PDB-7sow: LaM domain of human LARP1 in complex with UUUUUU

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7sow

タイトル

LaM domain of human LARP1 in complex with UUUUUU

要素

Isoform 2 of La-related protein 1
RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

キーワード

RNA BINDING PROTEIN/RNA / Winged helix fold / RNA binding domain / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

機能・相同性

RNA / Isoform 2 of La-related protein 1

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Kozlov, G. / Gehring, K.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of 3'-end RNA recognition by LARP1
著者: Kozlov, G. / Jiang, J. / Mattijssen, S. / Gaidamakov, S. / Nyandwi, S. / Maraia, R. / Gehring, K.

履歴

登録	2021年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7sow.cif.gz	72.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7sow.ent.gz	42.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7sow.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/7sow ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/7sow	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7sooS 7sop 7soq 7sor 7sos 7sot 7sou 7sov S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Isoform 2 of La-related protein 1

B: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

ヘテロ分子

13.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.804, 46.885, 57.904
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Isoform 2 of La-related protein 1 / La ribonucleoprotein domain family member 1 分子量: 11806.507 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 323-410 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LARP1, KIAA0731, LARP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PKG0-3
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPU)-3') 分子量: 1792.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9686 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 24922 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 15.26 Å² / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 24.7
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / Num. unique obs: 2179 / R_sym value: 0.431

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC		データ収集
PHENIX	1.19_4092	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7SOO

7soo

解像度: 1.3→36.44 Å / SU ML: 0.1337 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.73
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1921	1283	5.15 %
R_work	0.1824	23639	-
obs	0.1829	24922	98.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→36.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	789	69	16	66	940

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0139	906
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4858	1236
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1093	142
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0118	147
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.5438	154

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.35	0.3371	126	0.3044	2323	X-RAY DIFFRACTION	89.51
1.35-1.42	0.25	136	0.2167	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.42-1.49	0.2081	123	0.1913	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.49-1.58	0.2114	158	0.1966	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.71	0.2114	144	0.1731	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.71-1.88	0.1705	121	0.1689	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.88-2.15	0.1846	166	0.1642	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.15-2.71	0.2159	160	0.1788	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.71-36.44	0.1679	149	0.1826	2827	X-RAY DIFFRACTION	99.73

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.32442111301	-0.922957256804	0.840390094448	1.95624456198	-0.370812771027	2.66357635987	0.081640052668	-0.0720422557639	-0.412721440369	0.240740486031	0.0277319425945	0.281800729176	0.115904224302	-0.0987559596248	-0.0544634318574	0.125472983011	-0.00913138194388	-0.00187433468889	0.148224378705	0.00168705074488	0.156113167323	5.79931713665	13.5911660712	33.9418312364
2	0.831124037276	-0.377524166819	-1.47789539181	5.1048503239	-0.911287593427	3.5330818776	0.088784706299	-0.153709727209	0.178810608257	0.422420385203	-0.22215627855	-0.359075434659	-0.499204233399	0.347498813155	0.0499754524798	0.21674227195	-0.0390244210844	-0.031302131843	0.148489473104	0.0136132251808	0.170133246179	7.71714528647	30.1339903706	23.8348132267
3	3.46571152383	0.865081466597	-0.551873070928	2.59455339369	-1.02278934661	2.08151409557	0.100869301645	0.221075669763	0.239879655183	-0.204052635653	-0.0600637531996	0.220570329581	-0.0186668969287	0.116355993407	-0.0413005625491	0.174663201138	0.0106343232203	-0.0217930334512	0.132204225256	0.0279790424142	0.164726560227	2.14117797682	27.5875753972	16.3026583543
4	1.03438394584	-0.275897426996	0.769293232565	0.979599648824	-0.521245391258	0.680689704386	0.0610605151935	-0.0560434765763	0.0310850877753	0.0173783166317	-0.0759071610732	-0.0118563178038	0.00203924889359	0.0913457779702	0.0154970687738	0.116992632744	-0.00394963859839	0.00289680543535	0.144453175136	0.0104275669322	0.125810295138	5.7536366205	13.5192189177	22.846588842
5	5.15706051665	-0.0434241387113	0.725041037745	3.49338118016	-0.92434120041	4.95861235971	0.187627468472	0.035087690879	0.29191069491	-0.165930684844	0.0628623687512	0.323029326513	0.0927021361026	-0.211200011358	-0.317757802381	0.113951094604	0.00339024250167	-0.00616087910512	0.148019831839	0.0159191191819	0.153525050667	-1.66937379963	14.1246383847	30.4842033844
6	2.68335077113	0.974296143725	-0.121459823111	1.62440511765	0.200542339427	2.24726318805	0.209326285182	-0.251642686095	-0.0059542864043	0.247211206866	-0.0967719258258	0.327171723433	-0.0874589892861	-0.222327579343	-0.0814480953324	0.173546436323	4.06677257021E-5	0.0338457826025	0.138621959811	0.00727890563509	0.189671251106	-4.52564282017	24.0564409131	27.1446039156
7	2.44501628492	-0.0286699165595	-1.14938798182	1.97954668532	-1.0031913695	5.77182540853	0.145845341125	0.0274840173748	0.0614855317782	0.245890452103	-0.0463376397065	0.35568890105	-0.224118879034	-0.2439404537	-0.238891534432	0.237919292766	0.0136116674801	0.0253787394724	0.138204886334	0.0197966960258	0.210931807526	-0.761477540794	33.4043942541	19.6034658147
8	8.30058001728	1.2126655045	1.075326527	6.3050533509	-2.56446790487	1.35053832855	-0.0106469711593	0.571040476058	-0.0286432931629	-0.766978465245	-0.318038420393	-0.448814380672	0.0897625764905	0.665553973889	0.157790520078	0.23424736797	0.0398406495347	0.0316460734104	0.276580822762	0.061698736434	0.207382436517	12.8394809389	19.880794921	17.0918042133

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 317 through 337 )	A	A	317 - 337	2 - 22
2	2	chain 'A' and (resid 338 through 343 )	A	A	338 - 343	23 - 28
3	3	chain 'A' and (resid 344 through 360 )	A	A	344 - 360	29 - 45
4	4	chain 'A' and (resid 361 through 376 )	A	A	361 - 376	46 - 61
5	5	chain 'A' and (resid 377 through 385 )	A	A	377 - 385	62 - 70
6	6	chain 'A' and (resid 386 through 399 )	A	A	386 - 399	71 - 84
7	7	chain 'A' and (resid 400 through 410 )	A	A	400 - 410	85 - 95
8	8	chain 'B' and (resid -4 through -1 )	B	B	-4 - -1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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