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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t50 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the molybdate-binding periplasmic protein ModA from the bacteria Pseudomonsa aeruginosa in chromate-bound form | ||||||||||||||||||||||||
要素 | Molybdate-binding periplasmic protein ModA | ||||||||||||||||||||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / Molybdate-binding periplasmic protein | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | Chromate / AMMONIUM ION 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PA1 (緑膿菌) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Ngu, D.H.Y. / Luo, Z. / Lim, B.Y.J. / Kobe, B. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | オーストラリア, 7件
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引用 | ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2022 タイトル: The Impact of Chromate on Pseudomonas aeruginosa Molybdenum Homeostasis. 著者: Maunders, E.A. / Ngu, D.H.Y. / Ganio, K. / Hossain, S.I. / Lim, B.Y.J. / Leeming, M.G. / Luo, Z. / Tan, A. / Deplazes, E. / Kobe, B. / McDevitt, C.A. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7t50.cif.gz | 332 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7t50.ent.gz | 247.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7t50.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7t50_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7t50_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7t50_validation.xml.gz | 19.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7t50_validation.cif.gz | 28 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/7t50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/7t50 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.999907286567, 0.00362785776747, 0.0131246683078), (0.0033549273622, -0.999778904486, 0.0207578083223), (0.0131970728786, -0.0207118514858, -0.999698382751) ...NCS oper: (Code: given Matrix: (0.999907286567, 0.00362785776747, 0.0131246683078), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24379.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The ligand-free ModA protein was chemically modified via reductive alkylation of surface lysine residues prior to co-crystallisation with chromate. 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PA1 (緑膿菌) 株: Laboratory strain PAO1 / 遺伝子: modA / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.9 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 2.1 M ammonium sulfate, 20% v/v glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.954 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→45.57 Å / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 22.14 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.751 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1972 / CC1/2: 0.687 / CC star: 0.917 / Rpim(I) all: 0.469 / Rrim(I) all: 0.888 / % possible all: 94.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ATG 解像度: 1.9→41.48 Å / SU ML: 0.2295 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.5334 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→41.48 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.717211605034 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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