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万見
- PDB-7sr2: Crystal structure of the human SNX25 regulator of G-protein signa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sr2
タイトルCrystal structure of the human SNX25 regulator of G-protein signalling (RGS) domain
要素Sorting nexin-25
キーワードSIGNALING PROTEIN / endosome (エンドソーム) / sorting nexin / SNX / RGS / SNX25 / lipid droplet
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / membrane => GO:0016020 / intracellular membrane-bounded organelle
類似検索 - 分子機能
Sorting nexin-25 / SNX25, PX domain / Phox-associated domain / Sorting nexin, C-terminal / PXA domain / Sorting nexin C terminal / PXA domain profile. / Domain associated with PX domains / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / Regulator of G protein signaling domain ...Sorting nexin-25 / SNX25, PX domain / Phox-associated domain / Sorting nexin, C-terminal / PXA domain / Sorting nexin C terminal / PXA domain profile. / Domain associated with PX domains / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / ロイシン / Sorting nexin-25
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Collins, B.M. / Paul, B. / Weeratunga, S.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP200102551 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1136021 オーストラリア
引用ジャーナル: Front Cell Dev Biol / 年: 2022
タイトル: Structural Predictions of the SNX-RGS Proteins Suggest They Belong to a New Class of Lipid Transfer Proteins.
著者: Paul, B. / Weeratunga, S. / Tillu, V.A. / Hariri, H. / Henne, W.M. / Collins, B.M.
履歴
登録2021年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-25
B: Sorting nexin-25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1345
ポリマ－29,8782
非ポリマー2563
水54030
1
A: Sorting nexin-25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0042
ポリマ－14,9391
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sorting nexin-25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1293
ポリマ－14,9391
非ポリマー1902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.035, 75.864, 51.109
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.270, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Sorting nexin-25 /


分子量: 14938.986 Da / 分子数: 2 / 変異: C526A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A494C0S0
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-LEU / LEUCINE / ロイシン / ロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18% PEG 8000, 0.1 M calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95364 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95364 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→48.25 Å / Num. obs: 11882 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 43.54 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.42→2.52 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 7264 / CC1/2: 0.631 / Rpim(I) all: 0.41

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20rc3_4406精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7SR1

7sr1


解像度: 2.42→41.57 Å / SU ML: 0.371 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.7525
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 1186 10 %
Rwork0.2108 10674 -
obs0.2144 11860 97.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→41.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1983 0 13 30 2026
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072037
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90362736
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0583287
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058348
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.8216257
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.42-2.530.37441350.32791216X-RAY DIFFRACTION90.61
2.53-2.670.3071470.26641330X-RAY DIFFRACTION98.27
2.67-2.830.28241500.24381340X-RAY DIFFRACTION98.48
2.83-3.050.27931490.23891344X-RAY DIFFRACTION98.42
3.05-3.360.24981500.20111347X-RAY DIFFRACTION98.55
3.36-3.840.25591490.18961348X-RAY DIFFRACTION99.07
3.85-4.840.20871510.17961360X-RAY DIFFRACTION98.95
4.84-41.570.21831550.20621389X-RAY DIFFRACTION99.29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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