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- PDB-7sus: Crystal structure of Apelin receptor in complex with small molecule -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sus
タイトルCrystal structure of Apelin receptor in complex with small molecule
要素Apelin receptor, with Rubredoxin insertion
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / Class A GPCR / small molecule / Apelin receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cAMP-mediated signaling / apelin receptor activity / apelin receptor signaling pathway / mechanoreceptor activity / regulation of gap junction assembly / positive regulation of G protein-coupled receptor internalization / vascular associated smooth muscle cell differentiation / atrioventricular valve development / regulation of body fluid levels / venous blood vessel development ...negative regulation of cAMP-mediated signaling / apelin receptor activity / apelin receptor signaling pathway / mechanoreceptor activity / regulation of gap junction assembly / positive regulation of G protein-coupled receptor internalization / vascular associated smooth muscle cell differentiation / atrioventricular valve development / regulation of body fluid levels / venous blood vessel development / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / alkane catabolic process / endocardial cushion formation / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / coronary vasculature development / adult heart development / vasculature development / G protein-coupled peptide receptor activity / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / aorta development / ventricular septum morphogenesis / blood vessel development / heart looping / vasculogenesis / gastrulation / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Peptide ligand-binding receptors / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / signaling receptor activity / regulation of gene expression / heart development / angiogenesis / G alpha (i) signalling events / electron transfer activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding / negative regulation of gene expression / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Apelin receptor / Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / : ...Apelin receptor / Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / : / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8EH / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Rubredoxin / Apelin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Clostridium pasteurianum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Xu, F. / Yue, Y. / Liu, L.E. / Han, G.W. / Hanson, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Structural insight into apelin receptor-G protein stoichiometry.
著者: Yang Yue / Lier Liu / Li-Jie Wu / Yiran Wu / Ling Wang / Fei Li / Junlin Liu / Gye-Won Han / Bo Chen / Xi Lin / Rebecca L Brouillette / Émile Breault / Jean-Michel Longpré / Songting Shi / ...著者: Yang Yue / Lier Liu / Li-Jie Wu / Yiran Wu / Ling Wang / Fei Li / Junlin Liu / Gye-Won Han / Bo Chen / Xi Lin / Rebecca L Brouillette / Émile Breault / Jean-Michel Longpré / Songting Shi / Hui Lei / Philippe Sarret / Raymond C Stevens / Michael A Hanson / Fei Xu /
要旨: The technique of cryogenic-electron microscopy (cryo-EM) has revolutionized the field of membrane protein structure and function with a focus on the dominantly observed molecular species. This report ...The technique of cryogenic-electron microscopy (cryo-EM) has revolutionized the field of membrane protein structure and function with a focus on the dominantly observed molecular species. This report describes the structural characterization of a fully active human apelin receptor (APJR) complexed with heterotrimeric G protein observed in both 2:1 and 1:1 stoichiometric ratios. We use cryo-EM single-particle analysis to determine the structural details of both species from the same sample preparation. Protein preparations, in the presence of the endogenous peptide ligand ELA or a synthetic small molecule, both demonstrate these mixed stoichiometric states. Structural differences in G protein engagement between dimeric and monomeric APJR suggest a role for the stoichiometry of G protein-coupled receptor- (GPCR-)G protein coupling on downstream signaling and receptor pharmacology. Furthermore, a small, hydrophobic dimer interface provides a starting framework for additional class A GPCR dimerization studies. Together, these findings uncover a mechanism of versatile regulation through oligomerization by which GPCRs can modulate their signaling.
履歴
登録2021年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apelin receptor, with Rubredoxin insertion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3844
ポリマ－46,4371
非ポリマー9483
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)163.010, 44.560, 79.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.620, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The authors state that the biological oligomeric state is unknown.

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要素

#1: タンパク質 Apelin receptor, with Rubredoxin insertion


分子量: 46436.613 Da / 分子数: 1 / 変異: V117A,E174C,T177N,M217C,I250C,C325L,C326M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clostridium pasteurianum (バクテリア)
遺伝子: APLNR, AGTRL1, APJ / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P35414, UniProt: P00268
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-8EH / (1R,2S)-N-[4-(2,6-dimethoxyphenyl)-5-(6-methylpyridin-2-yl)-1,2,4-triazol-3-yl]-1-(5-methylpyrimidin-2-yl)-1-oxidanyl-propane-2-sulfonamide


分子量: 525.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H27N7O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY
配列の詳細Rubredoxin from a Clostridium species is inserted in the cytoplasmic region between helices 5 and 6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100 mM MES pH 6.1, 26% PEG500 DME, 125 mM MgCl2, 100 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→42.93 Å / Num. obs: 13301 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1636

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VBL, 1IRO

5vbl

1iro


解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.755 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.697 / SU Rfree Blow DPI: 0.335 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.344
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 645 4.85 %RANDOM
Rwork0.252 ---
obs0.253 13292 91.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 274.36 Å2 / Biso mean: 129.6 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4425 Å20 Å2-8.1638 Å2
2---6.5 Å20 Å2
3---6.9425 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2686 0 51 1 2738
Biso mean--152.44 51.23 -
残基数----347
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d878SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes39HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes418HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2819HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion368SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3076SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2819HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3859HARMONIC20.83
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.42
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.96
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 108 4.54 %
Rwork0.209 2273 -
all0.21 2381 -
obs--80.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.85950.3694-1.4761.73780.59212.4672-0.0045-0.31830.1050.11950.0486-0.203-0.07510.1427-0.04420.14090.08420.20990.0582-0.0888-0.2064-39.43746.796236.7906
20.48960.5554-0.87931.4281.03611.53810.012-0.0196-0.01670.0081-0.00690.037-0.0158-0.0324-0.00510.24290.05150.16330.0153-0.1007-0.2337-44.1008-16.9781-0.7842
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|31 - A|336 A|1102 - A|1103 }A31 - 336
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|31 - A|336 A|1102 - A|1103 }A1102 - 1103
3X-RAY DIFFRACTION2{ A|1001 - A|1101 }A1001 - 1101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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