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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7t7d | ||||||
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Title | MA-1-206-OXA-23 30s complex | ||||||
![]() | Beta-lactamase OXA-23 | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / ![]() ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Smith, C.A. / Stewart, N.K. / Vakulenko, S.B. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: C6 Hydroxymethyl-Substituted Carbapenem MA-1-206 Inhibits the Major Acinetobacter baumannii Carbapenemase OXA-23 by Impeding Deacylation. Authors: Stewart, N.K. / Toth, M. / Alqurafi, M.A. / Chai, W. / Nguyen, T.Q. / Quan, P. / Lee, M. / Buynak, J.D. / Smith, C.A. / Vakulenko, S.B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 110 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 89.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 739.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 743.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 15.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7t7eC ![]() 7t7fC ![]() 7t7gC ![]() 4jf6S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
|
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Components
#1: Protein | Mass: 27689.936 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-FDX / ( |
#3: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal grow![]() | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 0.2 M succinic acid, 20% PEG3350 |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 18, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.65→39.14 Å / Num. obs: 18431 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 14.7 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 20.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.65→2.78 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2410 / CC1/2: 0.751 / Rpim(I) all: 0.542 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 4JF6 Resolution: 2.65→38.76 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 30.05 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 175.86 Å2 / Biso mean: 88.1142 Å2 / Biso min: 51.99 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.65→38.76 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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