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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7spm | ||||||
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タイトル | Replication Initiator Protein REPE54 and cognate DNA sequence with terminal three prime phosphates chemically crosslinked (30 mg/mL EDC, 12 hours, 2 doses). | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / Replication Initiator RepE Complex Co-Crystal / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ward, A.R. / Snow, C.D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Stabilizing DNA-Protein Co-Crystals via Intra-Crystal Chemical Ligation of the DNA 著者: Orun, A.R. / Dmytriw, S. / Vajapayajula, A. / Snow, C.D. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012 タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. 著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019 タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix. 著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams / ![]() ![]() ![]() 要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 190.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 123 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6696.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() ![]() |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 6816.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 30749.053 Da / 分子数: 1 / Mutation: R118P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: repE, RepE, repE_1, repE_2, A9P13_27925, ACN81_13795, AKG29_00005, AM270_25025, AM446_00510, AM465_27515, APX88_12585, B9N33_25510, BANRA_05159, BANRA_05459, BANRA_05682, BANRA_05685, ...遺伝子: repE, RepE, repE_1, repE_2, A9P13_27925, ACN81_13795, AKG29_00005, AM270_25025, AM446_00510, AM465_27515, APX88_12585, B9N33_25510, BANRA_05159, BANRA_05459, BANRA_05682, BANRA_05685, BE930_02070, BE963_00170, BFD68_26000, BIU72_26315, BK334_12915, BON69_00085, BON86_02490, BTQ06_15345, BvCmsKSNP073_00547, BvCmsKSNP081_03109, C5F73_28740, C6669_28055, CCZ17_26065, CDL37_25390, CUB99_27055, D0X26_27580, D2188_23935, D6C57_20535, D6T60_26250, D9G11_25395, D9J60_24770, DL545_01395, DLU82_26460, DM102_26130, DMZ50_25125, DN808_25760, DNQ45_17165, DP277_27365, E0L04_25075, E4K51_24545, E5P24_21725, E5S56_18100, EA191_27055, EA214_24280, EA233_23655, EA834_24495, EC3234A_223c00190, ECTO124_05352, EGT48_00285, EIZ93_24320, EJC75_00275, ELT22_23490, ELT31_24090, ELT31_26285, ELT33_22145, ELU82_24155, ELU85_22525, ELV00_24275, ELV13_22345, ELV22_21715, ELV22_26415, ELV24_23180, ELV24_26400, ELX56_23450, ELX56_26570, ELX68_22815, ELX68_25985, ELX70_23725, ELX70_27680, ELX79_25360, ELX79_27900, ELX83_21670, ELX83_26905, ELY23_22635, ELY23_25820, ELY24_18745, ELY24_28685, ELY48_20420, ELY48_27905, ELY50_22820, ELY50_26360, EPS70_23590, EQ823_22980, EQ830_17775, ERS085362_04815, ERS150873_04643, EVY14_01415, ExPECSC065_01123, F0L67_01685, F7O57_26240, FAF34_003215, FKO60_21690, FVA71_27640, G3565_27065, G4276_24945, G4280_26215, G5603_23890, G5632_20220, G5697_22865, G5V60_25015, GE057_22565, GE087_25865, GE096_23180, GE400_25540, GE558_24730, GKE29_21080, GKE58_20235, GKE60_20510, GKE79_19945, GKE87_19350, GQY14_24020, GRC73_23425, HGR17_18615, HGR87_25030, HGR88_23710, HGS97_17250, HH117_25695, HH456_004544, HH814_004957, HIO03_005020, HIZ44_004944, HJ359_004520, HJI79_004024, HJL93_004672, HJM89_004053, HJT66_004466, HKA14_004545, HL186_24195, HLI97_004832, HMT01_25475, HMT08_23785, HNV94_24925, HNX16_24825, HNX34_21985, HPE39_26560, HR075_24855, HV055_25390, HV303_25935, HVW09_26465, HVW60_23575, HVW98_24555, HVX24_22925, HVX51_24935, HVY93_24645, HVZ71_26895, IB283_25495, IPF_37, pCTXM15_EC8_00107, RCS105_pI0165, RCS57_p0140, RCS59_P0063, SAMEA4370330_00165, SAMEA4370365_00054, SY51_26335, WP4S17E03_P11650, WP4S18E08_P10410, YDC107_5106 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.8 % |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 70 mM MgCl2, 5% PEG 400, and 220 mM Tris HCl pH 8.0. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2021年4月16日 |
放射 | モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 3.28→36.91 Å / Num. obs: 8468 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 94.48 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.14 / Χ2: 0.5 / Net I/σ(I): 5.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.28→3.54 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.691 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1724 / CC1/2: 0.93 / Rpim(I) all: 0.42 / Rrim(I) all: 0.811 / Χ2: 0.55 / % possible all: 99.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 7rva 解像度: 3.28→36.91 Å / SU ML: 0.4781 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.8467 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 130.22 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.28→36.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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