+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7t7d | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | MA-1-206-OXA-23 30s complex | ||||||
Components | Beta-lactamase OXA-23 | ||||||
Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / antibiotic resistance / inhibitor / complex / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / penicillin binding / cell wall organization / Beta-lactamase/transpeptidase-like / beta-lactamase / Chem-FDX / beta-lactamase Function and homology information | ||||||
Biological species | Acinetobacter baumannii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.65 Å | ||||||
Authors | Smith, C.A. / Stewart, N.K. / Vakulenko, S.B. | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Mbio / Year: 2022 Title: C6 Hydroxymethyl-Substituted Carbapenem MA-1-206 Inhibits the Major Acinetobacter baumannii Carbapenemase OXA-23 by Impeding Deacylation. Authors: Stewart, N.K. / Toth, M. / Alqurafi, M.A. / Chai, W. / Nguyen, T.Q. / Quan, P. / Lee, M. / Buynak, J.D. / Smith, C.A. / Vakulenko, S.B. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7t7d.cif.gz | 115.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7t7d.ent.gz | 88.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7t7d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7t7d_validation.pdf.gz | 794.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7t7d_full_validation.pdf.gz | 799.2 KB | Display | |
Data in XML | 7t7d_validation.xml.gz | 12.3 KB | Display | |
Data in CIF | 7t7d_validation.cif.gz | 15.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/7t7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/7t7d | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7t7eC 7t7fC 7t7gC 4jf6S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 27689.936 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter baumannii (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: V5TGX0 |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-FDX / ( |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 0.2 M succinic acid, 20% PEG3350 |
---|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.97949 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 18, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.65→39.14 Å / Num. obs: 18431 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 14.7 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 20.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.65→2.78 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2410 / CC1/2: 0.751 / Rpim(I) all: 0.542 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4JF6 Resolution: 2.65→38.76 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 30.05 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 175.86 Å2 / Biso mean: 88.1142 Å2 / Biso min: 51.99 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.65→38.76 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|