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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7skg | ||||||
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タイトル | Myocilin OLF mutant V329M | ||||||
要素 | Myocilin, C-terminal fragment | ||||||
キーワード | CELL ADHESION / olfactomedin / beta-propeller | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 skeletal muscle hypertrophy / clustering of voltage-gated sodium channels / myosin light chain binding / non-canonical Wnt signaling pathway / myelination in peripheral nervous system / node of Ranvier / frizzled binding / negative regulation of stress fiber assembly / negative regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of cell-matrix adhesion ...skeletal muscle hypertrophy / clustering of voltage-gated sodium channels / myosin light chain binding / non-canonical Wnt signaling pathway / myelination in peripheral nervous system / node of Ranvier / frizzled binding / negative regulation of stress fiber assembly / negative regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of mitochondrial depolarization / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / positive regulation of focal adhesion assembly / regulation of MAPK cascade / fibronectin binding / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / rough endoplasmic reticulum / positive regulation of stress fiber assembly / bone development / positive regulation of JNK cascade / cilium / mitochondrial intermembrane space / receptor tyrosine kinase binding / osteoblast differentiation / neuron projection development / cytoplasmic vesicle / collagen-containing extracellular matrix / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / Golgi apparatus / signal transduction / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å | ||||||
データ登録者 | Scelsi, H.S. / Barlow, B.M. / Lieberman, R.L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Dis Model Mech / 年: 2023 タイトル: Quantitative differentiation of benign and misfolded glaucoma-causing myocilin variants on the basis of protein thermal stability. 著者: Scelsi, H.F. / Hill, K.R. / Barlow, B.M. / Martin, M.D. / Lieberman, R.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7skg.cif.gz | 92.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7skg.ent.gz | 53.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7skg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7skg_validation.pdf.gz | 431.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7skg_full_validation.pdf.gz | 431 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7skg_validation.xml.gz | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7skg_validation.cif.gz | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/7skg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/7skg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7sibC 7sijC 7sjtC 7sjuC 7sjvC 7sjwC 7skdC 7skeC 7skfC 7t8dC 6pkeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31229.047 Da / 分子数: 1 / 断片: Olfactomedin Domain / 変異: V329M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYOC, GLC1A, TIGR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99972 | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.2 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 10% PEG 8000, 0.05M magnesium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月28日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.33→35.69 Å / Num. obs: 56446 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 9.64 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08655 / Rpim(I) all: 0.03877 / Rrim(I) all: 0.09507 / Net I/σ(I): 23.02 |
反射 シェル | 解像度: 1.33→1.378 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.5007 / Mean I/σ(I) obs: 5.58 / Num. unique obs: 5575 / CC1/2: 0.892 / CC star: 0.971 / Rpim(I) all: 0.2337 / Rrim(I) all: 0.5543 / % possible all: 98.03 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6pke 解像度: 1.33→35.69 Å / SU ML: 0.1292 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.2212 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.43 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.33→35.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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