PDB-7skl: Complex between S. aureus aureolysin and IMPI mutant I57I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7skl

タイトル

Complex between S. aureus aureolysin and IMPI mutant I57I

要素

(IMPI alpha) x 2
Zinc metalloproteinase aureolysin

キーワード

HYDROLASE / Metallopeptidase / inhibitor complex / point mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

aureolysin / metalloendopeptidase inhibitor activity / anatomical structure morphogenesis / extracellular matrix organization / wound healing / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

Galleria mellonella (ハチノスツヅリガ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Mendes, S.R. / Eckhard, U. / Rodriguez-Banqueri, A. / Guevara, T. / Gomis-Ruth, F.X.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2022
タイトル: An engineered protein-based submicromolar competitive inhibitor of the Staphylococcus aureus virulence factor aureolysin
著者: Mendes, S.R. / Eckhard, U. / Rodriguez-Banqueri, A. / Guevara, T. / Czermak, P. / Marcos, E. / Vilcinskas, A.

履歴

登録	2021年10月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7skl.cif.gz	269.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7skl.ent.gz	206.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7skl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7skl_validation.pdf.gz	4.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7skl_full_validation.pdf.gz	4.8 MB	表示
XML形式データ	7skl_validation.xml.gz	33.5 KB	表示
CIF形式データ	7skl_validation.cif.gz	49.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/7skl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/7skl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7skmC 1bqbS 3ssbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7skm-1 7skm-2 1iwi-d 2gr6-2 6hql-d 6xhb-d 2cpp-d 1vi1-1 4hjh-2 7skl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Zinc metalloproteinase aureolysin

B: IMPI alpha

E: IMPI alpha

C: Zinc metalloproteinase aureolysin

D: IMPI alpha

F: IMPI alpha

ヘテロ分子

83.4 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Zinc metalloproteinase aureolysin

B: IMPI alpha

E: IMPI alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: homology
41.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Zinc metalloproteinase aureolysin

D: IMPI alpha

F: IMPI alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.080, 68.080, 166.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質	Zinc metalloproteinase aureolysin / Staphylococcus aureus neutral proteinase 分子量: 33336.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: aur / 発現宿主: unidentified (未定義) / 参照: UniProt: P81177, aureolysin

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 BDEF

#2: タンパク質・ペプチド	IMPI alpha 分子量: 4286.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Galleria mellonella (ハチノスツヅリガ) 遺伝子: IMPI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P82176
#3: タンパク質・ペプチド	IMPI alpha 分子量: 3718.315 Da / 分子数: 2 / Mutation: I57F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Galleria mellonella (ハチノスツヅリガ) 遺伝子: IMPI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P82176

-
非ポリマー , 4種, 572分子

#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 559 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Best crystals of aureolysin in complex with IMPI mutant I57F were obtained at 20 dgrees with protein solutions consisting of 5 mg/mL of aureolysin and 2.9 mg/mL of IMPI (peptidase:inhibitor ...詳細: Best crystals of aureolysin in complex with IMPI mutant I57F were obtained at 20 dgrees with protein solutions consisting of 5 mg/mL of aureolysin and 2.9 mg/mL of IMPI (peptidase:inhibitor molar ratio of 1:2.5) in 50 mM Tris-HCl, 150 mM sodium chloride, 1.6 mM calcium chloride, 8.3 microM zinc chloride, pH 8.0, which was mixed with reservoir solution comprising 0.1 M Bis-Tris, 25% (w/v) PEG 3350, pH 5.5. PH範囲: 5.5

結晶

マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.35 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Best crystals of aureolysin in complex with IMPI mutant I57F were obtained at 20 dgrees with protein solutions consisting of 5 mg/mL of aureolysin and 2.9 mg/mL of IMPI (peptidase:inhibitor ...
PH範囲: 5.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALBA

/ ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.464
pseudo-merohedral	2	2	-K, -H, -L	2	0.536

反射

解像度: 1.6→68.1 Å / Num. obs: 99152 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 34.4 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_pim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 14.2

反射シェル

解像度: 1.6→1.7 Å / R_merge(I) obs: 1.069 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 16384 / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.618 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SSB, 1BQB

3ssb

1bqb

解像度: 1.6→68.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / SU B: 2.656 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.016 / ESU R Free: 0.016 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1878	681	0.687 %
R_work	0.1579	98470	-
all	0.158	-	-
obs	-	99151	99.706 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.642 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.816 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	10.816 Å²	0 Å²
3-	-	-	-21.633 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→68.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5715	0	28	559	6302

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	5907
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.757	1.642	7939
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.56	5	730
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.058	25.277	343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.787	15	922
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.014	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.15	0.2	744
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4672
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.175	0.2	2744
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.284	0.2	3943
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.095	0.2	368
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.169	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.071	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.781	2.883	2947
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.486	4.321	3655
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.052	3.071	2960
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.845	4.535	4283
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.481	40.203	8950

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.642	0.255	47	0.253	7160	X-RAY DIFFRACTION	98.7801
1.642-1.687	0.351	47	0.22	7125	X-RAY DIFFRACTION	99.9164
1.687-1.735	0.287	47	0.209	6925	X-RAY DIFFRACTION	99.9283
1.735-1.789	0.264	49	0.21	6714	X-RAY DIFFRACTION	99.9261
1.789-1.847	0.226	62	0.207	6488	X-RAY DIFFRACTION	100
1.847-1.912	0.24	60	0.188	6229	X-RAY DIFFRACTION	99.9682
1.912-1.984	0.226	34	0.172	6127	X-RAY DIFFRACTION	99.9838
1.984-2.065	0.192	35	0.171	5845	X-RAY DIFFRACTION	99.966
2.065-2.157	0.204	47	0.169	5580	X-RAY DIFFRACTION	99.8935
2.157-2.262	0.189	32	0.177	5355	X-RAY DIFFRACTION	99.6301
2.262-2.384	0.337	28	0.178	5079	X-RAY DIFFRACTION	99.7851
2.384-2.529	0.196	26	0.182	4891	X-RAY DIFFRACTION	99.8984
2.529-2.703	0.15	36	0.171	4450	X-RAY DIFFRACTION	99.6003
2.703-2.919	0.162	34	0.165	4242	X-RAY DIFFRACTION	99.5113
2.919-3.198	0.226	25	0.151	3844	X-RAY DIFFRACTION	99.4857
3.198-3.574	0.139	13	0.133	3533	X-RAY DIFFRACTION	99.6347
3.574-4.125	0.121	24	0.115	3087	X-RAY DIFFRACTION	99.2345
4.125-5.047	0.157	15	0.123	2616	X-RAY DIFFRACTION	99.1708
5.047-7.119	0.122	9	0.158	2038	X-RAY DIFFRACTION	99.3207
7.119-68.08	0.218	11	0.141	1142	X-RAY DIFFRACTION	99.3109

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0764	0.0334	-0.0511	0.0256	0	0.1215	0.0032	0.0014	-0.0082	0.0032	-0.0021	0.0036	-0.001	0.011	-0.0012	0.001	-0.0001	0.0038	0.009	-0.0035	0.0398	30.5824	-9.7607	-16.3589
2	0.1755	0.0985	0.0773	0.0869	0.0094	0.0709	0.0045	-0.0186	0.016	-0.0042	-0.0079	0.0089	0.0103	-0.0108	0.0034	0.0021	0.0002	-0.0024	0.0186	-0.0119	0.0364	10.1165	-15.9508	-30.7375
3	0.045	-0.042	-0.021	0.0513	-0.0294	0.2246	0.0009	0.0017	-0.0037	-0.0033	0.0002	0.0084	0.0206	-0.0077	-0.0012	0.0072	-0.0034	0.0015	0.0093	-0.0035	0.032	2.431	-42.793	-24.3753
4	0.3958	-0.184	0.0971	0.0949	-0.0649	0.0816	-0.0114	0.021	0.0219	-0.0017	-0.0052	-0.0204	0.002	-0.0061	0.0166	0.0189	-0.0049	0.0035	0.0044	0.0025	0.0371	22.9952	-50.4506	-10.9684

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	209 - 509
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	20 - 56
3	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	E	57 - 86
4	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	209 - 509
5	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	20 - 56
6	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	F	57 - 84

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関連情報:EMDBヘッダ

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