PDB-7t7f: MA-1-206-OXA-23 25 minute complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7t7f

タイトル

MA-1-206-OXA-23 25 minute complex

要素

Beta-lactamase OXA-23

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / antibiotic resistance / inhibitor / complex / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / penicillin binding / cell wall organization / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Chem-FDX / OXA-23

機能・相同性情報

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Smith, C.A. / Stewart, N.K. / Vakulenko, S.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: C6 Hydroxymethyl-Substituted Carbapenem MA-1-206 Inhibits the Major Acinetobacter baumannii Carbapenemase OXA-23 by Impeding Deacylation.
著者: Stewart, N.K. / Toth, M. / Alqurafi, M.A. / Chai, W. / Nguyen, T.Q. / Quan, P. / Lee, M. / Buynak, J.D. / Smith, C.A. / Vakulenko, S.B.

履歴

登録	2021年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年7月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7t7f.cif.gz	115.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7t7f.ent.gz	87.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7t7f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7t7f_validation.pdf.gz	806.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7t7f_full_validation.pdf.gz	809.9 KB	表示
XML形式データ	7t7f_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	7t7f_validation.cif.gz	14.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/7t7f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/7t7f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7t7dC 7t7eC 7t7gC 4jf6S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase OXA-23

ヘテロ分子

28.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	174.457, 174.457, 80.016
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

#1: タンパク質	Beta-lactamase OXA-23 分子量: 27689.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V5TGX0
#2: 化合物	ChemComp-FDX / (2R,4S)-2-(1,3-dihydroxypropan-2-yl)-4-{[(3R,5R)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-3,4-dihydro-2H-pyrrole-5-carboxylic acid 分子量: 375.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₅N₃O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 77.62 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M succinic acid, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→39.01 Å / Num. obs: 27628 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 14.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 18.3
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 15.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2636 / CC_1/2: 0.91 / R_pim(I) all: 0.428 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JF6

4jf6

解像度: 2.3→39.01 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2728	1360	4.94 %
R_work	0.2429	26198	-
obs	0.2443	27558	99.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 155.46 Å² / B_iso mean: 82.4729 Å² / B_iso min: 49.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→39.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1911	0	24	12	1947
B_iso mean	-	-	78.92	64.44	-
残基数	-	-	-	-	239

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.38	0.3898	124	0.3994	2543	2667	98
2.38-2.48	0.3963	128	0.3496	2577	2705	100
2.48-2.59	0.4048	146	0.3528	2593	2739	100
2.59-2.73	0.3672	134	0.3121	2581	2715	99
2.73-2.9	0.3028	139	0.2889	2566	2705	100
2.9-3.12	0.3247	150	0.2883	2612	2762	100
3.12-3.44	0.3479	141	0.2635	2619	2760	100
3.44-3.93	0.2428	135	0.2282	2636	2771	100
3.93-4.95	0.2111	135	0.1969	2665	2800	100
4.95-39.01	0.2471	128	0.2223	2806	2934	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7819	0.1103	-0.0823	1.0353	-1.52	2.2337	0.0188	-1.3034	1.0834	1.2437	0.9373	-0.0692	-0.4315	-0.7536	0.2397	1.2235	0.0704	-0.3949	1.0119	-0.7493	1.6467	16.2867	61.4646	23.1671
2	0.9791	0.6752	-1.0942	0.9748	-1.5554	3.1407	-0.7031	0.0354	0.6355	-0.1449	0.7958	-0.822	-0.3067	-0.5611	-0.0044	0.7615	0.1746	-0.3639	0.8845	-0.3772	1.5178	9.6746	56.4079	13.7908
3	1.8424	-1.5993	-0.1925	1.3665	0.395	1.8133	0.0867	-0.2114	1.4472	0.1272	0.0616	-0.8238	-0.3239	-0.2624	0.0001	0.6467	0.0429	-0.1539	0.7593	-0.0995	0.9121	15.8728	44.8377	6.1741
4	1.6966	-1.4988	-1.3991	2.3718	0.0703	2.4696	-0.596	-0.4529	0.16	0.5082	0.3041	-0.3789	0.2057	0.106	0.0002	0.8731	0.0707	-0.2117	0.6609	0.0032	0.4745	20.9988	25.0337	10.5099
5	2.1497	-1.0141	-0.3183	2.7055	0.0107	2.6033	-0.2396	-0.1133	0.6132	0.2185	0.0523	-0.2149	0.1402	0.1202	-0.0007	0.6106	0.042	-0.0539	0.7124	0.0264	0.4571	17.3109	31.4339	4.4814
6	1.9993	1.0615	1.08	1.6346	0.2532	3.4793	0.0778	0.5467	1.2417	-0.1661	-0.4212	-1.0473	-0.2964	-0.2347	0.0001	0.6501	0.0196	-0.0752	0.7074	0.1239	0.8469	16.3352	43.7015	1.6129
7	0.407	0.1213	-0.2504	0.7607	0.5036	0.6261	-0.0737	-0.3476	0.2111	0.1329	-0.246	0.5215	0.1385	-0.813	-0.0006	0.6732	-0.0334	-0.0378	0.9	-0.0427	0.5566	2.4135	35.5461	7.5603
8	0.5535	-0.1216	0.5734	2.0976	-0.3206	0.7012	-0.3133	-0.7559	1.2632	0.7578	0.4807	0.0618	0.1817	-0.3018	-0.0005	0.8872	0.0882	-0.1492	1.0798	-0.2498	0.6722	10.1124	41.4576	20.8071
9	0.7668	-0.1205	0.3678	4.8272	0.9333	3.9379	-0.2801	-0.6065	1.6277	0.5162	0.384	-0.9742	0.0963	-0.0329	0.0116	0.727	0.0866	-0.311	0.7656	-0.3102	1.1528	16.5494	47.9973	15.7152
10	2.6135	-0.1241	-1.3964	0.3247	0.1857	0.7868	-0.835	-1.1088	-1.0011	0.8979	-0.0158	0.0059	0.294	-0.0113	-0.1649	0.9453	0.2323	-0.4759	1.0465	-0.5615	1.0759	12.5224	51.1749	24.326

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 35 through 47 )	A	35 - 47
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 48 through 65 )	A	48 - 65
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 66 through 91 )	A	66 - 91
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 92 through 113 )	A	92 - 113
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 114 through 150 )	A	114 - 150
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 151 through 185 )	A	151 - 185
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 186 through 202 )	A	186 - 202
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 203 through 220 )	A	203 - 220
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 221 through 255 )	A	221 - 255
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 256 through 273 )	A	256 - 273

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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