PDB-7t8o: Crystal Structure of the Crp/Fnr Family Transcriptional Regulator...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7t8o

タイトル

Crystal Structure of the Crp/Fnr Family Transcriptional Regulator from Listeria monocytogenes

要素

Lmo0753 protein

キーワード

TRANSCRIPTION / Transcriptional regulator / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.71 Å

データ登録者

Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Maltseva, N. / Shatsman, S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Crp/Fnr Family Transcriptional Regulator from Listeria monocytogenes
著者: Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Maltseva, N. / Shatsman, S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2021年12月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月19日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7t8o.cif.gz	228.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7t8o.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7t8o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7t8o_validation.pdf.gz	449 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7t8o_full_validation.pdf.gz	453.4 KB	表示
XML形式データ	7t8o_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	7t8o_validation.cif.gz	21.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/7t8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/7t8o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2v5m-d 3irp-d 5nlv-d 2be3-d 4ydu-1 3is0-d 4ow8-1 6k7d-d 3hjt-d 3laf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP91880

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (8) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (4) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Lmo0753 protein

B: Lmo0753 protein

ヘテロ分子

52.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.091, 76.308, 171.496
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Lmo0753 protein 分子量: 26204.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes EGD-e (バクテリア) 株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: lmo0753 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q8Y8Y9
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.56 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M Tris HKL pH 8.5, 20 % (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97899 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97899 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 15776 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 55.37 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.189 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.635 / Mean I/σ(I) obs: 1.41 / Num. unique obs: 545 / CC_1/2: 0.6 / % possible all: 67.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.71→45.75 Å / SU ML: 0.4261 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.4387
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	735	4.69 %
R_work	0.2506	14940	-
obs	0.2523	15675	91.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.71→45.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3569	0	5	0	3574

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	3632
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4367	4909
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0427	578
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0035	627
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.0652	1378

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.71-2.92	0.4308	105	0.3529	2236	X-RAY DIFFRACTION	70.09
2.92-3.21	0.3798	134	0.3212	2763	X-RAY DIFFRACTION	85.91
3.21-3.67	0.3426	168	0.2879	3210	X-RAY DIFFRACTION	99.27
3.67-4.63	0.2552	159	0.229	3294	X-RAY DIFFRACTION	99.94
4.63-45.75	0.2398	169	0.2156	3437	X-RAY DIFFRACTION	99.7

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.32383216136	1.04188586256	0.356249750022	3.20263451904	0.0787048649497	4.43119411876	-0.00528288829604	0.0812838644652	-0.0971634484074	-0.16590448227	0.122634551881	-0.245172273967	-0.264194092716	0.432331867935	-0.231938484113	0.290481406411	-0.0544714117163	-0.024651356249	0.351653899933	0.00174876340244	0.399023387181	5.28460897499	-3.27178985657	43.4186201517
2	3.65878752629	1.68061850813	-0.800948025249	4.36637231976	1.5940278343	3.39580476255	-0.205901634604	0.47577106607	-0.320994190478	0.307159822537	0.0828178018929	-0.134250596978	-0.0776313466903	-0.543786299773	-0.124967517088	0.254318658936	-0.0308213568178	-0.0201810806509	0.307630393782	-0.0408972225151	0.337344098629	-0.882178538976	-8.67582549912	45.6060092013
3	2.00426959197	-0.529774277206	-3.15842798632	1.11195077108	-0.812062810418	7.72593564702	0.957788045758	-0.108913736127	0.398552906321	0.0200322271591	-0.474799859007	-0.415961776157	-1.00003317487	1.1506267521	-0.706468989109	0.680192104966	-0.229935764541	-0.169319373145	0.909184400779	-0.0181423928557	0.522404400243	-5.29038239769	-6.83749700225	22.8137253711
4	3.5091068069	-0.796103157806	0.564363254998	3.1655538368	0.461430528093	3.44715492327	0.0568847710844	0.128616229077	0.0422874449825	0.0762693916994	-0.182350389653	0.0960984672517	-0.470725433213	0.352293116835	0.112636348423	0.463849341471	-0.0303855153319	0.0657214529339	0.419905263054	0.0684292025805	0.328007485491	-3.20599133841	-6.29755361199	-0.0528415316181
5	3.12210880586	0.46916419269	0.490373288486	2.94179019789	-0.173898106995	4.33654952447	0.076205036003	-0.303007957342	-0.435124469003	0.401965261521	0.0339443360817	0.0467906466278	0.126061781692	-0.21436986201	-0.114857744929	0.359631602327	-0.0652891644075	0.06640902306	0.35307555365	-0.015721799205	0.380462885486	-21.1754698693	-23.6043622756	52.2143118716
6	4.55097347571	0.972546487027	2.63803618071	0.361468462516	0.351950863982	4.67652199531	-0.0566419032394	-0.623949176495	0.368369873635	0.30835746019	-0.23071827954	0.128811418494	-0.327739163151	-0.524639637331	0.272622179366	0.443316979651	-0.0669530323031	0.00759017866396	0.288168958963	0.0307764155711	0.426006540426	-15.9652667335	-16.5001137713	51.0478596652
7	4.142189161	-0.0083395442446	-0.950406149063	1.79659313355	1.98634182903	3.48801358104	0.0162283768009	-0.344726713912	0.263423218309	0.17077624834	0.140952748351	-0.162189233876	-0.245301520801	-0.181164284763	-0.135113588492	0.355932259897	0.0301137366784	-0.00601707114765	0.403792546121	0.04584956358	0.227541090611	-13.8482780785	-19.7408243577	15.3460561939

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -1 through 71 )	A	A	-1 - 71	1 - 73
2	2	chain 'A' and (resid 72 through 141 )	A	A	72 - 141	74 - 143
3	3	chain 'A' and (resid 142 through 155 )	A	A	142 - 155	144 - 157
4	4	chain 'A' and (resid 156 through 221 )	A	A	156 - 221	158 - 223
5	5	chain 'B' and (resid 2 through 83 )	B	B	2 - 83	1 - 82
6	6	chain 'B' and (resid 84 through 143 )	B	B	84 - 143	83 - 142
7	7	chain 'B' and (resid 144 through 225 )	B	B	144 - 225	143 - 224

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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