[日本語] English
万見
- PDB-7t8i: Crystal structure of the ImmR transcriptional regulator DNA-bindi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t8i
タイトルCrystal structure of the ImmR transcriptional regulator DNA-binding domain of Bacillus subtilis
要素(Phage element (ICEBs1)transcriptional regulator (Xre family)) x 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / HTH-DNA binding domain / dimerisation / immunity repressor protein / bacterial infection / horizontal gene transfer
機能・相同性Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / Phage element (ICEBs1)transcriptional regulator (Xre family)
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Caliandro, R. / de Diego, I. / Gomis-Ruth, F.X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Crystal structure report of the ImmR transcriptional regulator DNA-binding domain of the Bacillus subtilis ICEBs1 transposon.
著者: Caliandro, R. / de Diego, I. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2021年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phage element (ICEBs1)transcriptional regulator (Xre family)
B: Phage element (ICEBs1)transcriptional regulator (Xre family)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9982
ポリマ－14,9982
非ポリマー00
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.033, 48.340, 64.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.474, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 0 through 18 or resid 20...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 0 through 18 or resid 20...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALAGLNA1 - 19
d_12ens_1GLUASNA21 - 27
d_13ens_1GLYTYRA29 - 40
d_14ens_1ASPLYSA42 - 50
d_15ens_1SERLYSA52 - 65
d_21ens_1ALAGLNB1 - 19
d_22ens_1GLUASNB21 - 27
d_23ens_1GLYTYRB29 - 40
d_24ens_1ASPLYSB42 - 50
d_25ens_1SERLYSB52 - 65

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999954986145, -0.00901027934436, -0.00297330607399), (0.00901936055168, -0.999954657711, -0.00305510351193), (-0.00294564392142, -0.00308178330946, 0.999990912855) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999954986145, -0.00901027934436, -0.00297330607399), (0.00901936055168, -0.999954657711, -0.00305510351193), (-0.00294564392142, -0.00308178330946, 0.999990912855)
ベクター: -4.21884563794, -5.27339386578, -0.0573595182652)

-
要素

#1: タンパク質 Phage element (ICEBs1)transcriptional regulator (Xre family) / Transcriptional regulator Cro/CI family


分子量: 7505.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Residues G-A are left over from the expression tag. / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: B4417_4397, SC09_Contig25orf00616 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A1M9H4
#2: タンパク質 Phage element (ICEBs1)transcriptional regulator (Xre family) / Transcriptional regulator Cro/CI family


分子量: 7492.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Residues G-A are left over from the expression tag. / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: B4417_4397, SC09_Contig25orf00616 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A1M9H4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Suitable crystals of ImmR-DBD were obtained with 18%(w) PEG 3350, 10 mM magnesium chloride, 50 mM Tris-HCl pH 8.5 as reservoir solution

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→43.97 Å / Num. obs: 9322 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 5.8 Å2 / CC1/2: 0.904 / Rmerge(I) obs: 0.255 / Rpim(I) all: 0.186 / Net I/σ(I): 3.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.617 / Num. unique obs: 464 / CC1/2: 0.591 / Rpim(I) all: 0.433 / % possible all: 71.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold model

解像度: 2.1→43.97 Å / SU ML: 0.4141 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 40.136
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3464 454 4.87 %
Rwork0.2588 8867 -
obs0.2631 9321 95.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 11.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1043 0 0 142 1185
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01381074
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2931444
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0645159
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0114188
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0348433
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.786370242233 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.40.36981310.25752680X-RAY DIFFRACTION87.22
2.4-3.030.34521480.25783079X-RAY DIFFRACTION99.54
3.03-43.970.33551750.26013108X-RAY DIFFRACTION99.82
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.140038169087-0.04662296826760.07519922459210.0631988002924-0.05122274031510.1317331236420.06285903176840.0423695452061-0.0837269606267-0.03797364240610.0006661582389860.0241618914440.0632420184595-0.002646561568560.287243374380.05846009946770.0195650047062-0.02631056048450.0412840909676-0.006417062031970.05382403057766.33735531576-10.399313212310.8067341382
20.007273222387610.008318214182570.01870058810050.01205309466230.01246760616470.08311071943070.0338976706665-0.01185568869510.0761943643792-0.002649012987580.0250805688805-0.00324256375447-0.04068192495760.01084885379870.1924419279150.05728740547830.03044925492630.02581719733770.0802956942051-2.43206842523E-50.0773705126759-10.41422875465.0032121816510.6837887262
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 0 - 64 / Label seq-ID: 1 - 65

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11(chain 'A' )AA
22(chain 'B' )BB

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る