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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t2b | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the 5F TCR in complex with HLA-DP4-Ply | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / TCR-pHLA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MHC class II receptor activity / alpha-beta T cell receptor complex / transport vesicle membrane / cholesterol binding / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / positive regulation of T cell proliferation ...MHC class II receptor activity / alpha-beta T cell receptor complex / transport vesicle membrane / cholesterol binding / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / positive regulation of T cell proliferation / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / complement activation, classical pathway / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / antigen binding / response to bacterium / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / cellular response to type II interferon / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / endocytic vesicle membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / positive regulation of type II interferon production / Downstream TCR signaling / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / toxin activity / antibacterial humoral response / adaptive immune response / killing of cells of another organism / blood microparticle / immune response / lysosomal membrane / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / host cell plasma membrane / cell surface / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Ciacchi, L. / Farenc, C. / Petersen, J. / Reid, H.H. / Rossjohn, J. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2023 タイトル: CD4 + T cell-mediated recognition of a conserved cholesterol-dependent cytolysin epitope generates broad antibacterial immunity. 著者: Ciacchi, L. / van de Garde, M.D.B. / Ladell, K. / Farenc, C. / Poelen, M.C.M. / Miners, K.L. / Llerena, C. / Reid, H.H. / Petersen, J. / Price, D.A. / Rossjohn, J. / van Els, C.A.C.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7t2b.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7t2b.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7t2b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7t2b_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7t2b_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7t2b_validation.xml.gz | 104.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7t2b_validation.cif.gz | 141.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/7t2b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/7t2b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-HLA class II histocompatibility antigen, DP ... , 2種, 8分子 AFKPBGLQ
#1: タンパク質 | 分子量: 20943.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DPA1, HLA-DP1A, HLASB / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P20036 #2: タンパク質 | 分子量: 22074.725 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DPB1, HLA-DP1B / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P04440 |
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-タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 CHMR
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1825.995 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 遺伝子: ply, SPD_1726 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q04IN8 |
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-T cell receptor, 5F, ... , 2種, 8分子 DINSEJOT
#4: タンパク質 | 分子量: 22814.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAC, TCRA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01848 #5: タンパク質 | 分子量: 27021.178 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRBC1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01850 |
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-糖 , 2種, 11分子
#6: 多糖 | #7: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 2種, 19分子
#8: 化合物 | ChemComp-EDO / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.87 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tacsimate pH 8, PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95365 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95365 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→48.83 Å / Num. obs: 118241 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 11691 / CC1/2: 0.776 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4P5K, 6CUH 解像度: 2.8→48.83 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.57 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 235.49 Å2 / Biso mean: 72.8446 Å2 / Biso min: 20 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.8→48.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -1.095 Å / Origin y: -27.7449 Å / Origin z: 50.2536 Å
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精密化 TLSグループ |
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