517
23.658787526291.68061850813-0.8009480252494.366372319761.59402783433.39580476255-0.2059016346040.47577106607-0.3209941904780.3071598225370.0828178018929-0.134250596978-0.0776313466903-0.543786299773-0.1249675170880.254318658936-0.0308213568178-0.02018108065090.307630393782-0.04089722251510.337344098629-0.882178538976-8.6758254991245.6060092013
32.00426959197-0.529774277206-3.158427986321.11195077108-0.8120628104187.725935647020.957788045758-0.1089137361270.3985529063210.0200322271591-0.474799859007-0.415961776157-1.000033174871.1506267521-0.7064689891090.680192104966-0.229935764541-0.1693193731450.909184400779-0.01814239285570.522404400243-5.29038239769-6.8374970022522.8137253711
43.5091068069-0.7961031578060.5643632549983.16555383680.4614305280933.447154923270.05688477108440.1286162290770.04228744498250.0762693916994-0.1823503896530.0960984672517-0.4707254332130.3522931168350.1126363484230.463849341471-0.03038551533190.06572145293390.4199052630540.06842920258050.328007485491-3.20599133841-6.29755361199-0.0528415316181
53.122108805860.469164192690.4903732884862.94179019789-0.1738981069954.336549524470.076205036003-0.303007957342-0.4351244690030.4019652615210.03394433608170.04679064662780.126061781692-0.21436986201-0.1148577449290.359631602327-0.06528916440750.066409023060.35307555365-0.0157217992050.380462885486-21.1754698693-23.604362275652.2143118716
64.550973475710.9725464870272.638036180710.3614684625160.3519508639824.67652199531-0.0566419032394-0.6239491764950.3683698736350.30835746019-0.230718279540.128811418494-0.327739163151-0.5246396373310.2726221793660.443316979651-0.06695303230310.007590178663960.2881689589630.03077641557110.426006540426-15.9652667335-16.500113771351.0478596652
74.142189161-0.0083395442446-0.9504061490631.796593133551.986341829033.488013581040.0162283768009-0.3447267139120.2634232183090.170776248340.140952748351-0.162189233876-0.245301520801-0.181164284763-0.1351135884920.3559322598970.0301137366784-0.006017071147650.4037925461210.045849563580.227541090611-13.8482780785-19.740824357715.3460561939
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -1 through 71 )AA-1 - 711 - 73
22chain 'A' and (resid 72 through 141 )AA72 - 14174 - 143
33chain 'A' and (resid 142 through 155 )AA142 - 155144 - 157
44chain 'A' and (resid 156 through 221 )AA156 - 221158 - 223
55chain 'B' and (resid 2 through 83 )BB2 - 831 - 82
66chain 'B' and (resid 84 through 143 )BB84 - 14383 - 142
77chain 'B' and (resid 144 through 225 )BB144 - 225143 - 224

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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