[日本語] English
万見
- PDB-7sta: X-ray Crystal Structure of Truncated Human Chemokine CCL19 (7-70) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sta
タイトルX-ray Crystal Structure of Truncated Human Chemokine CCL19 (7-70)
要素C-C motif chemokine 19
キーワードSIGNALING PROTEIN / CCL19 / Chemokine
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of dendritic cell dendrite assembly / myeloid dendritic cell chemotaxis / CCR7 chemokine receptor binding / CCR10 chemokine receptor binding / mature conventional dendritic cell differentiation / positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / positive regulation of glycoprotein biosynthetic process / establishment of T cell polarity / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / chemokine receptor binding ...positive regulation of dendritic cell dendrite assembly / myeloid dendritic cell chemotaxis / CCR7 chemokine receptor binding / CCR10 chemokine receptor binding / mature conventional dendritic cell differentiation / positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / positive regulation of glycoprotein biosynthetic process / establishment of T cell polarity / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / chemokine receptor binding / regulation of cell projection assembly / immunological synapse formation / CCR chemokine receptor binding / cell communication / positive regulation of chemotaxis / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / positive regulation of neutrophil chemotaxis / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / dendritic cell chemotaxis / positive regulation of cell motility / response to nitric oxide / Interleukin-10 signaling / positive regulation of JUN kinase activity / positive regulation of protein kinase activity / positive regulation of endocytosis / cell maturation / response to prostaglandin E / T cell costimulation / release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of GTPase activity / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to virus / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / response to virus / intracellular calcium ion homeostasis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of tumor necrosis factor production / G alpha (i) signalling events / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / immune response / positive regulation of cell migration / inflammatory response / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chemokine CC, DCCL motif-cointaining domain / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 19
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lewandowski, E.M. / Kroeck, K. / Chen, Y.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM097381 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)OD20000 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Structural Insights into Molecular Recognition by Human Chemokine CCL19.
著者: Lewandowski, E.M. / Kroeck, K.G. / Jacobs, L.M.C. / Fenske, T.G. / Witt, R.N. / Hintz, A.M. / Ramsden, E.R. / Zhang, X. / Peterson, F. / Volkman, B.F. / Veldkamp, C.T. / Chen, Y.
履歴
登録2021年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: C-C motif chemokine 19
B: C-C motif chemokine 19
C: C-C motif chemokine 19
D: C-C motif chemokine 19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3954
ポリマ－29,3954
非ポリマー00
水181
1
A: C-C motif chemokine 19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3491
ポリマ－7,3491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: C-C motif chemokine 19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3491
ポリマ－7,3491
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: C-C motif chemokine 19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3491
ポリマ－7,3491
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: C-C motif chemokine 19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3491
ポリマ－7,3491
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.940, 148.180, 29.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.070, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
C-C motif chemokine 19 / Beta-chemokine exodus-3 / CK beta-11 / Epstein-Barr virus-induced molecule 1 ligand chemokine / ...Beta-chemokine exodus-3 / CK beta-11 / Epstein-Barr virus-induced molecule 1 ligand chemokine / EBI1 ligand chemokine / ELC / Macrophage inflammatory protein 3 beta / MIP-3-beta / Small-inducible cytokine A19


分子量: 7348.646 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL19, ELC, MIP3B, SCYA19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99731
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.94 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M Sodium Nitrate, final pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.02 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.02 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.39 Å / Num. obs: 8480 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 4601 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2MP1

2mp1


解像度: 2.5→37.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 33.091 / SU ML: 0.328 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.337 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2626 388 4.6 %RANDOM
Rwork0.2335 ---
obs0.2351 8065 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 122.61 Å2 / Biso mean: 54.145 Å2 / Biso min: 29.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å20.3 Å2
2---1.52 Å20 Å2
3---1.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→37.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2013 0 0 1 2014
Biso mean---36.84 -
残基数----250
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132119
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172069
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7031.672895
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2181.5774765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.065254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.9417.742124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.39515361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.1141532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022354
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02494
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 28 -
Rwork0.293 621 -
all-649 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.36491.4489-0.73385.7520.83832.24260.21540.0051-0.1633-0.1971-0.1320.4164-0.50230.0318-0.08330.3678-0.0083-0.02670.1980.03680.077814.3837.6816.174
25.35534.3604-2.10294.8215-1.13054.28390.12520.0596-0.7192-0.0193-0.0830.1379-0.4254-0.0151-0.04220.1107-0.0095-0.16020.15940.00550.94335.48419.41519.389
32.09520.35360.2134.6639-0.87627.0506-0.1204-0.0090.41180.3331-0.12720.1730.1676-0.03830.24770.15750.0389-0.01210.25320.0150.40991.6690.6180.105
45.1901-0.12430.73443.8826-3.82155.4986-0.06070.04340.53880.1092-0.1669-0.06130.84980.02030.22760.94470.01780.15270.14130.01280.09014.906-17.5849.011
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 70
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 68
3X-RAY DIFFRACTION3C7 - 70
4X-RAY DIFFRACTION4D8 - 68

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る