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- PDB-7t5a: Crystal structure of the molybdate-binding periplasmic protein Mo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t5a
タイトルCrystal structure of the molybdate-binding periplasmic protein ModA from the bacteria Pseudomonsa aeruginosa in tungstate-bound form
要素Molybdate-binding periplasmic protein ModA
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Molybdate-binding periplasmic protein
機能・相同性AMMONIUM ION / TUNGSTATE(VI)ION
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa PA1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Ngu, D.H.Y. / Luo, Z. / Lim, B.Y.J. / Kobe, B.
資金援助 オーストラリア, 7件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)LE170100200 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1071659 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1122582 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1180826 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP170102102 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FL180100109 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT170100006 オーストラリア
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2022
タイトル: The Impact of Chromate on Pseudomonas aeruginosa Molybdenum Homeostasis.
著者: Maunders, E.A. / Ngu, D.H.Y. / Ganio, K. / Hossain, S.I. / Lim, B.Y.J. / Leeming, M.G. / Luo, Z. / Tan, A. / Deplazes, E. / Kobe, B. / McDevitt, C.A.
履歴
登録2021年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Molybdate-binding periplasmic protein ModA
B: Molybdate-binding periplasmic protein ModA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3278
ポリマ－48,7592
非ポリマー5686
水2,450136
1
A: Molybdate-binding periplasmic protein ModA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6453
ポリマ－24,3791
非ポリマー2662
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Molybdate-binding periplasmic protein ModA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6815
ポリマ－24,3791
非ポリマー3024
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.115, 40.977, 111.038
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.530, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 23 through 251 or resid 321 through 322))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 23 through 251 or resid 321 through 322))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALALEUA2 - 230
d_12ens_1WO4WO4B
d_21ens_1ALALEUD1 - 229
d_22ens_1WO4WO4E

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.999910500362, -0.00276081946134, 0.0130908037458), (-0.00293314045042, -0.999909066676, 0.0131626390484), (0.0130532736854, -0.013199858163, -0.999827673047) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.999910500362, -0.00276081946134, 0.0130908037458), (-0.00293314045042, -0.999909066676, 0.0131626390484), (0.0130532736854, -0.013199858163, -0.999827673047)
ベクター: 21.2881962933, 4.23541433907, -55.5188940358)

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要素

#1: タンパク質 Molybdate-binding periplasmic protein ModA


分子量: 24379.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The ligand-free ModA protein was chemically modified via reductive alkylation of surface lysine residues prior to co-crystallisation with tungstate.
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PA1 (緑膿菌)
株: Laboratory strain PAO1 / 遺伝子: modA / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-WO4 / TUNGSTATE(VI)ION


分子量: 247.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: WO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 2.2 M ammonium sulfate, 25% v/v glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→46.07 Å / Num. obs: 22601 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 24.01 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.193 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.16→2.23 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.866 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1945 / CC1/2: 0.715 / CC star: 0.909 / Rpim(I) all: 0.359 / Rrim(I) all: 0.94 / Χ2: 1.01 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
PHENIX1.19.2_4158精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ATG

1atg


解像度: 2.16→43.23 Å / SU ML: 0.283 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.2141
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2637 1197 5.3 %
Rwork0.2296 21367 -
obs0.2314 22564 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→43.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3424 0 14 136 3574
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01893502
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.30534757
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1668537
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0084618
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.92121239
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.582550797249 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.16-2.250.32551460.27952316X-RAY DIFFRACTION99.43
2.25-2.350.29651460.25952332X-RAY DIFFRACTION99.32
2.35-2.470.32271440.24762369X-RAY DIFFRACTION99.84
2.47-2.630.30881400.26952329X-RAY DIFFRACTION99.68
2.63-2.830.28861160.25172371X-RAY DIFFRACTION99.76
2.83-3.110.2561950.24372417X-RAY DIFFRACTION99.76
3.12-3.570.24471350.22582368X-RAY DIFFRACTION99.76
3.57-4.490.24151500.18822387X-RAY DIFFRACTION99.72
4.49-43.230.2271250.21362478X-RAY DIFFRACTION99.5
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.423741668920.27358888885-1.983536864752.02392210466-1.874824978363.89544054514-0.0260414309199-0.378266222307-0.01141553602290.5832786778080.05076448577660.02403621912930.06833817331630.4934672030220.10905254370.400797583518-0.0109562122218-0.05444567848440.34102762842-0.01327669941220.268397014727-8.67775427649-11.7912575777-30.69641727
24.32656669935-0.674637443157-0.9363136420872.48663318262-1.090280883843.691586479390.02987068493770.08669865374520.1813681298960.0558613058731-0.07930737735340.183307268955-0.167378237323-0.2065186893210.05705827024640.259294103627-0.0486612163753-0.006809665837420.200315512196-0.04032803203640.210704031908-21.4716718993-8.83330264952-38.2167700744
31.28270853388-0.53033130322-0.9593385349511.59378935885-0.3603801494171.782554665790.05312398276930.2079932683050.0754629617332-0.231220507256-0.1084652346840.0604936310577-0.190788557938-0.1788266592310.07752557027810.16435951060.00840865489079-0.04132810509680.216142651323-0.03864206598020.168715732846-7.12842205839-8.47892581803-59.5461631882
45.335126517980.647607403361-1.314570385714.438088286690.02312283608872.348105623990.103432763919-0.101219094486-0.1108143821960.0908899804068-0.07654846107510.05277819184690.114836477363-0.0550359830385-0.07959459969020.1834819097320.0219988259605-0.001500057674510.1204110798420.0116056845410.0813817139221-2.10689440308-13.3556862018-51.767833829
51.508900261541.31147150135-0.6105361477291.95585926917-1.689222330412.213534878920.1114228325440.04377127002650.2351271498840.2015255186740.01305135442620.223843749151-0.1000353664340.102734069346-0.1838908223480.237277614263-0.01072099712810.009959069139340.147800729041-0.02771094850340.174275402861-8.9890005449-0.459474860174-50.8056273153
65.20660967837-0.04101637131912.545208464331.408626920521.423843267892.80226266015-0.210823294118-1.35716730763-0.3567063498090.5838324796240.05642466761170.267870113390.540800614587-0.3784484067450.2232693009250.6899371182430.04801060296340.06765860922240.5402134209150.008261245682130.281010076113-18.0797745734-5.51492522236-27.3254549481
70.07240825884160.180875280258-0.2141252708993.268629352362.085900762443.07853878811-0.070849617423-0.5484135533660.3749379659520.01645043546680.0989509732505-0.209023632319-0.2996969402660.164004747191-0.06562944850690.341875428409-0.0155424364397-0.06450205745920.434543962134-0.1224628984860.237772671945-2.69766919278-1.41923556692-37.0390365055
82.21806671106-0.4417656310721.096112127221.13088297918-0.3007935419672.33897155990.1332804059530.0455898181457-0.107603168069-0.155543976873-0.08744950292990.069535234783-0.0375249093023-0.181633692079-0.03494039010670.1729924878820.0280881197303-0.03139691630580.180343814867-0.02925746641190.1711905707118.2608352950313.2346506144-11.9987949655
92.988265464341.676467489261.435035243694.259465721163.113797420893.882225751860.135337614534-0.2665529528420.2022474741690.287977371888-0.3867221165410.4608331572540.219469553286-0.1466509653150.229685071650.177905812846-0.0172285276411-0.01796384735960.19419822540.003330363446270.1616659573318.6090903645311.04267409966.54558739604
102.116579541560.5660171172861.377754713081.906101694210.5224653617432.461976454780.07296108865430.2397228679810.020594071802-0.0433664211002-0.02544571601720.0965578777049-0.0331385710160.0947510695108-0.01391687206470.1347650193290.0212013539168-0.02231921466430.215012382751-0.004954705065990.1601108643215.979845088912.0741641488-4.12955582591
112.88100108295-0.420150498371.43836716613.420703757210.7091598046534.033243886510.4548370737090.318206206293-0.180160737593-0.454366703208-0.201055328406-0.01687339013430.445037515794-0.0603163708786-0.2606188753270.2988880482890.04638232803510.004315364685250.292116876455-0.01872765978060.18581209601310.16373834987.47228098623-23.5955085588
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 22 through 49 )AA22 - 491 - 28
22chain 'A' and (resid 50 through 98 )AA50 - 9829 - 77
33chain 'A' and (resid 99 through 165 )AA99 - 16578 - 144
44chain 'A' and (resid 166 through 199 )AA166 - 199145 - 178
55chain 'A' and (resid 200 through 218 )AA200 - 218179 - 197
66chain 'A' and (resid 219 through 235 )AA219 - 235198 - 214
77chain 'A' and (resid 236 through 251 )AA236 - 251215 - 230
88chain 'B' and (resid 23 through 139 )BD23 - 1391 - 117
99chain 'B' and (resid 140 through 165 )BD140 - 165118 - 143
1010chain 'B' and (resid 166 through 218 )BD166 - 218144 - 196
1111chain 'B' and (resid 219 through 251 )BD219 - 251197 - 229

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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