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万見
- PDB-7szv: Crystal Structure of Acyl-CoA dehydrogenase from Mycobacterium ma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7szv
タイトルCrystal Structure of Acyl-CoA dehydrogenase from Mycobacterium marinum in complex with FDA
要素Acyl-CoA dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / FAD / Flavoprotein / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体を用いる / acyl-CoA dehydrogenase activity / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA dehydrogenases signature 1. / Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. / Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily ...Acyl-CoA dehydrogenases signature 1. / Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. / Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / Acyl-CoA dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium marinum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Acyl-CoA dehydrogenase from Mycobacterium marinum in complex with FDA
著者: DeBouver, N.D. / Abendroth, J. / Sroge, C.D. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2021年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-CoA dehydrogenase
B: Acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,3374
ポリマ－82,7612
非ポリマー1,5752
水2,198122
1
A: Acyl-CoA dehydrogenase
B: Acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Acyl-CoA dehydrogenase
B: Acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,6738
ポリマ－165,5234
非ポリマー3,1504
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445-x-1,-y-1,z1
Buried area20710 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area45130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.140, 120.140, 93.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 9 through 12 or (resid 13...
21(chain B and (resid 9 through 34 or (resid 35...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRLYSLYS(chain A and (resid 9 through 12 or (resid 13...AA9 - 129 - 12
12GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 9 through 12 or (resid 13...AA1313
13THRTHRLEULEU(chain A and (resid 9 through 12 or (resid 13...AA9 - 3869 - 387
14THRTHRLEULEU(chain A and (resid 9 through 12 or (resid 13...AA9 - 3869 - 387
15THRTHRLEULEU(chain A and (resid 9 through 12 or (resid 13...AA9 - 3869 - 387
16THRTHRLEULEU(chain A and (resid 9 through 12 or (resid 13...AA9 - 3869 - 387
21THRTHRALAALA(chain B and (resid 9 through 34 or (resid 35...BB9 - 349 - 34
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 9 through 34 or (resid 35...BB3535
23THRTHRLEULEU(chain B and (resid 9 through 34 or (resid 35...BB9 - 3869 - 387
24THRTHRLEULEU(chain B and (resid 9 through 34 or (resid 35...BB9 - 3869 - 387
25THRTHRLEULEU(chain B and (resid 9 through 34 or (resid 35...BB9 - 3869 - 387
26THRTHRLEULEU(chain B and (resid 9 through 34 or (resid 35...BB9 - 3869 - 387

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要素

#1: タンパク質 Acyl-CoA dehydrogenase


分子量: 41380.711 Da / 分子数: 2 / 断片: MymaA.01263.b.A1 / 変異: V293I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium marinum (バクテリア)
遺伝子: mmgC_16, DAVIS_02721 / プラスミド: MymaA.01263.b.A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): ATCC BAA-535 / M
参照: UniProt: A0A3E2MWC7, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体を用いる
#2: 化合物 ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 787.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: [Barcode: 320192b12] [pin_id: ghd0-3] [collection: aps21idf 3/25/2021] [crystallization conditions: MCSG1 B12 - 0.1M Bis-Tris:HCL, pH 6.5, 28% (w/v) PEG 2000 MME] [cryo: 20% EG]

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月25日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→42.82 Å / Num. obs: 30213 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.915 % / Biso Wilson estimate: 53.29 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 21.39 / Num. measured all: 269364
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.4-2.468.9360.5394.2122240.9140.571100
2.46-2.538.930.4185.4521650.9460.444100
2.53-2.68.9550.3436.5621100.9650.364100
2.6-2.688.9410.2638.2620350.9790.279100
2.68-2.778.9650.20810.5219880.9850.221100
2.77-2.878.9420.16812.6819260.990.179100
2.87-2.988.9540.13415.2818460.9930.143100
2.98-3.18.9560.10818.0818070.9960.115100
3.1-3.248.9660.09121.7917130.9960.096100
3.24-3.398.9560.07325.9116310.9980.077100
3.39-3.588.9340.06229.8115500.9980.066100
3.58-3.798.9390.05533.6514840.9980.058100
3.79-4.068.9080.05136.5613820.9980.055100
4.06-4.388.9130.04939.5713140.9980.052100
4.38-4.88.9160.04641.2411950.9980.049100
4.8-5.378.8960.04741.0410760.9980.05100
5.37-6.28.8610.04740.119620.9980.05100
6.2-7.598.7760.04642.348170.9990.048100
7.59-10.738.6840.04544.876330.9990.04899.8
10.73-42.827.8680.04741.873550.9970.0598.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20-4438精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OL2

5ol2


解像度: 2.4→42.82 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2174 1973 6.53 %
Rwork0.18 28232 -
obs0.1824 30205 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 167.24 Å2 / Biso mean: 74.5519 Å2 / Biso min: 35.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→42.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5400 0 106 123 5629
Biso mean--68.67 61.36 -
残基数----742
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3286X-RAY DIFFRACTION5.035TORSIONAL
12B3286X-RAY DIFFRACTION5.035TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.4-2.460.2941550.232620032158
2.46-2.530.26451370.214119802117
2.53-2.60.24421490.222719952144
2.6-2.680.29041610.217420002161
2.68-2.780.28631330.238520192152
2.78-2.890.24841500.211419992149
2.89-3.020.23421060.22420322138
3.02-3.180.24011360.207320372173
3.18-3.380.26941430.22120082151
3.38-3.640.22311330.184620282161
3.64-4.010.19371490.170420142163
4.01-4.590.17721270.143220192146
4.59-5.780.21341510.159720302181
5.78-42.820.18211430.155420682211
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2112-0.6198-0.73383.0655-0.76553.8351-0.11220.4276-0.2186-0.4971-0.2896-0.6194-0.01380.86650.39420.46520.06290.09610.77630.17450.6373-7.2629-40.4508-10.9175
21.51460.02970.61773.7059-1.47064.01540.04730.72520.4887-0.255-0.3861-0.304-0.8409-0.18770.2160.63640.1350.04550.79720.25070.4271-18.5903-28.3348-13.338
32.5874-0.59360.3413.1549-1.49742.1594-0.00170.45641.15090.0871-0.1457-0.4003-1.42470.020.34161.05750.1363-0.03540.58920.30030.8184-19.5658-16.7109-4.58
42.38541.3348-0.07442.16750.81593.2187-0.25520.1585-0.2042-0.1199-0.0217-0.2832-0.06990.25750.19040.3220.09460.0530.4610.08420.3596-21.0671-47.79880.1125
51.36851.03340.55250.9683-0.07241.6170.4697-0.9659-0.73270.7149-0.8217-0.9715-0.01560.64550.27160.5823-0.1248-0.40871.18630.4870.9626-1.7325-46.008131.4119
62.95122.0823-0.08161.64060.50211.97510.1593-0.50140.11790.3316-0.4213-0.1406-0.13970.10280.14770.40020.056-0.05370.59550.03050.3571-22.2221-45.51122.2941
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 53 )A9 - 53
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 54 through 144 )A54 - 144
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 145 through 246 )A145 - 246
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 247 through 386 )A247 - 386
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 9 through 237 )B9 - 237
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 238 through 386 )B238 - 386

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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