PDB-7snc: Pacifastin related protease inhibitors

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7snc

タイトル

Pacifastin related protease inhibitors

要素

Protease inhibitor

キーワード

TOXIN / CDP / Pacifastin / protease inhibitor

機能・相同性

Protease inhibitor with pacifastin repeats / Pacifastin domain / Pacifastin domain superfamily / Pacifastin inhibitor (LCMII) / Pacifastin domain profile. / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region / Protease inhibitor

機能・相同性情報

生物種

Schistocerca gregaria (昆虫)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Gewe, M.M. / Strong, R.K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2022
タイトル: Ex silico engineering of cystine-dense peptides yielding a potent bispecific T cell engager.
著者: Crook, Z.R. / Girard, E.J. / Sevilla, G.P. / Brusniak, M.Y. / Rupert, P.B. / Friend, D.J. / Gewe, M.M. / Clarke, M. / Lin, I. / Ruff, R. / Pakiam, F. / Phi, T.D. / Bandaranayake, A. / ...

履歴

登録	2021年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7snc.cif.gz	20.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7snc.ent.gz	11 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7snc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7snc_validation.pdf.gz	390.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7snc_full_validation.pdf.gz	390.6 KB	表示
XML形式データ	7snc_validation.xml.gz	2.6 KB	表示
CIF形式データ	7snc_validation.cif.gz	3.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/7snc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/7snc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7saoC 7sapC 7sgqC 7sjqC 7sltC 7sndC 1gl1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protease inhibitor

3.88 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.761, 80.885, 28.324
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質・ペプチド	Protease inhibitor 分子量: 3879.375 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Schistocerca gregaria (昆虫) / 遺伝子: pp-4a / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q4GZT5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M di-Sodium tartrate, 20 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 2269 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.039 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.043 / Χ²: 1.237 / Net I/σ(I): 19.7 / Num. measured all: 14904

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.1-2.14	5.1	0.078	102	0.993	0.04	0.088	1.374	92.7
2.14-2.18	6.2	0.075	116	0.994	0.033	0.082	1.211	98.3
2.18-2.22	6.6	0.073	114	0.998	0.03	0.079	1.211	100
2.22-2.26	6.8	0.074	104	0.997	0.03	0.08	1.389	100
2.26-2.31	6.8	0.066	107	0.997	0.028	0.072	1.265	100
2.31-2.37	6.8	0.065	118	0.994	0.027	0.071	1.246	100
2.37-2.42	6.8	0.061	104	0.998	0.024	0.066	1.412	100
2.42-2.49	6.7	0.062	108	0.996	0.026	0.067	1.109	100
2.49-2.56	6.9	0.055	114	0.998	0.022	0.059	1.28	100
2.56-2.65	6.7	0.052	114	0.997	0.021	0.056	1.115	100
2.65-2.74	6.8	0.047	110	0.999	0.019	0.051	1.296	100
2.74-2.85	6.8	0.045	118	0.998	0.019	0.049	1.296	100
2.85-2.98	6.8	0.042	105	0.998	0.017	0.045	1.296	100
2.98-3.14	6.7	0.039	113	0.997	0.017	0.043	1.194	100
3.14-3.33	6.8	0.036	112	0.999	0.015	0.039	1.115	100
3.33-3.59	6.8	0.034	122	0.999	0.014	0.037	1.115	100
3.59-3.95	6.6	0.033	116	0.999	0.014	0.036	1.207	100
3.95-4.52	6.6	0.031	114	0.994	0.014	0.034	1.037	100
4.52-5.7	6.4	0.029	125	0.999	0.012	0.031	1.197	100
5.7-40	5.6	0.033	133	0.999	0.015	0.036	1.457	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1GL1

1gl1

解像度: 2.5→23.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 12.403 / SU ML: 0.262 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.649 / ESU R Free: 0.323 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2754	53	3.9 %	RANDOM
R_work	0.2092	-	-	-
obs	0.2119	1307	99.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 57.44 Å² / B_iso mean: 22.268 Å² / B_iso min: 7.72 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→23.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	264	0	0	16	280
B_iso mean	-	-	-	19.4	-
残基数	-	-	-	-	38

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	271
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	226
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.813	1.687	367
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.331	1.579	528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.663	5	37
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	22.179	16.154	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.478	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.357	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	321
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	63

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	1.433	5	-
R_work	0.337	100	-
all	-	105	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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