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万見
- PDB-7ssm: Crystal structure of human STING R232 in complex with compound 11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ssm
タイトルCrystal structure of human STING R232 in complex with compound 11
要素Stimulator of interferon genes protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / reticulophagy / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / activation of innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / cytoplasmic vesicle ...2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / reticulophagy / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / activation of innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / cytoplasmic vesicle / defense response to virus / mitochondrial outer membrane / Golgi membrane / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / Transmembrane protein 173
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B7L / Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Sack, J.S. / Critton, D.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Non-Nucleotide Small-Molecule STING Agonists via Chemotype Hybridization.
著者: Cherney, E.C. / Zhang, L. / Lo, J. / Huynh, T. / Wei, D. / Ahuja, V. / Quesnelle, C. / Schieven, G.L. / Futran, A. / Locke, G.A. / Lin, Z. / Monereau, L. / Chaudhry, C. / Blum, J. / Li, S. / ...著者: Cherney, E.C. / Zhang, L. / Lo, J. / Huynh, T. / Wei, D. / Ahuja, V. / Quesnelle, C. / Schieven, G.L. / Futran, A. / Locke, G.A. / Lin, Z. / Monereau, L. / Chaudhry, C. / Blum, J. / Li, S. / Fereshteh, M. / Li-Wang, B. / Gangwar, S. / Pan, C. / Chong, C. / Zhu, X. / Posy, S.L. / Sack, J.S. / Zhang, P. / Ruzanov, M. / Harner, M. / Akhtar, F. / Schroeder, G.M. / Vite, G. / Fink, B.
履歴
登録2021年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3902
ポリマ－24,0541
非ポリマー3361
水68538
1
A: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子

A: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7804
ポリマ－48,1082
非ポリマー6732
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area14170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.080, 110.080, 36.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Stimulator of interferon genes protein / Transmembrane protein 173


分子量: 24053.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STING, LOC340061, hCG_1782396 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R3XZB7
#2: 化合物 ChemComp-B7L / 2-({[(8R)-pyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carbonyl]amino}methyl)-1-benzofuran-7-carboxylic acid


分子量: 336.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H12N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.2 M Na/K tartrate, 0.1 M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→77.84 Å / Num. obs: 13213 / % possible obs: 80.4 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 39.75 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.96→2.12 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 1.709 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. measured all: 1303 / Num. unique obs: 109 / CC1/2: 0.717 / Rpim(I) all: 0.408 / Rrim(I) all: 1.456 / Net I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 19.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F5Y

4f5y


解像度: 1.96→49.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU R Cruickshank DPI: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.187 / SU Rfree Blow DPI: 0.17 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.169
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 673 5.09 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.209 13213 79.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 112.5 Å2 / Biso mean: 43.78 Å2 / Biso min: 23.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2708 Å20 Å20 Å2
2---0.2708 Å20 Å2
3---0.5416 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.96→49.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1293 0 25 38 1356
Biso mean--34.56 47.24 -
残基数----169
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d446SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes267HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1361HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion177SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1530SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1361HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1864HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.11
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.81
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.1 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1833 19 4.74 %
Rwork0.2218 382 -
all0.22 401 -
obs--13.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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