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万見
- PDB-7svs: Crystal structure analysis of the G73A mutant of Superoxide Dismu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7svs
タイトルCrystal structure analysis of the G73A mutant of Superoxide Dismutase from Trichoderma reesei
要素Superoxide dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / enzymatic activity
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / manganese ion binding / mitochondrial matrix
類似検索 - 分子機能
: / Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain ...: / Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Superoxide dismutase
類似検索 - 構成要素
生物種Hypocrea jecorina (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Mendoza Rengifo, E. / Ferreira Jr., J.R. / Garratt, C.R.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/01855-2 ブラジル
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2022
タイトル: Unexpected plasticity of the quaternary structure of iron-manganese superoxide dismutases.
著者: Mendoza Rengifo, E. / Stelmastchuk Benassi Fontolan, L. / Ribamar Ferreira-Junior, J. / Bleicher, L. / Penner-Hahn, J. / Charles Garratt, R.
履歴
登録2021年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase
B: Superoxide dismutase
C: Superoxide dismutase
D: Superoxide dismutase
E: Superoxide dismutase
F: Superoxide dismutase
G: Superoxide dismutase
H: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,63416
ポリマ－186,1948
非ポリマー4408
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14360 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area63780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.170, 110.620, 180.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Superoxide dismutase


分子量: 23274.311 Da / 分子数: 8 / 変異: G73A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hypocrea jecorina (strain QM6a) (菌類)
株: QM6a / 遺伝子: TRIREDRAFT_66345 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RQS7, superoxide dismutase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.91 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 25% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.1 mM Bis-Tris, pH 5.7
PH範囲: 5.2-8

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→95.17 Å / Num. all: 47807 / Num. obs: 47807 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 45.21 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.212 / Rsym value: 0.195 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 313253
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 解像度: 2.8→2.95 Å

冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
6.60.94968400.6140.0250.0590.053100
5.70.05316640.9950.0270.0690.06399.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1kkc

1kkc


解像度: 2.8→72.14 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2565 2402 5.03 %
Rwork0.1903 45315 -
obs0.1937 47717 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 117.73 Å2 / Biso mean: 40.5433 Å2 / Biso min: 21.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→72.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12130 0 8 75 12213
Biso mean--26.24 28.42 -
残基数----1562
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.8-2.860.39151220.2942606
2.86-2.920.34281490.27192636
2.92-2.990.35121480.25632625
2.99-3.060.34391600.2552624
3.06-3.140.27961180.24132634
3.14-3.240.30311310.2312662
3.24-3.340.29291400.22532626
3.34-3.460.31941450.22672642
3.46-3.60.27271440.22552644
3.6-3.760.28971600.19862624
3.76-3.960.24631460.17792676
3.96-4.210.22291310.15712655
4.21-4.540.22321190.15162721
4.54-4.990.20441630.14472656
4.99-5.710.22441500.15872693
5.71-7.20.22881360.16982744
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.2166 Å / Origin y: 110.2512 Å / Origin z: -1.8342 Å
111213212223313233
T0.2489 Å2-0.053 Å20.0114 Å2-0.2478 Å20.0087 Å2--0.2822 Å2
L0.2961 °2-0.0739 °20.0778 °2-0.2321 °2-0.0037 °2--0.2945 °2
S0.0413 Å °0.0046 Å °-0.0031 Å °-0.0579 Å °-0.0269 Å °0.0497 Å °0.0383 Å °0.03 Å °-0.0159 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA3 - 198
2X-RAY DIFFRACTION1allB5 - 198
3X-RAY DIFFRACTION1allC3 - 204
4X-RAY DIFFRACTION1allD6 - 198
5X-RAY DIFFRACTION1allE5 - 198
6X-RAY DIFFRACTION1allF6 - 198
7X-RAY DIFFRACTION1allG7 - 200
8X-RAY DIFFRACTION1allH3 - 198
9X-RAY DIFFRACTION1allJ1 - 80
10X-RAY DIFFRACTION1allI1 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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