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- PDB-7t51: Crystal structure of the molybdate-binding periplasmic protein Mo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t51
タイトルCrystal structure of the molybdate-binding periplasmic protein ModA from the bacteria Pseudomonsa aeruginosa in molybdate-bound form
要素Molybdate-binding periplasmic protein ModA
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Molybdate-binding periplasmic protein
機能・相同性MOLYBDATE ION / AMMONIUM ION
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa PA1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ngu, D.H.Y. / Luo, Z. / Lim, B.Y.J. / Kobe, B.
資金援助 オーストラリア, 7件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)LE170100200 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1071659 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1122582 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1180826 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP170102102 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FL180100109 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT170100006 オーストラリア
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2022
タイトル: The Impact of Chromate on Pseudomonas aeruginosa Molybdenum Homeostasis.
著者: Maunders, E.A. / Ngu, D.H.Y. / Ganio, K. / Hossain, S.I. / Lim, B.Y.J. / Leeming, M.G. / Luo, Z. / Tan, A. / Deplazes, E. / Kobe, B. / McDevitt, C.A.
履歴
登録2021年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Molybdate-binding periplasmic protein ModA
B: Molybdate-binding periplasmic protein ModA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1896
ポリマ－48,7592
非ポリマー4304
水93752
1
A: Molybdate-binding periplasmic protein ModA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5573
ポリマ－24,3791
非ポリマー1782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Molybdate-binding periplasmic protein ModA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6313
ポリマ－24,3791
非ポリマー2522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.528, 40.898, 111.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.543, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 25 through 251 or resid 323))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 25 through 251 or resid 323))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLULEUA1 - 227
d_12ens_1MOOMOOC
d_21ens_1GLULEUD1 - 227
d_22ens_1MOOMOOF

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.999964244802, -0.000100921658709, 0.00845570417551), (-0.000226516651797, -0.999889652868, 0.0148536452729), (0.00845327205828, -0.0148550295357, -0.999853924475) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.999964244802, -0.000100921658709, 0.00845570417551), (-0.000226516651797, -0.999889652868, 0.0148536452729), (0.00845327205828, -0.0148550295357, -0.999853924475)
ベクター: 20.7338107975, 4.4151969857, -55.6164514874)

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要素

#1: タンパク質 Molybdate-binding periplasmic protein ModA


分子量: 24379.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The ligand-free ModA protein was chemically modified via reductive alkylation of surface lysine residues prior to co-crystallisation with molybdate.
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PA1 (緑膿菌)
株: Laboratory strain PAO1 / 遺伝子: modA / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#3: 化合物 ChemComp-MOO / MOLYBDATE ION / MOLYBDATE


分子量: 159.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: MoO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.2 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 2.1 M ammonium sulfate, 25% v/v glycerol

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAustralian Synchrotron MX110.954
シンクロトロンAustralian Synchrotron MX120.954
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS EIGER2 X 9M1PIXEL2019年9月21日
DECTRIS EIGER2 X 9M2PIXEL2019年9月21日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9541
21
反射解像度: 2.5→45.48 Å / Num. obs: 13730 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 1155 / CC1/2: 0.906 / CC star: 0.969 / Rpim(I) all: 0.177 / Rrim(I) all: 0.307 / Χ2: 1.08 / % possible all: 71.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
PHENIX1.19.2_4158精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ATG

1atg


解像度: 2.5→45.48 Å / SU ML: 0.3239 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.4955
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2886 663 4.84 %
Rwork0.2587 13022 -
obs0.2601 13685 94.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3390 0 17 52 3459
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00833473
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23164715
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0589530
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055610
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.33641230
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.729205354878 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.690.37911030.30592050X-RAY DIFFRACTION74.76
2.69-2.960.33771340.30062701X-RAY DIFFRACTION99.75
2.96-3.390.291180.27542767X-RAY DIFFRACTION99.65
3.39-4.270.26731510.23642711X-RAY DIFFRACTION99.24
4.28-45.480.26431570.23332793X-RAY DIFFRACTION98.53
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.85228635709-0.815072120853-0.7799428050523.450701365731.622462990912.94016579029-0.152097164941-0.6234508089850.01388314396650.4459398435040.0791138296408-0.258471034525-0.0515984961290.3438513401050.0372107122980.314790004061-0.0664985488115-0.0669787601360.159597012540.05161573499670.234478458286-7.96720521862-11.3136688941-31.9757588834
20.710647058623-0.254242844219-0.1599341464441.323182486740.2977404643110.2142757063520.0645557273592-0.376294780966-0.03559619381220.2869312370340.018278506515-0.04625315393350.06036757712740.234858901011-0.0656724318870.225828967568-0.0414147420577-0.02834035559750.167318042985-0.005439263078990.0752908165239-18.9499798505-12.1104178144-37.7442210731
32.50846256820.7562428522031.677141007250.7397853714980.8843156902265.2895900009-0.467723352629-0.5241302951980.282932250901-0.3107647534850.0887590418230.298685367022-0.6763083885530.6016257528450.02787891725840.3200289080860.01351265747280.09311518441430.265352221056-0.0009451155793010.237412987318-25.8146536017-2.05307037882-39.0621561042
41.62570622572-0.1112488904360.04474602916091.190764919880.5009955327370.470656170909-0.08607554536750.3275260796950.119629709956-0.159079437963-0.0535408286012-0.0598524677058-0.288637102678-0.0824778397182-0.2299037720670.150131510497-0.00622675373087-0.02355714963150.101061555039-0.03748159195040.0449042366589-4.30673168413-9.09947402716-58.1203491673
50.4466310899620.186292794087-0.3332428476030.564288197629-0.2948428405630.634454062159-0.1066162259420.106685779083-0.126297505777-0.176040080037-0.0715435678270.00370596834750.0769105209852-0.0714876894212-0.7890623830180.1145919380160.00152131131636-0.0329347225189-0.0436569484179-0.05547700585460.0468397781062-11.9418828058-7.56350729031-62.117579213
60.3098643334710.3589862901540.3469131985752.54150214957-0.4814763351430.7641209464190.04766603062770.147640597840.0735378220845-0.0972526263740.0744870873769-0.2108054999690.1352155843110.04284703451950.440722278530.2219366336720.03948282203130.09699251814660.1100162958770.06602925801990.133903755976-2.10498223113-10.6250953831-53.1122066175
70.9542290570730.311053443694-0.145717019531.60824472004-0.276674345613.653529690090.206763217675-0.2063119666070.09686347681530.28729321081-0.2722203089180.30253307435-0.263829682983-0.5750999811610.1393586861360.321031026409-0.07935404368550.008412321722270.278269851593-0.1650116395020.251256114471-18.4577654364-3.08682865712-37.9447196839
81.3095325256-0.665935055056-0.6280282714741.190700286990.8082248484480.585478152576-0.0970787339375-0.5352221115040.2170179013380.3795938896620.160311304533-0.174291773866-0.2883405363760.257561429073-0.1480176849220.3896128186310.0209101556721-0.04314645645190.365285648394-0.1083829179410.197529697199-6.35974221984-2.32815196059-33.3195291363
92.39767318657-0.04315976122380.3435052121321.35484636983-0.145065962131.24141638813-0.03222778973020.0947816760355-0.133329233782-0.154142641977-0.04113636551230.12137972514-0.110799194826-0.07055868242930.05484134556670.2389942602910.0374048879279-0.03944042168740.128030569681-0.021897207490.1378601785158.0658690164113.130691971-11.671316171
101.914353607480.239671467047-0.07658633997510.7024022701130.0431640025071.459315061620.08842257519050.101878729755-0.0569292665543-0.22110108126-0.0852672152210.03106611254720.0399408124581-0.01416691772470.01853951185040.310430790140.0274022520857-0.05784167102660.0851127144122-0.02110753201150.094956974455612.401438347410.5877668827-7.48551997049
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 25 through 49 )AA25 - 491 - 25
22chain 'A' and (resid 50 through 81 )AA50 - 8126 - 57
33chain 'A' and (resid 82 through 98 )AA82 - 9858 - 74
44chain 'A' and (resid 99 through 139 )AA99 - 13975 - 115
55chain 'A' and (resid 140 through 165 )AA140 - 165116 - 141
66chain 'A' and (resid 166 through 208 )AA166 - 208142 - 184
77chain 'A' and (resid 209 through 225 )AA209 - 225185 - 201
88chain 'A' and (resid 226 through 251 )AA226 - 251202 - 227
99chain 'B' and (resid 25 through 139 )BD25 - 1391 - 115
1010chain 'B' and (resid 140 through 251 )BD140 - 251116 - 227

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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