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万見
- PDB-7t7e: MA-1-206-OXA-23 3 minute complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t7e
タイトルMA-1-206-OXA-23 3 minute complex
要素Beta-lactamase OXA-23
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / antibiotic resistance / inhibitor / complex / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / cell wall organization / beta-lactamase / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FDX / beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Smith, C.A. / Stewart, N.K. / Vakulenko, S.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI155723 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: C6 Hydroxymethyl-Substituted Carbapenem MA-1-206 Inhibits the Major Acinetobacter baumannii Carbapenemase OXA-23 by Impeding Deacylation.
著者: Stewart, N.K. / Toth, M. / Alqurafi, M.A. / Chai, W. / Nguyen, T.Q. / Quan, P. / Lee, M. / Buynak, J.D. / Smith, C.A. / Vakulenko, S.B.
履歴
登録2021年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase OXA-23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0652
ポリマ－27,6901
非ポリマー3751
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)174.277, 174.277, 81.222
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase OXA-23


分子量: 27689.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V5TGX0
#2: 化合物 ChemComp-FDX / (2R,4S)-2-(1,3-dihydroxypropan-2-yl)-4-{[(3R,5R)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-3,4-dihydro-2H-pyrrole-5-carboxylic acid


分子量: 375.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H25N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M succinic acid, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→39 Å / Num. obs: 24682 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.8 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 8.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2532 / CC1/2: 0.893 / Rpim(I) all: 0.318 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JF6

4jf6


解像度: 2.4→38.97 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 1226 4.97 %
Rwork0.2281 23421 -
obs0.2298 24647 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 145.36 Å2 / Biso mean: 78.0539 Å2 / Biso min: 48.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→38.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1912 0 24 17 1953
Biso mean--77.94 70.95 -
残基数----239
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.4-2.50.3631300.345125462676
2.5-2.610.36141330.33225482681
2.61-2.750.30821370.288425652702
2.75-2.920.34391350.265625622697
2.92-3.140.30651250.287226022727
3.14-3.460.28651330.244525932726
3.46-3.960.25891230.225826262749
3.96-4.990.2271570.181526272784
4.99-38.970.23411530.213227522905
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.27920.2191-0.31030.3895-0.580.84960.3864-0.37990.3780.45980.0644-0.5472-0.42880.03950.08750.89370.0728-0.37180.8943-0.60031.623315.194659.179120.4569
22.5469-0.9218-0.0550.83411.09361.9104-0.0149-0.14351.17410.094-0.043-0.2455-0.1136-0.17270.00170.60340.022-0.18590.6869-0.03320.784612.81742.03817.4093
30.538-0.2361-0.30770.4575-0.28910.6691-0.4072-0.55540.18361.02580.34-0.46080.18580.1656-0.00020.84620.1149-0.17520.7621-0.04470.499123.29827.373914.8914
42.08780.7439-0.0521.92350.11142.97270.09170.12120.8497-0.1456-0.3475-0.6947-0.1989-0.0166-0.00010.59190.014-0.07160.63480.11140.632716.063339.4720.6878
51.7158-1.88261.02154.54690.04842.61-0.2159-0.48470.45250.24360.14760.02430.2095-0.3051-0.00010.60760.0425-0.08730.7431-0.08320.48869.586939.326313.7715
60.9309-0.31860.44832.2507-0.39952.69-0.3338-0.49081.60570.70650.4381-0.5929-0.1039-0.31540.0540.67080.0874-0.31510.7454-0.38071.059713.962148.099516.9757
71.0547-0.0202-0.20770.6293-0.06970.1015-0.0891-1.4239-0.43541.1790.3137-0.36750.3107-0.10130.00150.93860.2109-0.36561.1014-0.52721.08112.373351.109924.5085
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 35 through 57 )A35 - 57
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 101 )A58 - 101
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 102 through 127 )A102 - 127
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 128 through 186 )A128 - 186
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 187 through 225 )A187 - 225
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 226 through 255 )A226 - 255
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 256 through 273 )A256 - 273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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