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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7t7g | ||||||
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Title | Imipenem-OXA-23 2 minute complex | ||||||
![]() | Beta-lactamase OXA-23 | ||||||
![]() | HYDROLASE / antibiotic resistance / complex | ||||||
Function / homology | Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / penicillin binding / cell wall organization / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Chem-IM2 / OXA-23![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Smith, C.A. / Stewart, N.K. / Vakulenko, S.B. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: C6 Hydroxymethyl-Substituted Carbapenem MA-1-206 Inhibits the Major Acinetobacter baumannii Carbapenemase OXA-23 by Impeding Deacylation. Authors: Stewart, N.K. / Toth, M. / Alqurafi, M.A. / Chai, W. / Nguyen, T.Q. / Quan, P. / Lee, M. / Buynak, J.D. / Smith, C.A. / Vakulenko, S.B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 115.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 88 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 752.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 757.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 15.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7t7dC ![]() 7t7eC ![]() 7t7fC ![]() 4jf6S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 27689.936 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-IM2 / ( |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.56 Å3/Da / Density % sol: 77.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M succinic acid, 20% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 18, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→39.2 Å / Num. obs: 21845 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 17 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 20.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 2411 / CC1/2: 0.915 / Rpim(I) all: 0.294 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4JF6 Resolution: 2.5→39.16 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 37.16 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 156.08 Å2 / Biso mean: 83.0249 Å2 / Biso min: 47.39 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.5→39.16 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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