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- PDB-3laf: Structure of DCC, a netrin-1 receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3laf
タイトルStructure of DCC, a netrin-1 receptor
要素Deleted in Colorectal Cancer
キーワードAPOPTOSIS (アポトーシス) / netrin-1 receptor / immunoglobulin superfamily (免疫グロブリンスーパーファミリー) / horseshoe (蹄鉄)
機能・相同性
機能・相同性情報


Netrin-1 signaling / DCC mediated attractive signaling / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / netrin receptor activity / dorsal/ventral axon guidance / spinal cord ventral commissure morphogenesis / anterior/posterior axon guidance / growth cone membrane / corpus callosum development / optic nerve development ...Netrin-1 signaling / DCC mediated attractive signaling / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / netrin receptor activity / dorsal/ventral axon guidance / spinal cord ventral commissure morphogenesis / anterior/posterior axon guidance / growth cone membrane / corpus callosum development / optic nerve development / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / axon development / axonal growth cone / response to amphetamine / 軸索誘導 / postsynaptic density membrane / neuron migration / Schaffer collateral - CA1 synapse / cerebral cortex development / positive regulation of neuron projection development / 細胞接着 / transcription coactivator activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 神経繊維 / apoptotic process / 細胞膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Neogenin, C-terminal / Neogenin C-terminus / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. ...Neogenin, C-terminal / Neogenin C-terminus / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Netrin receptor DCC
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chen, Q. / Liu, J.-H. / Wang, J.-H.
引用ジャーナル: J.Cell.Sci. / 年: 2013
タイトル: N-terminal horseshoe conformation of DCC is functionally required for axon guidance and might be shared by other neural receptors.
著者: Chen, Q. / Sun, X. / Zhou, X.H. / Liu, J.H. / Wu, J. / Zhang, Y. / Wang, J.H.
履歴
登録2010年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年8月13日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deleted in Colorectal Cancer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,90117
ポリマ－44,1331
非ポリマー2,76816
水3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.380, 109.380, 129.442
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Deleted in Colorectal Cancer / Deleted in colorectal carcinoma / isoform CRA_a


分子量: 44132.738 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 39-421 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Dcc, rCG_46581 / プラスミド: pMelBac / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High-Five / 参照: UniProt: Q63155
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.0 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-tris pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-C11.072
シンクロトロンAPS 19-ID20.9794
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2008年12月17日Cryogenically-cooled double crystal Si(111) monochromator. Triple striped vertical and horizantal focussing mirrors in Kirkpatrick-Baez geometry.
ADSC QUANTUM 3152CCD2009年3月25日Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror, beam defining slits
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Cryo-Cooled Si(111) double crystal.SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0721
20.97941
Reflection冗長度: 22.5 % / Av σ(I) over netI: 33.24 / 数: 359469 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Χ2: 1.7 / D res high: 3.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 15982 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.675010010.0755.10922
5.36.6799.910.0892.17222.2
4.635.310010.0931.72322.6
4.214.6310010.0891.50422.7
3.914.2110010.1231.21222.7
3.683.9110010.1921.11922.7
3.493.6810010.2531.09522.7
3.343.4910010.3731.05222.7
3.213.3410010.5751.00222.7
3.13.2110010.8190.96221.9
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 34453 / Num. obs: 34427 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 1.079 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.89 / Num. unique all: 2288 / Χ2: 1.233 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.7 Å / D res low: 35.4 Å / FOM acentric: 0.182 / FOM centric: 0.056 / Reflection acentric: 22943 / Reflection centric: 721
Phasing MAD set
IDR cullis acentricR cullis centric最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Reflection acentricReflection centric
ISO_1002.735.422943721
ANO_10.702.735.4153790
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricReflection acentricReflection centric
ISO_111.46-35.40027737
ISO_18.32-11.460047435
ISO_16.86-8.320061037
ISO_15.97-6.860072136
ISO_15.35-5.970081637
ISO_14.9-5.350089637
ISO_14.54-4.90098233
ISO_14.25-4.5400104939
ISO_14.01-4.2500111934
ISO_13.81-4.0100119140
ISO_13.63-3.8100125133
ISO_13.48-3.6300128837
ISO_13.34-3.4800136837
ISO_13.22-3.3400141635
ISO_13.11-3.2200145136
ISO_13.02-3.1100150435
ISO_12.93-3.0200156834
ISO_12.85-2.9300161537
ISO_12.77-2.8500163838
ISO_12.7-2.7700170934
ANO_111.46-35.40.26802760
ANO_18.32-11.460.30204740
ANO_16.86-8.320.38606100
ANO_15.97-6.860.46707210
ANO_15.35-5.970.55208150
ANO_14.9-5.350.62508960
ANO_14.54-4.90.72309820
ANO_14.25-4.540.793010490
ANO_14.01-4.250.881011190
ANO_13.81-4.010.932011910
ANO_13.63-3.810.963012510
ANO_13.48-3.630.981012880
ANO_13.34-3.480.991013680
ANO_13.22-3.340.997014150
ANO_13.11-3.220.999014500
ANO_13.02-3.11104740
ANO_12.93-3.020000
ANO_12.85-2.930000
ANO_12.77-2.850000
ANO_12.7-2.770000
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
18.734-88.935-6.362PT163.922.24
2-23.261-97.739-22.262PT108.931.43
3-1.884-82.449-0.214PT178.591.77
423.296-98.16.745PT163.11.58
513.253-24.789-0.379PT182.691.55
64.275-91.798-16.563PT144.511.25
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM acentricFOM centricReflection acentricReflection centric
11.46-35.40.720.23527737
8.32-11.460.6630.14247435
6.86-8.320.5920.13161037
5.97-6.860.5640.13572136
5.35-5.970.5070.10581637
4.9-5.350.4540.07689637
4.54-4.90.3880.04298233
4.25-4.540.3210.043104939
4.01-4.250.2650.04111934
3.81-4.010.2030.033119140
3.63-3.810.160.022125133
3.48-3.630.1210.029128837
3.34-3.480.0890.014136837
3.22-3.340.0620.014141635
3.11-3.220.0480.011145136
3.02-3.110.0310.01150435
2.93-3.020.0230.011156834
2.85-2.930.0210.008161537
2.77-2.850.0190.01163838
2.7-2.770.0170.008170934

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.83 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 1635 4.8 %Random
Rwork0.211 ---
all0.218 34453 --
obs0.216 34427 100 %-
溶媒の処理Bsol: 47.582 Å2
原子変位パラメータBiso max: 158.13 Å2 / Biso mean: 51.911 Å2 / Biso min: 22.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.672 Å20 Å20 Å2
2--8.672 Å20 Å2
3----17.343 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2943 0 166 218 3327
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.2281.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.5462
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.7182
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.1592.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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