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- PDB-7stz: Crystal Structure of Human E-cadherin EC1-5 bound by mouse monocl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7stz
タイトルCrystal Structure of Human E-cadherin EC1-5 bound by mouse monoclonal antibody Fab mAb-1_19A11
要素
  • Cadherin-1
  • mAb-1_19A11 Heavy Chain
  • mAb-1_19A11 Light Chain
キーワードcell adhesion/immune system / SSGCID / Cadherin-1 / cell adhesion / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / cell adhesion-immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to heparin / desmosome assembly / response to Gram-positive bacterium / pituitary gland development / gamma-catenin binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / negative regulation of axon extension / desmosome / cellular response to indole-3-methanol / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules ...response to heparin / desmosome assembly / response to Gram-positive bacterium / pituitary gland development / gamma-catenin binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / negative regulation of axon extension / desmosome / cellular response to indole-3-methanol / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / flotillin complex / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / cell-cell adhesion mediated by cadherin / Formation of definitive endoderm / catenin complex / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / adherens junction organization / GTPase activating protein binding / cell-cell junction assembly / Adherens junctions interactions / ankyrin binding / negative regulation of cell-cell adhesion / apical junction complex / cellular response to lithium ion / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / Integrin cell surface interactions / lateral plasma membrane / RHO GTPases activate IQGAPs / synapse assembly / positive regulation of protein localization / cell adhesion molecule binding / Degradation of the extracellular matrix / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / negative regulation of cell migration / protein tyrosine kinase binding / protein localization to plasma membrane / adherens junction / trans-Golgi network / cell morphogenesis / beta-catenin binding / cell-cell adhesion / cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of protein import into nucleus / response to toxic substance / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / neuron projection development / cell junction / cell migration / lamellipodium / actin cytoskeleton / regulation of gene expression / postsynapse / endosome / cadherin binding / response to xenobiotic stimulus / calcium ion binding / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cadherin prodomain like / Cadherin prodomain / Cadherin prodomain like / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin / Catenin binding domain superfamily / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. ...Cadherin prodomain like / Cadherin prodomain / Cadherin prodomain like / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin / Catenin binding domain superfamily / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / alpha-D-mannopyranose / Cadherin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Pnas Nexus / 年: 2022
タイトル: Regulation of multiple dimeric states of E-cadherin by adhesion activating antibodies revealed through Cryo-EM and X-ray crystallography.
著者: Maker, A. / Bolejack, M. / Schecterson, L. / Hammerson, B. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Staker, B. / Myler, P.J. / Gumbiner, B.M.
履歴
登録2021年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Cadherin-1
H: mAb-1_19A11 Heavy Chain
L: mAb-1_19A11 Light Chain
D: Cadherin-1
I: mAb-1_19A11 Heavy Chain
M: mAb-1_19A11 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,27856
ポリマ－234,1126
非ポリマー5,16750
水9,620534
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.340, 131.620, 201.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain H and (resid 1 through 14 or resid 16...
21(chain I and (resid 1 through 14 or resid 16...
12(chain L and (resid 1 through 10 or resid 12...
22(chain M and (resid 1 through 10 or resid 12...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLNGLNPROPRO(chain H and (resid 1 through 14 or resid 16...HB1 - 1420 - 33
121GLNGLNSERSER(chain H and (resid 1 through 14 or resid 16...HB16 - 3035 - 49
131TYRTYRMETMET(chain H and (resid 1 through 14 or resid 16...HB32 - 5151 - 70
141SERSERTHRTHR(chain H and (resid 1 through 14 or resid 16...HB84 - 87103 - 106
151GLNGLNMETMET(chain H and (resid 1 through 14 or resid 16...HB1 - 8220 - 101
161ASPASPGLYGLY(chain H and (resid 1 through 14 or resid 16...HB89 - 110108 - 129
171GLNGLNEDOEDO(chain H and (resid 1 through 14 or resid 16...HB - FA1 - 30120
181GLNGLNGLNGLN(chain H and (resid 1 through 14 or resid 16...HB137156
191GLNGLNEDOEDO(chain H and (resid 1 through 14 or resid 16...HB - FA1 - 30120
1101GLNGLNEDOEDO(chain H and (resid 1 through 14 or resid 16...HB - FA1 - 30120
1111GLNGLNEDOEDO(chain H and (resid 1 through 14 or resid 16...HB - FA1 - 30120
1121GLNGLNEDOEDO(chain H and (resid 1 through 14 or resid 16...HB - FA1 - 30120
211GLNGLNPROPRO(chain I and (resid 1 through 14 or resid 16...IE1 - 1420 - 33
221GLNGLNSERSER(chain I and (resid 1 through 14 or resid 16...IE16 - 3035 - 49
231TYRTYRMETMET(chain I and (resid 1 through 14 or resid 16...IE32 - 5151 - 70
241GLYGLYTHRTHR(chain I and (resid 1 through 14 or resid 16...IE53 - 5772 - 76
251TYRTYRMETMET(chain I and (resid 1 through 14 or resid 16...IE59 - 8278 - 101
261SERSERTHRTHR(chain I and (resid 1 through 14 or resid 16...IE84 - 87103 - 106
271ASPASPGLYGLY(chain I and (resid 1 through 14 or resid 16...IE89 - 110108 - 129
281GLYGLYVALVAL(chain I and (resid 1 through 14 or resid 16...IE112 - 148131 - 167
291GLYGLYPROPRO(chain I and (resid 1 through 14 or resid 16...IE150 - 193169 - 212
2101ARGARGARGARG(chain I and (resid 1 through 14 or resid 16...IE194213
2111GLNGLNEDOEDO(chain I and (resid 1 through 14 or resid 16...IE - BB1 - 30220
2121GLNGLNEDOEDO(chain I and (resid 1 through 14 or resid 16...IE - BB1 - 30220
2131GLNGLNEDOEDO(chain I and (resid 1 through 14 or resid 16...IE - BB1 - 30220
2141GLNGLNEDOEDO(chain I and (resid 1 through 14 or resid 16...IE - BB1 - 30220
112ASPASPSERSER(chain L and (resid 1 through 10 or resid 12...LC1 - 1021 - 30
122ALAALATYRTYR(chain L and (resid 1 through 10 or resid 12...LC12 - 9832 - 118
132ASPASPHOHHOH(chain L and (resid 1 through 10 or resid 12...LC - GB1 - 30121
142ASPASPHOHHOH(chain L and (resid 1 through 10 or resid 12...LC - GB1 - 30121
152CYSCYSCYSCYS(chain L and (resid 1 through 10 or resid 12...LC220240
162ASPASPHOHHOH(chain L and (resid 1 through 10 or resid 12...LC - GB1 - 30121
172ASPASPHOHHOH(chain L and (resid 1 through 10 or resid 12...LC - GB1 - 30121
182ASPASPHOHHOH(chain L and (resid 1 through 10 or resid 12...LC - GB1 - 30121
192ASPASPHOHHOH(chain L and (resid 1 through 10 or resid 12...LC - GB1 - 30121
212ASPASPSERSER(chain M and (resid 1 through 10 or resid 12...MF1 - 1021 - 30
222ALAALATYRTYR(chain M and (resid 1 through 10 or resid 12...MF12 - 9832 - 118
232THRTHRASPASP(chain M and (resid 1 through 10 or resid 12...MF100 - 1120 - 21
242ASPASPCACA(chain M and (resid 1 through 10 or resid 12...MF - DB1 - 30121
252ASPASPCACA(chain M and (resid 1 through 10 or resid 12...MF - DB1 - 30121
262ASPASPCACA(chain M and (resid 1 through 10 or resid 12...MF - DB1 - 30121
272ASPASPCACA(chain M and (resid 1 through 10 or resid 12...MF - DB1 - 30121
282ASPASPCACA(chain M and (resid 1 through 10 or resid 12...MF - DB1 - 30121

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 CD

#1: タンパク質 Cadherin-1 / CAM 120/80 / Epithelial cadherin / E-cadherin / Uvomorulin


分子量: 64179.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDH1, CDHE, UVO / プラスミド: HosaA.19747.a.LS31 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P12830

-
抗体 , 2種, 4分子 HILM

#2: 抗体 mAb-1_19A11 Heavy Chain


分子量: 26346.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: I6L985 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Igh / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 抗体 mAb-1_19A11 Light Chain


分子量: 26529.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: A0A0C6EL31 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: LC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
糖 , 3種, 16分子

#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: 糖
ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 568分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.12 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: HosaA.19747.a.LS31.PC00180 at 11.5 mg/mL was mixed 2:1 (0.2 uL protein and 0.1 uL precipitant) with 0.1M sodium HEPES pH 7.0 and 15% w/v PEG4000 (ProPlex B11) and stored at 14C. The crystal ...詳細: HosaA.19747.a.LS31.PC00180 at 11.5 mg/mL was mixed 2:1 (0.2 uL protein and 0.1 uL precipitant) with 0.1M sodium HEPES pH 7.0 and 15% w/v PEG4000 (ProPlex B11) and stored at 14C. The crystal was cryoprotected with 15% ethylene glycol. Tray: 321285b11, puck: ygq5-2.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月24日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→49.54 Å / Num. obs: 92265 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.431 % / Biso Wilson estimate: 53.51 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rrim(I) all: 0.127 / Χ2: 0.912 / Net I/σ(I): 14.25 / Num. measured all: 685577 / Scaling rejects: 78
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.95-3.037.4860.6313.267830.8970.678100
3.03-3.117.4880.508466360.9260.546100
3.11-3.27.4810.4134.9264660.9520.44399.9
3.2-3.37.4640.3196.2462490.9720.34399.9
3.3-3.417.4650.267.6460690.980.279100
3.41-3.537.4590.18810.0458540.9880.20299.9
3.53-3.667.4550.16211.5656840.9910.17499.9
3.66-3.817.4580.14113.0754220.9920.152100
3.81-3.987.450.12514.5352610.9930.13499.9
3.98-4.177.4410.10117.4550030.9950.109100
4.17-4.47.4430.08719.4747960.9960.093100
4.4-4.667.4370.07921.5645010.9960.085100
4.66-4.997.4230.07223.2542540.9970.077100
4.99-5.397.4240.07223.1439740.9970.07799.8
5.39-5.97.4150.07722.1236100.9970.082100
5.9-6.67.3870.07522.6233420.9970.0899.9
6.6-7.627.3780.06525.2628930.9970.07100
7.62-9.337.3120.0530.624980.9980.05499.9
9.33-13.197.20.04335.0819200.9980.04699.8
13.19-49.546.4290.04234.7710500.9980.04696.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.20rc3-4406精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6cxy

6cxy


解像度: 2.95→49.54 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2077 1997 2.17 %
Rwork0.1819 90211 -
obs0.1824 92208 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 231.22 Å2 / Biso mean: 80.0732 Å2 / Biso min: 5.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→49.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13767 0 288 534 14589
Biso mean--117.12 49.72 -
残基数----1837
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11H0X-RAY DIFFRACTION10.644TORSIONAL
12I0X-RAY DIFFRACTION10.644TORSIONAL
21L2022X-RAY DIFFRACTION10.644TORSIONAL
22M2022X-RAY DIFFRACTION10.644TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.95-3.020.30571430.28164026545100
3.02-3.110.29261470.235563866533100
3.11-3.20.24651420.21364756617100
3.2-3.30.22631380.211563986536100
3.3-3.420.24951440.218264696613100
3.42-3.550.25181450.183464096554100
3.55-3.720.19891410.176763996540100
3.72-3.910.24371400.179864386578100
3.91-4.160.1791410.164564316572100
4.16-4.480.17951430.144764816624100
4.48-4.930.17331410.141964186559100
4.93-5.640.15081380.155265086646100
5.64-7.10.22041480.199664846632100
7.1-49.540.19141460.18976513665999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.90861.4272-0.26764.7037-1.31432.2106-0.20440.53580.1416-0.46240.2793-0.0125-0.09-0.0503-0.08020.3614-0.01730.07740.45820.06740.395-2.23617.842571.9608
25.21430.486-5.18452.7371-2.53186.7527-0.0190.10581.3990.4869-0.5568-1.222-2.14952.09160.62730.8029-0.22520.05070.57230.08381.016829.499543.989379.1152
38.00132.31684.15630.88311.9195.2004-0.0830.15690.6583-0.2235-0.0280.10990.2408-0.13420.17280.4785-0.02680.14860.35530.16490.735317.202437.365575.5658
47.74171.70995.12926.66730.87379.2929-0.27291.10.6362-0.49720.3515-1.18720.16671.3908-0.14060.61090.13940.26030.61150.01910.847328.172437.556570.9501
56.41914.33010.94644.47682.40722.23050.1612-0.0572-0.03670.1466-0.1098-0.1701-0.01920.0132-0.05360.32180.02890.07670.22710.08990.40340.360614.050294.5466
61.90751.16720.33152.22540.12810.4662-0.02890.00870.3163-0.3985-0.1169-0.2613-0.10520.08550.13350.39560.02860.14710.27450.03290.58999.047429.22287.7863
71.69761.416-0.26284.3725-3.37147.2794-0.25640.09480.8807-0.3334-0.0753-0.6145-0.3957-0.47610.3420.4430.10310.12670.41920.00631.118417.639949.987185.5771
81.97090.00030.05511.97551.10032.7760.0174-0.0618-0.58980.2958-0.12650.12780.2862-0.14140.09620.37190.04660.09260.27730.06960.6119-21.6203-13.515599.9701
9-0.06550.12541.0119-0.2177-0.98621.1409-0.07830.0115-0.09040.7121-0.2761-0.0637-0.72430.58920.2042.15110.0702-0.48171.74450.1470.844712.3697-1.9851172.6646
101.4835-0.1769-0.17943.61182.36893.3247-0.0588-0.2312-0.33270.24870.04570.18380.18350.18010.01820.2485-0.00890.08830.28790.05810.4347-35.0158.7026112.5295
117.1980.7043-1.99859.75532.46867.0475-0.12650.06011.3525-1.0185-0.16421.226-0.9036-1.87890.16230.47070.1032-0.04920.6103-0.10180.9336-64.9736.4748118.1603
123.8391-0.93181.34722.3472-0.65073.63910.0984-0.47430.01710.07390.04780.550.1651-0.5089-0.09250.3036-0.0530.1390.4305-0.02140.5554-58.557427.8968118.4269
137.9961-3.7474-0.93.6178-0.39521.82340.14980.28410.0963-0.2945-0.12840.1225-0.0805-0.0167-0.02050.2879-0.02760.01730.2103-0.02890.335-37.488914.72290.4042
142.0007-0.7274-0.51131.97370.13360.82540.0787-0.18730.2017-0.0198-0.06740.099-0.1142-0.056-0.00540.2682-0.04260.02910.265-0.06470.4484-45.649225.6837102.6141
152.4782-0.1050.20782.33951.30547.8211-0.0674-0.40870.78570.1268-0.04250.0681-0.9043-0.18220.03450.38590.03350.07720.3408-0.11040.8654-53.812844.0789113.0806
162.4897-1.63461.00923.062-1.36512.17460.07830.3935-0.4581-0.27680.00870.21010.01020.0568-0.10550.325-0.00520.03390.3623-0.1230.4913-15.5776-8.255374.3599
171.3343-1.53171.70770.5171-0.82161.226-0.0730.0758-0.4231-0.40680.19730.3113-0.7164-0.8905-0.25811.36090.4017-0.39861.44930.03430.7474-48.246721.223441.2059
180.40680.2890.5030.08960.31560.655-0.2394-0.1767-0.58240.15550.3151-0.25-0.8968-0.5504-0.03872.11131.112-0.70812.036-0.1318-0.0657-70.706338.282-7.6225
190.057-0.1709-0.54631.10362.43286.0266-0.8211-0.61220.35470.64380.2765-0.1174-0.96410.14130.12671.58190.4105-0.34161.5717-0.36130.4565-70.393437.2943-39.4101
208.8614-0.7891-2.73715.6770.31628.6002-0.5445-0.5669-0.24410.2443-0.1541-0.51510.2477-0.02420.55480.31-0.0087-0.06650.37290.06050.4597-65.84221.9654-68.0493
212.0835-0.5813-3.25335.60140.48168.30840.0912-0.0190.3211-0.1278-0.4862-0.7201-0.55950.15990.30880.3517-0.0198-0.05670.47460.02680.633-61.729726.2919-72.6934
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 125 )H1 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 126 through 141 )H126 - 141
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 142 through 189 )H142 - 189
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 190 through 222 )H190 - 222
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 1 through 81 )L1 - 81
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 82 through 134 )L82 - 134
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 135 through 220 )L135 - 220
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 1 through 125 )D1 - 125
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 126 through 437 )D126 - 437
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'I' and (resid 1 through 125 )I1 - 125
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'I' and (resid 126 through 140 )I126 - 140
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'I' and (resid 141 through 220 )I141 - 220
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'M' and (resid 1 through 81 )M1 - 81
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'M' and (resid 82 through 134 )M82 - 134
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'M' and (resid 135 through 220 )M135 - 220
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 1 through 125 )C1 - 125
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 126 through 268 )C126 - 268
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 269 through 390 )C269 - 390
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 391 through 444 )C391 - 444
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 445 through 494 )C445 - 494
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 495 through 540 )C495 - 540

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る